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La struttura del DNA e dei nucleotidi, le basi azotate, la denominazione dei nucleotidi e la duplicazione del DNA. Vengono inoltre presentati i due acidi nucleici, il DNA e l'RNA, e la loro funzione di depositari dell'informazione genetica. La struttura del DNA è stata ricostruita da James Watson e Francis Crick nel 1953.
Tipologia: Dispense
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I nucleotidi Gli acidi nucleici sono il DNA ( acido desossiribonucleico ) e l’ RNA ( acido ribonucleico ), entrambe depositarie dell’informazione genetica, cioè la trasmissione dei caratteri ereditari. Sia il DNA che l’RNA sono polimeri lineari, che hanno come monomeri due nucleotidi : un nucleotide è formato dall’unione di tre specie chimiche semplici, cioè una base azotata , una molecola di zucchero a cinque atomi di carbonio ( pentoso ) e un gruppo fosfato. I nucleotidi si dividono in due classi, ribonucleotidi (RNA) e desossiribonucleotidi (DNA) , a seconda che lo zucchero contenga ribosio o desossiribosio. Nell’RNA il ribosio è legato a una di quattro possibili basi azotate: adenina e guanina ( purine ), citosina e uracile ( pirimidine ). Il DNA si differenzia dall’RNA perché la base azotata timina (anche questa rientra nelle pirimidine ) sostituisce l’uracile. Una molecola costituita da un pentoso e da una base azotata, ma priva del gruppo fosfato, prende il nome di nucleoside. A seconda della base azotata presente, si hanno l' adenosina , la guanosina , la citidina , la timidina e l’ uridina. La denominazione dei nucleotidi La denominazione dei nucleotidi si basa sull'impiego di sigle a tre lettere:
T, timidina, U, uridina.
che siano presenti da uno a tre gruppi.
abbreviazioni sono precedute dalla lettera d, del suffisso desossiri-. La struttura della molecola di DNA Le molecole di DNA sono polimeri lineari formati dall'unione di un grande numero di desossiribonucleotidi di quattro tipi diversi: dAMP , dGMP , dTMP , dCMP. Queste unità sono legate tra loro attraverso il gruppo fosfato unito all’OH in posizione 3 del desossiribosio (C5H10O4) del nucleotide successivo mediante un legame fosfodiestere (tra il gruppo ossidrile del carbonio C3 di un nucleotide e il gruppo fosfato legato al C5 del nucleotide successivo). Grazie a questa organizzazione strutturale si originano lunghe catene che mostrano un preciso
orientamento: a un'estremità, l'inizio della catena, vi è un gruppo fosfato libero in posizione 5, mentre all'estremo opposto si trova un gruppo OH libero in posizione 3. La sequenza di un filamento di DNA è la successione delle basi azotate lette dall'estremità 5 all’estremità 3 (leggerle al contrario rappresenta una catena diversa). L'organizzazione strutturale del DNA è stata ricostruita nel 1953 da James Watson e da Francis Crick, che riuscirono a costruire un modello tridimensionale del DNA. Questo appare formato da due filamenti antiparalleli , cioè uno con direzione 3’ —> 5’ e l’altro con direzione 5’ —> 3’, associati in una doppia elica. Le basi di purine e pirimidine dei due filamenti sono dirette le une verso le altre all'interno dell'elica, formando delle coppie che possono essere viste come gradini di una scala a chiocciola, in cui il corrimano è rappresentato dallo zucchero-fosfato (Z-P), posto all’esterno: l'accoppiamento delle basi avviene lungo direzioni perpendicolari all'asse della doppia elica. Tra le coppie di basi azotate esiste una specificità di appaiamento (proposta per la prima volta nel 1950 da Chargaff ): l’adenina può associarsi solo con la timina ( A-T ), e viceversa, mentre la guanina può associarsi solo con la citosina ( G-C ), e viceversa. I legami sono tutti legami a idrogeno. La duplicazione del DNA La duplicazione del DNA richiede precise condizioni: nucleotidi trifosfato necessari per costruire la nuova molecola, DNA preesistente , un complesso di duplicazione , un primer (ovvero un filamento di RNA che serve da punto di partenza per la duplicazione) e numerose proteine. La duplicazione avviene in due tappe fondamentali:
In molti eucarioti, le estremità dei cromosomi portano delle sequenze chiamate telomeri (nella specie umana la sequenza del telomero è TTAGGG ed è ripetuta circa 2500 volte). Dunque, quando nel nuovo filamento si stacca il primer, rendendolo più corto rispetto a quello parentale, il telomero si attacca al filamento parentale e lo allunga; quest’ultimo si ripiega in loop diventando un filamento unico. Viene chiamato telomerasi l’enzima che catalizza l’aggiunta della sequenza telomerica. Lavorando insieme, l’enzima DNA polimerasi, la DNA elicasi, la primasi, la DNA ligasi e le altre proteine del complesso di duplicazione, sintetizzano un nuovo DNA con una grande accuratezza. La correzione degli errori di duplicazione del DNA le cellule sono dotate di almeno tre meccanismi di riparazione: