SCHEMA E RIASSUNTO DI MICROBIOLOGIA CLINICA per modulo di MedicinaDiLaboratorio. Prof.Ciaccio., Appunti di Microbiologia

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MICROBIOLOGIA CLINICA PATOGENI CONVENZIONALI: in grado di causare patogenicità nell’individuo sano, sempre virulenti; danno qua-dri infettivi PATOGENI OPPORTUNISTI: in grado di causare patogenicità nell’individuo compromesso, virulenti solo in condi-zioni particolari; danno quadri da infezione VIRULENZA: grado di patogenicità GRUPPI TASSONOMICI o Taxa: raggruppamenti sulla base di determinate caratteristiche che hanno alla base la analisi genomica e la percentuale di ibridazione tra gli isolati INFEZIONE: evento che si accompagna alla reattività dell’individuo MALATTIA: evento che si accompagna al danno Non può esserci malattia senza infezione, ma può esserci infezione senza malattia MALATTIE DA INFEZIONE: espresse in seguito ad infezione QUADRO PATOLOGICO: il pz non riesce a controllare l’infezione ELEVATA INFETTIVITÀ: nell’ambito di una popolazione, tanti individui possono avere il quadro patologico e, venendo a contatto con altri soggetti, il quadro diffonde COLONIA: entità visibile ad occhio nudo costituita da più cellule di una stessa specie (concentrazione minima di 106 cellule (dipendentemente dalle dimensioni cellulari) CUT-OFF: valore soglia, che corrisponde a un certo numero di colonie, al di sopra del quale possiamo attribuire un ruolo patogeno per quel m.o. in quella data condizione, in quel distretto e in quel materiale; valore al di sopra del quale riteniamo la positività di un test specifica nei confronti di quel m.o. (al di sotto, c’è cross-reattività) RICHIESTA DI ACCERTAMENTI MICROBIOLOGICI GIUSTIFICATA: - Patologia infettiva da eziologia definita: per determinare la diagnosi di forme atipiche o iniziali e la sensibilità a farmaci - Sindromi polieziologiche: per ottenere indicazioni terapeutiche - Patologia infettiva del pz immunocompromesso: per ottenere indicazioni terapeutiche - Valutazioni epidemiologiche: studio della circolazione dei microrganismi e identificazione dei fattori di rischio METODOLOGIA D’APPROCCIO: - DIRETTO: correla il m.o. e i suoi fattori ad un dato quadro patologico x Materiale: prelievo disomogeneo in base allo stato patologico x Diagnosi batteriologica: • Ricerca microscopica nel campione clinico (rapida): si osservano cellule biologiche insieme ai batteri ∞ Colorazione: Gram, Ziehl Neelsen (batteri acido-alcol resistenti) test dell’immunofluorescenza (tra- mite microscopio a fluorescenza e agenti reattivi indentifica l’antigene, permettendoci di identificare la specie e il tipo di m.o.; studio di siero contenente anticorpi specifici nei confronti del tipo microbi- co legato alle sostanze fluorescenti) ∞ Esame a fresco: dà indicazioni su forma, raggruppamento, ingrandimento (400x) e mobilità) • Ricerca di antigeni/acidi nucleici nel campione clinico (rapida): ∞ ELISA: test immunoenzimatico ∞ Test di agglutinazione al latex: (quando l’antigene è corpuscolato) inserendo dei cor- puscoli di latex in una soluzione ∞ Test cromatografico: quando nel materiale patologico è possibile trovare gli antigeni • Coltivazione (amplificazione biologica) con valutazione della vitalità del m.o. (lenta) • Identificazione - INDIRETTO: associa un m.o. ad un quadro patologico valutando la risposta del pz nei confronti del m.o. x Materiale: prelievo ematico (siero e plasma), liquor, urine ed espettorato INDAGINI DIAGNOSTICHE DIRETTE BATTERIOLOGICHE ESAME COLTURALE: permette la valutazione e la dimostrazione della vitalità del m.o. e la determinazione del suo ruolo patogeno - Tempo per coltivazione, identificazione e ruolo patogeno in base al tempo di divisione cellulare: x Microriganismi aerobi: duplicazione in 20 minuti, coltivazione in 18-24 h x Micobatteri: duplicazione in 8-12 h; coltivazione in 3-7 gg x Treponema: duplicazione in 33 h; coltivazione in oltre un mese ESAME MOLECOLARE: permette di riconoscere e valutare i m.o. non coltivabili, di sapere in tempi molto più bre-vi se il m.o. sia presente o meno (riducendo i tempi di attesa per la coltura) e di ridurre l’eventuale rischio biologico MICETI QUADRI PATOLOGICI: - MICOSI: condizione micotica di aumento della massa micotica; il meccanismo patogenetico è l’invasività con quadro infiammatorio; causata da lieviti o muffe, si distingue in base alla localizzazione in superficiale, cutanea, sottocutanea (con invasione massiva del derma, delle ossa e dei muscoli e/o linfatica) e profonda - MICOTOSSICOSI: correlata alla capacità di alcuni miceti di produrre tossine (malattia infettiva) - SINDROMI ALLERGICHE: malattia con predisposizione individuale, associabile alla presenza di IgE e collegata, quindi, a degranula-zione dei mastociti RICERCA MICROSCOPICA - MICOSI EPIDERMICHE: si utilizza uno stampo o uno scotch per asportare cellule di sfaldamento e m.o. da una regione desquamante e si ricerca, microscopicamente e con colorazione di Schiff, la presenza di tubuli germinativi (indice di attiva replicazione) - MICOSI CUTANEE: è prevista la ricerca microscopica di spore di varia natura - MICOSI PROFONDE: è necessario procedere con biopsia e la microscopia è diagnostica se ife, fialidi e tallo fungino risultano riscontrabili nel parenchima RICERCA DEGLI ANTIGENI: in sangue e liquor - MICOSI PROFONDE: si ricercano i glucani della Candida e i galattomannani di Aspergillus con test di immuno- cromatografia, ELISA e agglutinazione (poiché la positività può essere correlata a contaminazioni, vanno valutati più campioni) COLTIVAZIONE: metodo tradizionale, lento, necessario per l‘impostazione della terapia IDENTIFICAZIONE: coltura in terreni specifici e in tempistiche adeguate (terreno di Sabouraud per Candida in 24-48h; terreno con O2 a 35°C per Criptococcus isolato dall’espettorato in 3-5gg; terreno all’olio d’oliva per Malasse-zia Furfur) per poi procedere con l’antibiogramma per l’attribuzione di un ruolo patogeno e per stabilire la terapia (richiede 24-48h) RICERCA MOLECOLARE: prevede la rilevazione del m.o. nel liquor o nel sangue ed è applicabile per Criptococcus, Aspergillus e Candida ESAME DELLE FECI ESAME MACROSCOPICO: valutazione di quantità, colore, odore, consistenza, sminuzzamento e presenza di altri materiali ESAME PARASSITOLOGICO: esame microscopico che permette di osservare la presenza di cisti o uova - A FRESCO: prelievo di parte del campione e disposizione in sospensione con acqua o soluzione fisiologica; apposizione della sospensione su vetrino e ingrandimento a partire da 40x per una migliore messa in evidenza delle cisti; mette in evidenza la specie del parassita - PER ARRICCHIMENTO: con concentrazione del campione x Per flottazioni: si utilizzano soluzioni soprassature che permettano di avere il galleggiamento delle cisti e la precipitazione della massa fecale x Per migrazione: in caso di parassiti microscopici, si scalda la massa fecale in modo da costringere il parassita a uscire all’esterno x Per sedimentazione: uso di sostanze che determinino il galleggiamento della massa fecale e la precipitazione delle uova - COLORAZIONE: è possibile effettuare ricerche combinate con immunofluorescenza per le coinfezioni x Gram con liquido di lugol che aumenta la colorazione della cisti stessa per permetterne una conta più accurata; x Ziehl Neelsen modificata: le cisti acido alcol resistenti si coloreranno di fuxia su sfondo blu di metilene (i lieviti, invece, appaiono blu) - RICERCA DEGLI ANTIGENI: (immunocromografia su carta) richiede 15 minuti e tanti di antigeni 1. Prelievo del campione e posizionamento in un buffer di diluizione 2. Inserimento di uno strip (carta assorbente con adesi gli anticorpi nei confronti di strutture del parassita) che evidenzierà la reazione antigene-anticorpo tramite una linea colorata 3. Valutazione di controllo: inserimento di uno strip di controllo che si colorerà sia per test negativo che positivo VARIAZIONI DELL’EMOCROMO ERITROCITI: ridotti soprattutto in infezioni da Parvovirus B19 NEUTROFILI LINFOCITI - Aumento: x Infezioni da m.o. piogeni - Aumento: x Malattie virali x Glomerulonefrite acuta x Malattie batteriche x Reumatismo articolare acuto x Infezioni protozoarie x Reazioni di ipersensibilità - Riduzione: x Infezioni batteriche BASOFILI x Infezioni virali - Aumento: x Infezione da TBC x Infezioni protozoarie - Riduzione: mai MONOCITI EOSINOFILI - Aumento: x Mononucleosi - Aumento: x Mononucleosi infettiva x Forme batteriche importanti x Infezioni parassitarie x Endocardite batterica x Infezioni protozoarie x Infezioni micotiche x Forme allergiche x Infezioni protozoarie - Riduzione: mai in infezione da m.o. DIGERENTE CAVO ORALE: 1012 batteri costituiscono il microbiota residente localizzandosi soprattutto nel solco gengivale e a livello della placca dentale (bocche adentule hanno carica microbica notevolmente ridotta) - Anaerobi Gram+ : Bifidobatteri (avvantaggiati dall’acido lattico), Propionibatteri (m.o. cutanei) e Gemella - Bacilli Gram- : Bacteroides e Fusobacterium - Cocchi Gram- : Vellonella (corrispettivo di Neisseria) - Aerobi: Actinomycetes, Rothia (causa di carie), Cardiobacterium ed Eikenella (endocarditi subacute) ESOFAGO: privo di microrganismi se non transitori STOMACO: scarsamente occupato da m.o.; occasionalmente lattobacilli, streptococchi e stafilococchi TENUE: m.o. presenti solo nell’ileo terminale CRASSO: ricco di m.o. ma di numero inferiore a quelli presenti nel cavo orale; anaerobi 99.9%; Clostridium, Elicobacter (non Pylory), Gram- non presenti nel cavo orale (Pseudomonas e Acinetobacter), enterobatteri, miceti (Candida) e protozoi (Tricho- monas Hominis e Blastocystis Hominis) SISTEMI DIFENSIVI: - Mucosa: barriera meccanica che impedisce l’adesione e il passaggio in circolo dei m.o.; la desquamazione allontana i m.o. che sono già adesi - Flusso salivare: meccanicamente, sposta le masse microbiche; chimicamente, gli enzimi idrolitici come il lisozima hanno effet- to battericida - Lattoferrina - Disposizione anatomica longitudinale dell’esofago e peristalsi - pH acido nello stomaco e basico nel duodeno - Immunoglobuline - Fagocitosi - Urea - Muco: blocca la mobilità dei m.o. - Enzimi: le defensine lisano le cellule batteriche, fungine e parassitarie - Lattosio: alcuni m.o. saprofiti lo utilizzano trasformandolo in acido acetico e abbassando il pH ESOFAGITE: più frequentemente associata a Candida, CMV, HSV, Cryptococcus, Micobacterium Tuberculosis, Pneumocystis e Cryptosporidium; essendo patogeni opportunisti, è necessaria un’immunodeficienza - DIAGNOSI: x Endoscopia con biopsia x Metodi tradizionali: ricerca del patogeno nel sangue in caso di recrudescenze o forme croniche x Biologia molecolare: per i virus GASTRITE: da Helicobacter Pylori HELICOBACTER PYLORI: patogeno convenzionale, agente responsabile di carcinoma gastrico, trasmesso per via oro-fecale (classicamente) o per via oro-orale o gastro-orale (associata a risalita da reflusso), è intracellulare, immunomodulante e antige- nicamente variabile - TIPO 1: il 60%presenta delle isole di patogenicità chiamate cag-PAI (segmenti di DNA costituiti da diversi geni codificanti per molecole effettrici che permettono al m.o. di causare danno) contenenti il gene A responsabile della sintesi di un antigene di superficie di natura proteica che permette l’adesione del m.o. e innesca l’apoptosi cellulare; tutti presentano il gene VacA (responsabile della produzione di una citotossina vacuolizzante) e il gene per l’ureasi; a queste si aggiungono una serie di adesine responsabili dell’adesione iniziale, dell’avvicinamento, del legame iniziale del m.o. *Isole di patogenicità PAI con proteina CagA = produzione tossina VacA = maggior grado di virulenza* - Quadri patologici più gravi: ulcera peptica, gastrite cronica attiva, MALT/linfoma e carcinoma gastrico - TIPO 2: può avere le isole di patogenicità e presenta sempre il gene Vac, ma manca il gene A (niente proteina CagA e tossina VacA) quindi presenta minore virulenza PATOGENICITÀ x Sono lofotrichi: batteri che presentano un ciuffo di ciglia a un’estremità che ne permette la motilità x Mucinasi: permette il superamento della barriera mucosale x Ureasi: fattore di resistenza x Adesine: permettono il legame con la mucosa gastrica x Azione immunomodulante: produce citochine responsabili dell’attivazione e della continuazione del processo infettivo, flogistico ed erosivo DIAGNOSI - Test non invasivi: x Test della CO2: indica la presenza del m.o. x Rilevamento dell’antigene fecale: ELISA x Biologia molecolare - Test invasivi: x Microscopia post-prelievo bioptico: eseguita dall’anatomopatologo per valutare il grado di danno e per il riconoscimento dell’orientamento evolutivo del quadro (più prelievi in più punti della mucosa di antro e fondo inclusi in formaldeide per la microscopia ma non per la coltivazione) x Test all’ureasi: definito positivo se la positività si estrinseca entro 15 minuti x Biologia molecolare: ricerca del gene dell’ureasi, Vac e altri caratteri di patogenicità oltre alla specifica resistenza alla Claritromicina x Coltivazione: campione in terra di trasporto, mandato al più presto in laboratorio e mantenuto a freddo; evitare in ogni modo le contaminazioni; 48h per la prima crescita, 7-10 gg per ottenere un risultato negativo e la refertazione, 2 giorni per l’identificazione e l’antibiogramma; va guardato ogni due giorni e bisogna prelevare la colonia sospetta qualora dovesse crescere (il terreno di cultura è arricchito e presenta condizioni di microaerofilia e umidità ben precise) - Diagnosi indiretta: si ricercano IgG (non le IgM perché la sintomatologia si presenta a seguito di danno mucosale e non in prima infezione) e le IgA per eventuali riattivazioni o reinfezioni tramite ELISA; anticorpi contro le proteine Cag e Vac tramite immunoblotting ENTERITE: quadro intestinale da infezione per via alimentare, via biliare o via ematica ESCHERICHIA COLI - ETEC (enterotossigeni): producono due tipi di enterotossine, la termostabile e la termolabile, determinando danni a livello di tenue e/o colon; determinano diarrea acquosa e diarrea del viaggiatore - EHEC (enteroemorragici): producono verotossine (tossine che si rilevano sulle cellule VERO in laboratorio) con azione simile a quella della tossina di Shiga (neurotossina responsabile di nausea e vomito); determinano diarrea sanguinolenta e possono portare a sindrome uremica emolitica - EIEC (enteroinvasivi): si proteggono dal sistema immunitario passando da una cellula all’altra senza mai uscirne; determinano diarrea acquosa, mucosa e/o sanguinolenta - EAEC (enteroaggregativi): determinano l’insorgenza di quadri tendenti alla cronicizzazione associati a delle tossine; presentano adesività aggregativa poiché si aggregano sulla superficie cellulare con andamento “a spina di pesce”; determinano diarrea acquosa o sanguinolenta - EPEC (enteropatogeni): interessano i bambini al di sotto dei 3 anni e presentano adesività localizzata (in un polo della cellula) o diffusa (su tutta la cellula); determinano diarrea acquosa e/o sanguinolenta; l’aggregazione actinica è valutabile col Fas test – la falloidina (tossina fluorescente prodotta da Amanita Phalloides) è in grado di legare l’actina polimerizzata formatasi per aggregazione actinica e, sottoposta all’UV, diventa fluorescente permettendo di valutare l’espressione del carattere adesività localizzata (LA) DIAGNOSI: isolamento del m.o. con definizione del sierotipo (O e H), valutazione del sierogruppo con ricerca antigenica e analisi molecolari e fenotipiche SALMONELLE MAGGIORI: Typhi e Paratyphi A e B passano, tramite alimenti (veicolo – i m.o. non riescono a replicarvisi) e rete linfatica (localizzazione primaria a livello dei linfonodi mesenterici, nelle placche del Peyer), prima al sangue e dopo la terza settimana nuovamente all’intestino per poi essere riscontrabile nelle feci; il suo serbatoio è solo e unicamente l’uomo e il contagio è solo interumano a trasmissione oro-fecale; determinano febbre enterica - Quadro clinico: evolve nell’arco di 4 settimane con febbre remittente ondulante con picchi febbrili caratteristici nell’arco della giornata ripetitivi attraverso i giorni e che, dopo aver raggiunto un loro apice ed essersi mantenuti per un certo lasso di tempo, cominciano a diminuire in fase di guarigione - Sintomi: nausea, vomito, mal di testa, dolori muscolari e sangue o muco nelle feci dovuti alla replicazione negli enterociti con formazione di escare fino alla perforazione intestinale (non è detto che il pz presenti diarrea) - Diagnosi: prima fase (7 gg), metodica diretta su campione ematico; terza settimana, metodologia indiretta con ricerca dell’antigene nel campione fecale tramite valutazione delle IgG con Test di Widal x Test di Widal: ci permette di stabilire quale sia la fase del quadro patologico in cui ci troviamo (in ascesa – quadro in atto; in discesa – quadro in risoluzione; costante – quadro pregresso) ∞ Bollitura della sospensione microbica che induce la morte del m.o. e la distruzione dell’antigene flagellare proteico; la sospensione ottenuta, contenente solo gli antigeni polisaccaridici del m.o., viene messa a contatto col siero del pz e l’effetto finale darà contezza solo della presenza di IgM ∞ Trattamento dei m.o. con formaldeide o formalina inducente la morte del m.o. stesso; la perma- nenza degli antigeni flagellari e la perdita della loro elasticità ne determina un ripiegamento sul cor- po del m.o. che maschera tutti gli antigeni superficiali; gli antigeni flagellari (unici riconoscibili) andranno a legare le sole IgG ∞ Doppia positività: quadro all’apice della sua espressione (fase acuta) ∞ Solo IgM positive (agglutinazione): quadro appena iniziato ∞ Solo IgG positive (agglutinazione): quadro pregresso RESPIRATORIO DIFESA - FATTORI MECCANICI x Barriera epiteliale x Clearance mucociliare: 30min bronchi lobari; 4-6h tratti bronchiali di 1-5 mm; 1 gg-mesi bronchioli distali e terminali - FATTORI SOLUBILI: presenti nelle secrezioni x Alfa1-antitripsina di origine plasmatica x Proteasi neutre ed elastasi di origine cellulare (PMN e macrofagi alveolari) x Lisozima dai neutrofili: lega il peptidoglicano x Lattoferrina dalle cellule epiteliali e dai neutrofili: alta affinità per il ferro x Surfactante dai pneumociti x Fibronectina dai macrofagi alveolari: lega il m.o. tramite opsonine non immuni facilitando la fagocitosi x Complemento: determina l’apertura dei pori delle membrane biologiche dei gram- con effetto battericida e batteriolitico x IgA: neutralizzazione dei virus respiratori, opsonizzazione della fagocitosi macrofagica, adesione batterica al muco e inibizione dell’adesività batterica alle superfici epiteliali x IgG: agglutinazione batterica, opsonizzazione batterica a macrofagi e neutrofili (più efficiente di IgA), neutralizzazione di esotossine proteiche batteriche e attivazione del complemento tramite il frammento Fc - DIFESE ARRUOLATE: neutrofili e risposta immune specifica NARICI: Stafilococchi e difteroidi (m.o. normalmente presenti nell’ambiente e resistenti) che presentano granuli citoplasmatici caratteristici evidenziabili tramite colorazione di Albert (metacromatica); S. Aureus resistente alla Meticillina come stato di portatore nel 50% dei casi (anche portatore che produce tossinfezione alimentare) SENI PARANASALI: sterili CAVO ORALE: aerobi e anaerobi ORO-NASO-FARINGE: tipici della mucosa orale, fusobatteri e actinomiceti; nel faringe inferiore può crearsi lo stato di portatore di patogeni convenzionali quali: - Streptococchi betaemolitici: gruppo A (Piogenes) più labile, porta a forme di faringiti e forme post-streptococciche; gruppo B (Agalactiae) porta a forme di vaginiti, sepsi e meningiti neonatali da passaggio attraverso il canale del parto - Neisseriae Meningitidis: aderisce a livello delle mucose delle alte vie aeree e passa in circolo esprimendo gli antigeni capsulari e sfuggendo a fattori di difesa x Vaccino: B – antigene polisaccaridico tra i meno immunogeni, necessita di un booster; A, C, W135, Y – non necessita del booster - Streptococcus Pneumoniae: dalle alte vie respiratorie potà, tramite mastoide, raggiungere le meningi con quadro di meningite in età avanzata o infantile - Moraxelle Catarrhalis: causa di faringiti nei bambini - Haemophilus Influenzae B: causa di meningite - Haemophilus Influenzae non B: cauda di forme respiratorie VIE AEREE AL DI SOTTO DEL LARINGE: sterili INFEZIONI DELLE VIE AEREE Diagnosi x Microscopica: per lesione granulomatosa tubercolare con Ziehl Neelsen x Microscopia a freddo e/o immunofluorescenza: Sifilide x Ziehl Neelsen a freddo o colorazione di Kinyoun: Mycobacterium Leprae - RINITE o CONGESTIONE NASALE: causata da Rhinovirus (virus a RNA della famiglia dei Picornaviridae con più di 1000 sierotipi, capace di crescere bene a 33°C e non a 37°C dando manifestazioni localizzate a livello delle mucose delle alte vie respiratorie), virus parainfluenzali, respiratorio sinciziale, influenzali e Adenovirus; trasmissione aerogena o per contatto diretto; patogenesi dovuta a mediatori chimici (bradichinina, prostaglandine, istamina e IL1) e a riflessi neurologici (nervi parasimpatici e alfa adrenergici); il decorso può essere complicato dall’infezione di distretti altrimenti sterili (seni paranasali e orecchio medio) - SINUSITE: processo infiammatorio acuto o cronico delle mucose dei seni paranasali, spesso accompagnata da un processo infettivo primario o secondario (generalmente, complicanza del raffreddore); scarsamente vascolarizzati, i seni paranasali vengono difficilmente trattati con classica terapia antibiotica e può essere necessario, in alcuni casi, un trattamento chirurgico con apposizione diretta dell’antibiotico x ACUTA BATTERICA: Streptococcus Pneumoniae e Haemophilus Influenzae (singolarmente o insieme), Bacterioides, Peptostreptococcus, Fusobacterium, Stafilococco Aureus, Streptococco Pyogenes, Moraxella Catarrhalis e Pseudomonas Aeruginosa x ACUTA VIRALE: Rhinovirus, virus influenzali e parainfluenzali e Adenovirus (nei bambini) x MICOTICA: Aspergillus (miceti appartenenti alle muffe, di origine esogena, associati a manovre strumentali), Cryptococcus Neoformans, Pseudallescheria Boydii e Sporothrix Schenckii (dimorfo principalmente responsabile di micosi cutanee) x Diagnosi: ricerca diretta tramite biologia molecolare su materiale patologico quali x Prelievo campione biologico (secrezioni nasali) x Puntura dell’antro mascellare: per ridurre il rischio di contaminazione del campione con la flora nasale (infezione vera senza contaminazione - numero di CFU=10000/ml di aspirato) x Prelievo del campione con tampone degli osti o aspirazione endoscopica - OTITE ESTERNA x Acuta localizzata: forma pustolosa o foruncolo (S. Aureus); forma si erisipela (streptococchi gruppo A) x Acuta diffusa o orecchio del nuotatore: principalmente nelle stagioni caldo-umide (P. Aeruginosa) x Cronica: in pz con otite media suppurativa cronica; raramente per lesioni tubercolari, sifilitiche o lebbrose x Invasiva maligna: in pz anziani, diabetici e/o immunocompromessi (P. Aeruginosa) x Fungina: Aspergillus, Candida Albicans x Diagnosi ∞ Forme da Pseudomonas: la colorazione verde dell’epidermide è già d’indizio ∞ Forme fungine: studio dell’epidermide macerata e valutazione di attività microbica e disposizione dei m.o. tramite prelievo con scotch - OTITE MEDIA: interessa i giovani sotto i 13 anni con picco nei primi tre anni di vita; principalmente causata da m.o. endogeni dalla mucosa del cavo orale o dal faringe; Streptococcus Pneumoniae, Haemophilus Influenzae, Streptococcus di gruppo A, Staphylococcus aureus, Moraxella Catarrhalis, Mycoplasma Pneumoniae e Clamydia Trachomatis (provenienti dalle basse vie aeree per risalita); può complicarsi in meningite otogena per la diffusione negli spazi sub-aracnoidei per via ematogena (H. Influenzae) o per continuità (S. Pneumoniae) x Diagnosi: ricerca dell’essudato tramite tampone o siringa o aspirazione direttamente dal distretto e indagine microscopica, colturale ed eventuale antibiogramma - MASTOIDITE: S. Pneumoniae e H. Influenzae con rischio di quadro meningeo e S. Aureus ed Enterobatteri nelle fasi più avanzate x Diagnosi: prelievo del materiale direttamente dal mastoide; è possibile fare un’indagine microbica e colturale preliminare per vedere se il pz sia portatore di qualche m.o. a livello faringeo - FARINGITI VIRALI: Rhinovirus, Coronavirus, Adenovirus, HSV, virus influenzali e parainfluenzali, Coxsackievirus A, EBV, CMV e HIV; associate ad un processo flogistico ma non purulento (non si hanno le placche) - FARINGITI BATTERICHE: Streptococcus Pyogenes che da una forma localizzata, faringotonsillite, e una forma esantematica tipicamente infantile), Neisseria Gonorrheae, Corynebacterium Diphteriae che da un quadro di difterite con formazione di pseudomembrana di materiale fibrinoso e purulento (non passa mai in circolo e porta a morte per soffocamento), Corynebacterium Ulcerans che può dare difterite tramite il trasferimento genomico del fago con produzione di tossina (caratteristica da valutare); Chlamydia Pneumoniae e Mycoplasma Pneumoniae da risalita mel m.o. dal polmone (durante la polmonite) con bronchite e faringite x Diagnosi: approccio indiretto se la localizzazione faringea è conseguenza di un processo più ampio;approccio diretto con prelievo dalla lesione (trasudato o essudato con presenza o meno di placche) fatto con tampone per mettere in evidenza l’acido nucleico; contatto con la parte più profonda delle cripte tonsillari e della parete posteriore faringea; 24-48h di incubazione; terreno d’uso agar sangue e altre 24 h per l’antibiogramma ∞ Anti-Streptolisina: particolare tipo di anticorpo che viene prodotto dal sistema immunitario in risposta all'infezione streptococcica; sintetizzata per neutralizzare le proprietà emolitiche della streptolisina O (O = labile allo ossigeno) prodotta dalla maggior parte dei ceppi di streptococchi del gruppo A e da molti di quelli appartenenti ai gruppi C e G; si innalza a distanza di una settimana dall’episodio acuto, raggiunge i livelli più elevati dopo 3/5 settimane e decresce gradualmente in 6/12 mesi; la sua presenza indica un pregresso incontro col m.o., non l’infezione in corso - LARINGITE ACUTA VIRALE: virus influenzali, Rhinovirus, Adenovirus, virus parainfluenzale, virus respiratorio sin-ciziale (RSV), Coxackie e Coronavirus; diagnosi con biologia molecolare - LARINGITE ACUTA BATTERICA: S. Pyogenes (ß-emolitico di gruppo A con manifestazioni purulente) e Branhamella Catarrhalis; diagnosi con indagine colturale BORDETELLA PERTUSSIS: cocco-bacillo gram- determinante pertosse e bronchite nell’infanzia (incubazione 1-3 settimane) - Antigeni microbici: antigene O somatico, antigeni agglutinogeni di natura proteica, emoagglutinina (proteina filamentosa in grado di emoagglutinare i globuli rossi) e pertactina (lega l’actina; sulla membrana esterna) - Tossine: esotossina della pertosse (PT - attivazione dei linfociti, danno epiteliale, inibizione della fagocitosi), endotossina, emolisina, citotossina endotracheale e tossina dermonecrotica (tutti responsabili di ristagno del muco, alterazioni dell’epitelio e difficoltà respiratorie ad esso associate; inibiscono anche la fagocitosi, per cui il microrganismo continua a moltiplicarsi) - Clinica: tosse a localizzazione bronchiale con quadro acuto distinto in 3 fasi di circa 1-2 sett l’una x Catarrale x Parossistica: tosse con eccessi che portano a ridotta ossigenazione dei tessuti (può determinare cianosi) x Convalescenziale: eccessi di tosse meno frequenti; necessitano mesi prima che si ricostituisca l’epitelio ciliato distrutto dal m.o. - Diagnosi: x Approccio diretto su espettorato (solo in fase catarrale): coltura su terreno di Bordet-Gengou contenente sangue ma non agar che inibisce il m.o. x Approccio indiretto: ricerca sierologica con ELISA (cut-off 100) di IgG contro PT, emoagglutinina e pertactina con dimostrazione dell’aumento del titolo anticorpale di 4 volte tra la fase acuta e la convalescenziale; biologia molecolare in qualsiasi fase della malattia - Vaccino: preparazione cellulare contenente m.o. ucciso ma con cellula integra e preparazione acellulare con prodotti microbici che intervengono nella patogenicità microbica POLMONITE: infezione delle basse vie respiratorie di natura batterica, virale, micobica o protozoica, da acquisizio- ne in comunità aperta (S. Pneumoniae), acquisizione nosocomiale (S. Pneumoniae e S. Aureus), associata all’as- sistenza (casa di riposo) - Provenienza dei patogeni: inalazione dell’aria, aspirazione dal naso all’orofaringe (S. Pneumoniae, H. Influenzae, S. e N. meningitidis), via ematogena, da foci distanti o diffusione diretta da foci vicini - Fattori predisponenti: perdita di coscienza (mancata reattività), cattive abitudini, traumi, anestesia generale, uso di droghe (deprime le difese immunitarie), malattie cerebrovascolari dell’età avanzata, danni che alterano la meccanica respiratoria, manovre strumentali, alterazione dell’attività mucociliare, infezioni respiratorie virali pregresse, ostruzioni, mucoviscidosi, immunodeficienza alveolare ecc. - Batteri x Convenzionali: S. pneumoniae, Staphylococcus Aureus, Haemophilus influenzae, Legionella x Opportunisti: Escherichia coli, Klebsiella pneumoniae, Enterobacter, Serratia marcescens (nosocomiale) e gram negativi non fermentanti (Pseudomonas aeruginosa e Acinetobacter) x Rari: Aeromonas hydrophilia (causa anche enteriti), Brahnamella Catarrhalis, Eikenella corrodens (dà endocarditi), Neisseria meningitidis, Francisella tularensis, Streptococcus pyogenes, Salmonella e Y. pestis x Micobatteri: forma granulomatosa, trasmissione aerea, sia nella forma tubercolare (tuberculosis com- plex) che in quella non tubercolare (MOTT) x Rickettsie: Coxiella burnetii e Rickettsia rickettsiae. x Clamidie: C. psittaci (zoonosi diffusa in particolare attraverso i pappagalli; via ematica), C. Trachomatis (quadro polmonare solo nei neonati al momento del parto), C. pneumoniae - Virus: non si localizzano elettivamente a livello polmonare, ma vi arrivano come complicanza (virus dell’influenza o Orthomyxovirus presenta i suoi antirecettori specifici a livello di tutta la mucosa respiratoria); Adenovirus tipi 7 e 4, virus herpetici ed enterovirus, virus del morbillo, virus della varicella zoster, Epstein-Barr, Citomegalovirus, Rhinovirus, virus respiratorio sinciziale e parainfluenzale (bambini) - Miceti: Candida, lievito più comune di origine endogena, determina infezione con passaggio diretto dalle alte alle basse vie respiratorie; Aspergillus (muffa) determina infezione con passaggio dei conidi dall’ambiente esterno ai polmoni dove aderiscono con formazione del tallo fungino (espressione patogenetica del m.o.), esprime azione patogena strettamente meccanica (si accresce e comprime il parenchima) e di resistenza alla fagocitosi per via delle dimensioni - Parassiti: Pneumocystis Jirovecii soprattutto nei pazienti con AIDS, Toxoplasma Gondii - DIAGNOSI x Età e m.o. ∞ Neonati: m.o. acquisiti durante il parto; E. Coli K1 fecale e Streptococcus Agalactiae vaginale o fecale ∞ Lattanti: C. Trachomatis si esprime ad un mese dal contagio (intracellulare obbligato); virus re- spiratorio sinciziale (anche nei bambini dai 6 mesi ai 5 anni) ---- Dopo di che inizieremo a trovare mycoplasma pneumoniae e tutti gli altri virus----- ∞ Giovani adulti: mycoplasma; streptococcus pneumoniae ∞ Adulti: Streptococcus Pneumoniae e Haemophilus influenzae x Epidemiologia: ∞ Polmoniti comunitarie: Streptococcus Pneumoniae, Haemophilus Infuenzae e Gram- acquisiti da altri individui; raramente Staphylococchi, M. Catarrhalis o N. Meningitidis (polmonite lobare associata ai batteri); forma atipica dai virus e da mycoplasma pneumoniae, raramente clamydie, legionella, micobatteri con la forma granulomatosa e miceti ∞ Polmoniti nosocomiali: Gram-; correlate al tempo di degenza del pz (entro i primi giorni, ma dopo 48h dal ricovero, streptococcus pneumoniae e haemophilus influenzae, poiché di origine endogena; dopo 2-4 gg dal ricovero, Gram-, perché di origine esogena); Staphylococcus Aureus, batteri anaerobi e Legionella ∞ Diffusione ematogena: Streptococchi e Staphylococchi, raramente Gram- ∞ Immunocompromessi: Pneumocystis; responsabili di polmoniti comunitarie; virus latenti (CMV o Herpes Simplex); batteri difficili (Nocardia) e miceti; dall’ambiente, Legionella, Lysteria, Histoplas- ma e Coccidioides ∞ Polmoniti da aspirazione: anaerobi e gram- - Laboratoristica: diretta (batteri) o indiretta (virus) ∞ Materiale utilizzato per l’analisi: dalle basse vie respiratorie DIAGNOSI: indiretta tramite prelievo delle secrezioni con tampone e successiva analisi - Norme: x Non essere in periodo mestruale x Non eseguire irrigazioni vaginali nelle 24h precedenti l’esame x Cessare qualsiasi terapia antibiotica almeno 5gg prima - Tampone: sterile e in dacron; estremità liscia o a spazzola; tamponi con terreno di trasporto (terreno di Stuart) che ne permette il mantenimento per 24h; umido, secco o inserito in un terreno di coltura liquido a seconda del m.o.; se il distretto interessato è la cervice, raggiungere il collo uterino senza toccare le zone esterne e inserire il tampone nell’endocervice per circa 1cm (1.5cm per Chlamydia) - C. Trachomatis: prelievo con tampone tramite scraping ruotato per circa 5-10 sec (preceduto da rimozione del muco cervicale attraverso tampone secco) o tampone del primo getto urinario al mattino (ristagnante); nell’uomo, affondare il tampone nell’uretra per circa 2cm e poi ruotare per 10sec o primo getto urinario del mattino - N. Gonorrheae: tampone secco tramite cui raccogliere le secrezioni; nella donna non è prevista la rotazione del tampone per la facilità di prelievo; campione immediatamente inviato al laboratorio per la breve vita del m.o. (30 min); valutazione microscopica diretta con riconoscimento di PMN e presenza del m.o. all’interno delle cellule (dentro i PMN si replicano con massa elevata); ricerca antigenica utile quando la carica microbica e bassa e manca la secrezione tipica; esame colturale su terreno arricchito e in presenza di CO2 in 3-5gg con antibiogramma; biologia molecolare per certezza diagnostica (+ ricerca antigenica) - C. Trachomatis: valutazione diretta con esame citologico con fluorescenza su cellule raccolte con scraping con riconoscimento di corpi elementari (puntiformi, singole cellule) e corpi reticolari all’interno degli inclusi (massa microbica); Lugol che colora le cellule di giallo/marrone; ricerca antigenica diretta tramite ELISA; ricerca del DNA tramite PCR-Real Time; esame colturale con terreni biotici con 3-4 gg per la refertazione PROSTATITE: processo flogistico distinto in batterico (acuto o cronico), cronico abatterico (infiammatorio e non) e prostatodinia (forma simil-infiammatoria) e caratterizzato da sintomi sistemici (febbre, brividi, malessere generale e mialgie) e locali (stimolo alla minzione, dolore lombare, ostruzione al flusso, dolore e distensione addominale) - Indagine microbiologica diretta: il distretto contenente fluido prostatico è sterile, quindi qualunque m.o. vi venisse riconosciuto sarebbe identificabile come agente patogeno responsabile del quadro - Tampone: anche dopo massaggio prostatico, ma prima del test dei 4 bicchieri, in modo da non ridurre la carica microbica per passaggio dell’urina - Four glasses test di Stamey: raccolta di materiale per la valutazione microbica (urina e secrezione prostatica), eventuale correlazione col quadro patologico e conferma che i sintomi siano riconducibili a prostatite A. Prime urine emesse spontaneamente: contezza dei m.o. a livello uretrale - Enterobatteri, opportunisti, Miceti e C. Trachomatis - B. Secondo mitto (o intermedio): visualizzazione m.o. provenienti da vie più alte (vescica) - Germi comuni e miceti (Chlamydia solo se agente di cistite) - C. Secrezione prostatica durante massaggio: raccolta anche dei residui vescicali e uretrali - Opportunisti, Miceti e Micoplasmi genitali - D. Urine dopo massaggio prostatico: si ha diluizione dell’azione antimicorbica del liquido e si posso- no evidenziare i m.o. del distretto prostatico - Germi comuni, Miceti e Chlamydia - - Indagine microscopica: campione d’elezione è il liquido prostatico; colorazione di Giemsa o Gram; identifica- zione di leucociti, aggregati leucocitari e leucociti nelle urine dopo massaggio prostatico - Esame colturale: tramite terreni selettivi x Infezione localizzata a livello prostatico: m.o. nel liquido prostatico e nel campione urinario raccol- to dopo il massaggio x Infezione in tutti e 4 i campioni: uretrite confermata da tampone endouretrale - M.o. opportunisti: in presena di positività di tutti e 4 i campioni per m.o. opportunisti o positività per primo, secondo e quarto campione (assenzanel liquido prostatico), si valuta il logaritmo della carica per differenziare le sedi coinvolte ed escludere la prostatite x Superiore a livello urinario: uretrite x Superiore al secondo mitto: cistite x Presente nel liquido prostatico o nelle urine post-massaggio: prostatite EPIDIDIMITE: generalmente associata ad infezione uretrale o vescicale in giovani adulti (<35anni); N. Gonorrheae e C. Trachomatis per via sessuale; Enterobatteri, Enterococchi e Pseudomonas per anomalie anatomiche o manovre strumentali ORCHITE: processo flogistico testicolare per diffusione attraverso la via ematica; virus della parotite (classicamente, complicanza della parotite in epoca post-puberale); Coxachie Virus di tipo B, CMV e Toxoplasma soprattutto nei pz con AIDS; presenza di dolore e gonfiore mono o bilaterale accompagnati, talvolta, da febbre e vomito; diagnosi indiretta per definire l’avvenuta infezione, diagnosi diretta con raccolta delle urine (il m.o. vi è dosabile nelle prime due settimane dall’esordio per poi sparire) APPARATO URINARIO MECCANISMI DI DIFESA - Azione lavante dell’urina che riduce la carica microbica - Sfaldamento delle cellule epiteliali - pH urinario - Urea, lisozima e lattoferrina - Attività antibatterica prostatica - Epitelio di transizione (urotelio) che non permette il passaggio in circolo dei m.o. - Valvola vescico-ureterale - Capacità di resistenza mucosale alle lesioni della mucosa - Risposta infiammatoria aspecifica (IgG e/o IgA) e fagocitosi - Mannosio che inibisce l’adesione batteria - Peristalsi e flora batterica residente FLORA BATTERICA RESIDENTE - Aeorbi Gram + : Staphylococcus epidermidis e altri coagulasi negativi, Streptococchi alfaemolitici e non emoliti- ci, Enterococcus Faecalis, Bacilli Corineformi, Lactobacillus Acidophilus (donne) - Anaerobi Gram- : Bacteroides e Fusobacterium - Anaerobi Gram + : strettamente cutanei, di provenienza fondamentalmente fecale; Proprionibacterium e Streptococchi cutanei - Occasionalmente: Acinetobacter, Pseudomonas Aeruginosa, Gardnella Vaginalis, Listeria Monocytogenes, Mycobacterium Tuberculosis, Mycoplasmi opportunisti e Candida QUADRI CLINICI - CISTITE: infezione a livello vescicale acuta con incubazione breve di circa tre giorni e sintomatologia peculiare (disuria, urgenza e minzione frequente) o cronica; rischio principale è la risalita con una fase asintomatica delle alte vie urinarie anche molto grave; possibile batteriuria asintomatica - URETRITE: interessamento uretrale in presenza o meno di cistite - PIELONEFRITE ACUTA: patologia delle alte vie, non ostruttiva nella donna e ostruttiva nell’uomo (spesso associata a ostruzione del tratto renale e calcolosi; causa febbre, dolore lombare e sintomatologia a carico del tratto urinario inferiore - PIURIA STERILE: forma in cui non sono presenti m.o. - Sindrome uretrale: reazione infiammatoria a livello dell’uretra che determina piuria senza m.o. - Infezione renale da M. Tuberculosis (Tubercolosi Renale): non troveremo m.o. se non ricerchiamo specificatamente i micobatteri, inoltre, vengono eliminati in maniera pulsatile, non continuativamente - Infezione da C. Neoformans o da C. Immitis - Prostatite batterica: con tendenza alla cronicizzazione - Ascesso perirenale - Necrosi delle papille renali - Rene policistico: evento genetico-familiare in cui il rene va incontro alla formazione di cisti con richiamo di PMN e la liberazione di pus a livello urinario - Calcolosi renale - Neuropatia analgesica SINDROME UREMICA EMOLITICA: associata a m.o. intestinali, dà manifestazioni a livello urinario; sindrome causata da E.Coli (soprattutto EHEC) con il sierotipo O157:H7, caratteri di adesività particolari e produzione di tossina shiga (tossina citotossica responsabile di inibizione della sintesi proteica); non riscontriamo m.o. a livello renale non lo riscontriamo e lo si dovrà ricercare a livello fecale INFEZIONI NON COMPLICATE: pz in cui le vie urinarie sono integre e in assenza di manovre strumentali invasive; pielonefrite, cistiti, batteriemia asintomatica, infezioni comunitarie e infezioni ricorrenti (compaiono entro 60gg dal primo episodio, almeno 4 eventi all’anno) INFEZIONI COMPLICATE: pz con anomalie strutturali o con funzioni alterate delle vie urinarie o sottoposti a ma- novre strumentali invasive; sono più difficili da trattare e il pz può andare incontro a recidive MICRORGANISMI: E. Coli (fattori di patogenicità – adesine, emolisine, blocco dell’attività complementare, resistenza al mannosio e aerobactina che blocca il ferro); Proteus associato a calcolosi in uomini e bambini perché produce ureasi; Enterobacter negli ospedalizzati; Pseudomonas per manovre strumentali; Klebsiella e Providencia producenti ureasi con tendenza alla calcolosi; Staphylococcus Aureus e coagulasi negativi; Candida; Trichomonas Vaginalis; Adenovirus nei bambini (cistite emorragica); EBV (nefrite interstiziale in soggetti con mononucleosi) e CMV; Poliomavirus umano; virus della parotite; HIV DIAGNOSI: diretta con urina come campione elettivo per la ricerca dell’agente eziologico, prelevata prima dello inizio della terapia antibiotica e/o almeno 48h dopo la sua conclusione; l’urina deve essere rimasta almeno 2h in vescica per la valutazione degli opportunisti il cui effetto patogeno è attribuito ai livelli di carica; evitare la contaminazione e attribuire un adeguato ruolo patogeno - Raccolta: (10ml) prime urine al mattino o a distanza di almeno 3h dall’ultima minzione; eliminare il primo agitto riducendo la carica nella parte terminale delle vie; lavaggio dalla parte anteriore alla posteriore senza mai ripassare sullo stesso punto per evitare la contaminazione da genitali esterni; contenitore a bocca larga mantenuto obliquo per tutto il tempo di raccolta, evitando di toccare il coperchio; urina messa subito in frigo e portata entro 2h in laboratorio (dove può essere tenuto in frigo fino a 6h dal momento della raccolta) o mantenuta a 4°C x Pz cateterizzati: raccogliere dal punto di giunzione cercando di disinfettare bene x Neonati <2 anni: tramite sacchetto sterile adesivo cambiato ogni 30 min se non riempito x Puntura sovrapubica: per la ricerca di anaerobi e in pz non collaboranti o non cateterizzabili, con ritenzione urinaria, trauma o impervietà uretrale - Esame macroscopico: valutazione ad occhio nudo delle urine - Esame microscopico: analisi della goccia di urina senza centrifugazione (indagine non diagnostica) con valutazione di cristalli, piuria, leucocituria, ematura, pH, protozoi e/o miceti - Urinocoltura: valutazione della conta microbica (numero batteri presenti in 1ml di urina) con diluizioni seriali con fattore 10 - PAR test (Potere Antibatterico Residuo): valutazione dell’eventuale presenza di sostanze antimicrobi- che nelle urine con l’utilizzo di un m.o. sensibile a qualsiasi sostanza, in caso di esame colturale negativo (accertamento dell’attività antibatterica urinaria); si studia l’inibizione o meno della crescita microbica in presenza di una goccia di urina già studiata