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Il fago lambda, Appunti di Biologia Molecolare

lezione fago lambda del libro Wstson di biologia molecolare

Tipologia: Appunti

2015/2016
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Krikri1995 🇮🇹

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Il Fago Lambda
Il batteriofago lambda è un virus che infetta E. Coli. In seguito all’infezione il fago può decidere di
propagarsi in due modi:
Ciclo litico la crescita litica prevede che il DNA fagico si replichi e che vengano sintetizzate nuove
proteine del capside, in modo che vengano generate nuovi fagi che si propagano causando la lisi della
cellula batterica;
Ciclo lisogeno il DNA fagico si integra con quello batterico (formando un profago) che si replica
passivamente.
Una cosa importante della lisogenia è che il profago ottenuto può decidere se portare vanti il ciclo lisogeno
o optare per quello litico; questo succede quando la cellula viene minacciata da agenti che possono
danneggiare il DNA. Questo passaggio è definito induzione lisogenica.
Per capire come viene operata questa scelta dobbiamo esaminare il gene del fago lambda. Sono presenti due
geni (CI e cro) e tre promotori: Pr, PL e Prm. I primi due promotori legano molto saldamente l’RNA
polimerasi e permettono la trascrizione senza l’ausilio di un attivatore. Prm invece, lega molto debolmente la
polimerasi e ha bisogno dell’ausilio di un attivatore a monte.
Si ha crescita litica quando i promotori PR e PL rimangono accesi e PRM è spento, al contrario si ha crescita
lisogenica quando PR e PL sono spenti e PRM è acceso.
Come avviene il controllo dei promotori di lambda?
Il gene c1 codifica il repressore di lambda. Esso si lega come dimero, soprattutto all’estremità carbossi
terminale. La peculiarità sta nel fatto che il repressore i lambda può sia attivare che reprimere la trascrizione.
Quando funziona da repressore, funziona come il repressore lac, mentre quando funziona come attivatore si
lega alla coda ammino terminale dell’enzima comportandosi come CAP.
Cro invece è un gene dotato solo di attività repressiva. Sia cro che il repressore lambda si possono legare a
diversi siti del gene, tre di questi siti si trovano nella regione di controllo di destra (prm e pr) e tre nella
regione di controllo di sinistra (pl).
I tre siti di legame nella regione di destra sono: OR1, OR2 e OR3. Ognuno può legare sia il repressore
lambda che cro, ma con affinità diverse.
Un aspetto importante del repressore di lambda è che si lega in modo cooperativo; infatti se un dimero di
repressore si lega a un sito OR, lo stesso repressore a livello dei siti carbossi terminali media l’interazione tra
i dimeri, coadiuvando il reclutamento di un altro dimero su un sito adiacente.
Come fanno il repressore e Cro a mediare l’espressione genica sottoforma di litica o lisogenica? Prendiamo
in esame le diverse possibilità:
Crescita litica Cro è legato a OR3; questo sito si sovrappone a PRM, che come abbiamo detto nella
crescita litica deve essere spento. Allo stesso tempo, la polimerasi si lega a OR2 e OR1, che si trovano
in corrispondenza di PR (come abbiamo detto, PR deve essere attivato nella crescita litica). Queste due
condizioni portano il fago a portar avanti un ciclo litico, anche attraverso la trascrizione del gene di
CRO che si trova a monte di pr, la quale continua a trascrivere repressori CRO che si legano a o3.
Crescita lisogenica il repressore si lega a OR1 e OR2; in questo modo spengono il promotore PR che
nella crescita litica deve essere spento. La polimerasi si lega a OR3 situato nel promotore PRM, che
deve essere attivato durante la crescita lisogenica. In questo modo il fago opta per il ciclo lisogeno,
anche attraverso la trascrizione del gene c1 che codifica per il repressore.
Che cosa succede se la cellula riceve minacce che potrebbero danneggiare il DNA? induce il passaggio da
crescita lisogenica a crescita litica. Per fare ciò, il repressore di lambda si avvale dell’autoproteolisi. Quando
c’è il rischio che il DNA venga danneggiato, il repressore di lambda effettua un taglio al dominio carbossi
terminale, eliminando il fenomeno della cooperatività del legame del repressore. In questo modo il
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Il Fago Lambda

Il batteriofago lambda è un virus che infetta E. Coli. In seguito all’infezione il fago può decidere di propagarsi in due modi:

  • Ciclo litico la crescita litica prevede che il DNA fagico si replichi e che vengano sintetizzate nuove proteine del capside, in modo che vengano generate nuovi fagi che si propagano causando la lisi della cellula batterica;
  • (^) Ciclo lisogeno il DNA fagico si integra con quello batterico (formando un profago) che si replica passivamente.

Una cosa importante della lisogenia è che il profago ottenuto può decidere se portare vanti il ciclo lisogeno o optare per quello litico; questo succede quando la cellula viene minacciata da agenti che possono danneggiare il DNA. Questo passaggio è definito induzione lisogenica.

Per capire come viene operata questa scelta dobbiamo esaminare il gene del fago lambda. Sono presenti due geni (CI e cro) e tre promotori: Pr, PL e Prm. I primi due promotori legano molto saldamente l’RNA polimerasi e permettono la trascrizione senza l’ausilio di un attivatore. Prm invece, lega molto debolmente la polimerasi e ha bisogno dell’ausilio di un attivatore a monte. Si ha crescita litica quando i promotori PR e PL rimangono accesi e PRM è spento, al contrario si ha crescita lisogenica quando PR e PL sono spenti e PRM è acceso.

Come avviene il controllo dei promotori di lambda? Il gene c1 codifica il repressore di lambda. Esso si lega come dimero, soprattutto all’estremità carbossi terminale. La peculiarità sta nel fatto che il repressore i lambda può sia attivare che reprimere la trascrizione. Quando funziona da repressore, funziona come il repressore lac, mentre quando funziona come attivatore si lega alla coda ammino terminale dell’enzima comportandosi come CAP. Cro invece è un gene dotato solo di attività repressiva. Sia cro che il repressore lambda si possono legare a diversi siti del gene, tre di questi siti si trovano nella regione di controllo di destra (prm e pr) e tre nella regione di controllo di sinistra (pl). I tre siti di legame nella regione di destra sono: OR1, OR2 e OR3. Ognuno può legare sia il repressore lambda che cro, ma con affinità diverse.

Un aspetto importante del repressore di lambda è che si lega in modo cooperativo; infatti se un dimero di repressore si lega a un sito OR, lo stesso repressore a livello dei siti carbossi terminali media l’interazione tra i dimeri, coadiuvando il reclutamento di un altro dimero su un sito adiacente.

Come fanno il repressore e Cro a mediare l’espressione genica sottoforma di litica o lisogenica? Prendiamo in esame le diverse possibilità:

  • (^) Crescita litica Cro è legato a OR3; questo sito si sovrappone a PRM, che come abbiamo detto nella crescita litica deve essere spento. Allo stesso tempo, la polimerasi si lega a OR2 e OR1, che si trovano in corrispondenza di PR (come abbiamo detto, PR deve essere attivato nella crescita litica). Queste due condizioni portano il fago a portar avanti un ciclo litico, anche attraverso la trascrizione del gene di CRO che si trova a monte di pr, la quale continua a trascrivere repressori CRO che si legano a o3.
  • (^) Crescita lisogenica il repressore si lega a OR1 e OR2; in questo modo spengono il promotore PR che nella crescita litica deve essere spento. La polimerasi si lega a OR3 situato nel promotore PRM, che deve essere attivato durante la crescita lisogenica. In questo modo il fago opta per il ciclo lisogeno, anche attraverso la trascrizione del gene c1 che codifica per il repressore.

Che cosa succede se la cellula riceve minacce che potrebbero danneggiare il DNA? induce il passaggio da crescita lisogenica a crescita litica. Per fare ciò, il repressore di lambda si avvale dell’autoproteolisi. Quando c’è il rischio che il DNA venga danneggiato, il repressore di lambda effettua un taglio al dominio carbossi terminale, eliminando il fenomeno della cooperatività del legame del repressore. In questo modo il

repressore non può più legarsi a or2 e or1 (il cui legame induce la lisogenia), e la polimerasi si attacca ai promoroti pr e pl che portano alla crescita litica. La trascrizione a partire da PR porta alla crescita di CRO, che si lega all’O3 bloccando la crescita lisogenica. Perché l’induzione sia efficiente c’è bisogno che i livelli di repressore siano controllati. Possiamo avere sia una autoregolazione positiva attraverso la quale il repressore si accerta che i propri livelli non scendano troppo, che una autoregolazione negativa, che fa il contrario. Infatti livelli troppo alti di repressore sono deleteri, perché c’è bisogno di inattivare una maggiore quantità di repressori.

L’autoregolazione negativa avviene grazie all’interazione con i geni regolatori della parte sinistra (PL OL1, OL2, OL3). OR1, OR2 e OR3 si legano ai corrispondenti di PL, grazie anche a una curvatura del DNA che forma un’ansa. Il legame della coda carbossi terminale del dimero di repressore al gene innesca un effetto cooperativo che recluta altri dimeri di repressore. Legandosi a or2 e or1, la repressione di or3 può essere più accurata, perché ci vorrà meno repressore per poterlo inattivare. In questo modo il fago lambda può controllare la repressione anche nel caso in cui i repressori siano a una concentrazione troppo alta.

Per avere una misura ancora più accurata dell’induzione, dobbiamo considerare altri due fattori:

  • (^) Il gene c2 che si trova alla destra di c1 ed è trascritto da Pr
  • Il gene c3 che si trova alla sinistra di c1 ed è trascritto da pr La proteina C2 è peculiare perché è un attivatore trascrizionale. Si lega a un sito a monte di un promotore detto Pre e induce la trascrizione del gene c1 da quel promotore, che come sappiamo favorisce la crescita lisogenica. C’è quindi una competizione; la polimerasi in seguito a un’infezione può sia legarsi a PR e reprimere la lisogenia, ma allo stesso tempo c2 può favorire la crescita lisogenica promuovendo la sintesi del repressore.

La scelta tra lisogenia e lisi è influenzata dall’efficienza di C2 nel promuovere la trascrizione, ma anche anche dal numero di particelle fagiche che infettano una cellulla. Se i fagi sono in numero maggiore rispetto alle particelle batteriche, ci sarà un ciclo lisogeno perché il fago non può lisare i batteri col rischio di non avere altri batteri da infettare in seguito. Al contrario, se ci sono molti batteri e pochi fagi avremo un ciclo litico perché può bastare anche un solo fago a moltiplicare esponenzialmente la progenie virale.