Quarta Lista de Exercícios - 2010 - Exercícios - Biologia Computacional, Notas de estudo de Biologia Computacional. Universidade Federal de Minas Gerais (UFMG)
Pao_de_acucar
Pao_de_acucar5 de Março de 2013

Quarta Lista de Exercícios - 2010 - Exercícios - Biologia Computacional, Notas de estudo de Biologia Computacional. Universidade Federal de Minas Gerais (UFMG)

PDF (72.3 KB)
2 páginas
710Número de visitas
Descrição
Apostilas e exercicios de Biologia Computacional, Quarta lista 2010.
20pontos
Pontos de download necessários para baixar
este documento
baixar o documento
lista04.dvi

MO640 – Biologia Computacional Primeiro Semestre de 2010 Quarta Lista de Exerćıcios

1. A seguinte matriz é aditiva? Em caso afirmativo, construa a árvore aditiva correspondente.

a b c d

a 0 3 7 9

b 0 6 8

c 0 6

d 0

2. A seguinte matriz admite um árvore aditiva compacta? Em caso afirmativo, construa a árvore

aditiva compacta correspondente.

a b c d e f

a 0 3 7 9 2 5

b 0 6 8 1 4

c 0 6 5 2

d 0 7 4

e 0 3

f 0

3. A seguinte matriz é ultramétrica? Em caso afirmativo, construa a árvore ultramétrica corres-

pondente.

a b c d e

a 0 8 8 5 3

b 0 3 8 8

c 0 8 8

d 0 5

e 0

CANCELADA Usando o algoritmo de Neighbor-Joining, construa as árvores filogenéticas para as seguintes

matrizes de distâncias. As árvores obtidas são aditivas?

a.

a1 a2 a3 a4 a5

a1 0 11 8 9 8

a2 0 13 14 13

a3 0 9 8

a4 0 9

a5 0

b.

a1 a2 a3 a4 a5

a1 0 16 6 16 8

a2 0 15 7 16

a3 0 16 2

a4 0 15

a5 0

1

docsity.com

4. As seguintes matrizes de estados de caracteŕısticas admitem filogenia perfeita? Justifique sua

resposta. Em caso afirmativo, construa a árvore correpondente.

a.

c1 c2 c3 c4 c5

a1 1 1 0 0 0

a2 0 0 1 0 0

a3 1 1 0 0 1

a4 0 0 1 1 0

a5 0 1 0 0 0

b.

c1 c2 c3 c4 c5

a1 1 1 0 1 0

a2 0 1 1 0 1

a3 1 1 1 0 1

a4 1 1 0 1 0

a5 0 0 0 0 1

5. Execute o algoritmo de Sandwich Ultrametric para as seguintes matrizes:

M l:

a b c d e

a 0 3 3 3 4

b 0 4 4 4

c 0 4 3

d 0 3

e 0

Mh:

a b c d e

a 0 5 4 6 5

b 0 7 5 8

c 0 7 5

d 0 7

e 0

A árvore constrúıda é de fato ultramétrica?

6. Explique como testar se uma matriz é ultramétrica em O(n2).

2

docsity.com

comentários (0)
Até o momento nenhum comentário
Seja o primeiro a comentar!
Esta é apenas uma pré-visualização
Consulte e baixe o documento completo
Docsity is not optimized for the browser you're using. In order to have a better experience we suggest you to use Internet Explorer 9+, Chrome, Firefox or Safari! Download Google Chrome