Terceira Lista de Exercícios - 2010 - Exercícios - Biologia Computacional, Notas de estudo de Biologia Computacional. Universidade Federal de Minas Gerais (UFMG)
Pao_de_acucar
Pao_de_acucar5 de Março de 2013

Terceira Lista de Exercícios - 2010 - Exercícios - Biologia Computacional, Notas de estudo de Biologia Computacional. Universidade Federal de Minas Gerais (UFMG)

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Apostilas e exercicios de Biologia Computacional, terceira lista 2010.
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MO640 – Biologia Computacional Primeiro Semestre de 2010 Terceira Lista de Exerćıcios

1. Explique como usar usar o BLAST para remover trechos contaminados por vetor de sequencia-

mento.

2. Mostre um Alinhamento Estrela com pontuação pelo menos 50% maior que o melhor alinha-

mento múltiplo posśıvel. Considere distância de edição para o alinhamento entre as sequências

e Soma de Pares (coluna a coluna) para a pontuação do alinhamento múltiplo.

3. Considere um alinhamento múltiplo A de k sequências, todas de tamanho n. Seja p o valor

do alinhamento, considerando pontuação por Soma de Pares (coluna a coluna) e distância de

edição para comparação entre os caracteres. É posśıvel modificar o alinhamento múltiplo, em

tempo polinomial (em termos de k e n), e obter um alinhamento A′, com pontuação p′, tal que

p′ < p (caso A não seja um alinhamento ótimo). Justifique sua resposta.

4. Considere o grafo de sobreposição OG(F ,t) = (V,E), com V = {a, b, c, d, e}, E = {(a, b), (a, c), (a, d), (b, e), (c, e), (d, e)} e t = 2. Determine um conjunto de fragmentos F compat́ıvel com OG(F , t).

5. Mostre uma sequência S e um conjunto de fragmentos F que cobre S completamente, mas que o modelo de Supersequência Comum Mı́nima (SCS) não reconstroi corretamente a sequência

original.

6. Seja F = {ATC, TCG,AACG}. Encontre o melhor alinhamento para a coleção F de acordo com o modelo de reconstrução (RECONSTRUCTION), considerando ǫ = 0.1 e ǫ = 0.25. Lembre- se de considerar também os complementos reversos dos fragmentos.

7. Seja F = {TCCCTACTT,AATCCGGTT,GACATCGGT}. Encontre o melhor conjunto de contigs para a coleção F de acordo com o modelo MULTICONTIG considerando ǫ = 0.3 e t = 5.

8. Para cada um nos seguintes problemas biológicos, mostre um exemplo onde o modelo SCS falha

ao montar os fragmentos da sequência original:

a. Erros de sequenciamento

b. Orientação desconhecida dos fragmentos

c. Regiões repetidas na sequência original

Em cada caso, indique a sequência original a ser montada, os fragmentos utizados na montagem

e a sequência obtida com o modelo SCS.

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