MIKROBIOLOGIA OGÓLNA I ŻYWNOŚCI, Schematy z Mikrobiologia

Pobierz MIKROBIOLOGIA OGÓLNA I ŻYWNOŚCI i więcej Schematy w PDF z Mikrobiologia tylko na Docsity! MIKROBIOLOGIA OGÓLNA I ŻYWNOŚCI PRZEWODNIK DO ĆWICZEŃ DLA STUDENTÓW II ROKU KIERUNKU DIETETYKA (opracowanie: dr inż. Wioleta Chajęcka-Wierzchowska) KATEDRA MIKROBIOLOGII PRZEMYSŁOWEJ I ŻYWNOŚCI WYDZIAŁ NAUKI O ŻYWNOŚCI OLSZTYN 2017 Ćwiczenie 1. Zasady organizacji laboratorium mikrobiologicznego. Sterylizacja i dezynfekcja podstawą prawidłowej i bezpiecznej pracy w laboratorium mikrobiologicznym. Zasady mikroskopowania, cz. I. 1. Regulamin dotyczący pracowni mikrobiologicznej- podpisują. 2. Zasady zaliczenia zajęć- sylabus. 3. Omówienie zasad sterylizacji i dezynfekcji. 4. Omówienie wyposażenia. Część praktyczna: 1. Mikroskopowanie 2. Posiewy rąk. Ćwiczenie 2 Morfologia kolonii bakterii. Morfologia komórek bakterii. Metody barwienia. Mikroskopowanie – cz. II. Podłoża stosowana do hodowli drobnoustrojów. Metody hodowli drobnoustrojów. KOLOKWIUM I Zakres materiału: Sterylizacja, dezynfekcja. Budowa komórki bakteryjnej. Metody barwienia. Część praktyczna: 1. Opis wyrosłych kolonii. 2. Preparat barwiony fioletem. 3. Preparat barwiony nigrozyną – wymaz z zęba. 4. Preparat barwiony Gramem - mieszanina: E. coli, Serratia, Enterococcus, POSIEWY: o Powierzchniowy – izolacyjny mieszaniny na podłoża: - agar odżywczy - Endo - Slanetz o Posiew na skos z kolonii wyrosłej z ręki o Posiew do bulionu kolonii wyrosłej z ręki o Hodowle beztlenowe- omówić Morfologia koloni bakterii - podłoże stałe: Na salę 1. Zawiesina E.coli – 104jtk / ml 2. Posiane szczepy: Penicillium – 2 pł. Candida – 2 pł Mucor- 2 pł Aspergillus – 2 pł. Geotrichum - 2pł. Saccharomyces – 2 pł Schizosaccharomyces – 2 pł. Rhodotorula – 2 pł Pokój przygotowawczy Na grupę 1. Pełna szafa – sala ćwiczeń -szkiełka, szmatki, bibuła - bagietki – 14 szt. - pipety a’1ml – 14 szt - pipety automatyczne, - końcówki do pipet Pożywkarnia Na grupę 1. płyn fizjologiczny po 9 ml – duży koszyk 2. agar odżywczy po 250 ml – 1 kolbka 3. agar odżywczy płytki – 14 szt. Na salę 1. płyn fizjologiczny po 3 ml – po 1 probówce na stanowisko Ćwiczenie 4 Metody ilościowego oznaczania drobnoustrojów cz. II Wpływ czynników fizycznych i chemicznych na drobnoustroje występujące w żywności. Cz. I Pokój przygotowawczy 1. Pełna szafa – sala ćwiczeń - szkiełka, szmatki, bibuła - pipety automatyczne, - końcówki do pipet - pipety a 1 ml -13 szt. na grupę - ezy Pożywkarnia Na grupę 1. bulion odżywczy - po 5 ml 60 szt. 2. Łaźnie 80 i 63.5o Pokój posiewów Na salę 1. Hodowla po 3 ml (w małych probówkach) (posiać na bulion odżywczy do kolbki i rozlać po 3 ml) Bacillus - 5 Enterococcus-5 E.coli -5 Każdy ze studentów „bada” jeden szczep (posiew pipeta automatyczną) w temp. 63.5 i 80O - próba kontrola (3 probówki z bulionem) 3. Odziaływanie zw. chemicznych na drobnoustroje – demonstracja – płytki na każdym stanowisku Szczepy: Pseudomonas -14 E.coli-14 Serratia marcescens -14 Ćwiczenie 5 Wpływ czynników fizycznych i chemicznych na drobnoustroje występujące w żywności. Cz. II Stan higieniczno-sanitarny zakładu żywienia zbiorowego. Ocena mikrobiologiczna powietrza, wody, powierzchni. Badanie czystości rąk Pokój przygotowawczy 1. Pełna szafa – sala ćwiczeń -szkiełka, szmatki, bibuła -pipety automatyczne, - końcówki do pipet - ezy - tampony do rąk - po 4 w płytce 12,12, (8.00-11.15) 14 (11.30-13-45) - tampony do sztućców - duże – 12,12,14 ( j.w) - płytki – 3 tubusy na grupę Pożywkarnia 1. aparat do sączenia wody + sączki 2. podłoże z tergitolem - 2 płytki na grupę 3. podłoże Slanetz’a - 1 płytki na grupę 4 podłoże YGC – 13 płytek na grupę 5. podłoże agar odżywczy – 13 płytek na grupę 6. podłoże agar odżywczy – 2x 250 na grupę 7. podłoże z żółcią, zielenią , laktozą – 90 probówek – na grupę 8. podłoże G-C- 45 probówek na grupę 9 płyn Ringera po 40 ml – 13 szt na grupę. 10. płyn fizjologiczny po 20 ml – 13 szt. na Grupę Ćwiczenie 6 Żywność fermentowana. Cz. I Ocena jogurtów i soków z warzyw fermentowanych w kierunku obecności pałeczek Lactobacillus spp. W parach oceniają jogurt, sok z warzyw (kapusty lub ogórków), posiewa każdy Posiew po 0.1 ml z rozcieńczenia 1:1000 (3)( 1:10.000 (4) na podłoże MRS - posiew jogurtu - sok z warzyw (kapusty lub ogórków) j.w. Pokój posiewów Sok z kapusty – 6 kolbek po 30 ml – na salę Sok z ogórków – 7 kolbek po 30 ml na salę Pojemniki do beztlenowców + saszetki – 2 szt. na salę Pokój przygotowawczy 1. Pełna szafa – sala ćwiczeń -szkiełka, szmatki, bibuła -pipety automatyczne, - końcówki do pipet 2. Klasyczna metoda oznaczania pałeczek Listeria monocytogenes w żywności Oznaczanie obecności pałeczek Listeria monocytogenes zgodnie z obowiązującym Rozporządzeniem Komisji Europejskiej 1441/2007 przeprowadza się zgodnie z normą ISO 11290. Oznaczanie obecności prowadzi się wg poniższego schematu: Rodzaj żywności Plan poboru próbek Limity Referencyjna metoda badania Etap stosowania kryterium n c m M Żywność gotowa do spożycia przeznaczona dla niemowląt oraz gotowa do spożycia żywność specjalnego medycznego przeznaczenia (4) 10 0 Nieobecne w 25 g EN/ISO 11290-1 Produkty wprowadzane do obrotu w ciągu okresu przydatności do spożycia Żywność gotowa do spożycia, w której możliwy jest wzrost L. monocytogenes, niebędąca żywnością przeznaczoną dla niemowląt ani żywnością specjalnego medycznego przeznaczenia 5 0 100 jtk/g EN/ISO 11290-2 Produkty wprowadzane do obrotu w ciągu okresu przydatności do spożycia 5 0 Nieobecne w 25 g EN/ISO 11290-1 Przed wyjściem żywności spod bezpośredniej kontroli przedsiębiorstwa sektora spożywczego, które jest jego producentem Gotowa do spożycia żywność, w której niemożliwy jest wzrost L. monocytogenes, niebędąca żywnością przeznaczoną dla niemowląt ani żywnością specjalnego medycznego przeznaczenia (4) (8) 5 0 100 jtk/g EN/ISO 11290-2 Produkty wprowadzane do obrotu w ciągu okresu przydatności do spożycia (4) Regularne badanie zgodności z tym kryterium nie jest wymagane w normalnych warunkach dla następujących rodzajów żywności gotowej do spożycia: - żywność poddana obróbce cieplnej lub innej obróbce skutecznie eliminującej L. monocytogenes, o ile po takiej obróbce nie jest możliwe wtórne zanieczyszczenie (na przykład produkty poddane obróbce cieplnej w końcowym opakowaniu), - świeże, niekrojone i nieprzetworzone warzywa i owoce, z wyłączeniem kiełków, - pieczywo, herbatniki i podobne produkty, - woda, napoje bezalkoholowe, piwo, jabłecznik, wino, napoje spirytusowe i podobne produkty, w butelkach lub innych opakowaniach, - cukier, miód i wyroby cukiernicze, w tym wyroby kakaowe i czekoladowe, - żywe małże (8) Produkty o pH ≤ 4,4 lub aw ≤ 0,92, produkty o pH ≤ 5,0 i aw ≤ 0,94, produkty o okresie przydatności do spożycia krótszym niż 5 dni będą automatycznie uznawane za należące do tej kategorii. Inne kategorie produktów mogą również należeć do tej kategorii pod warunkiem naukowego uzasadnienia n = liczba próbek; c = liczba próbek dających wartości między m a M Oznaczanie obecności Listeria monocytogenes w próbkach żywności obejmuje kilka etapów: I. Wstępne namnażanie na płynnej pożywce „pół-selektywnej” II. Namnażanie wtórne na płynnej pożywce selektywnej III. Różnicowanie na podłożach agarowych IV. Identyfikacja w oparciu o testy biochemiczne Rys. 1 Schemat oznaczania obecności Listeria monocytogenes w żywności wg ISO 11290. Próbka analityczna (x g lub x ml) Pożywka płynna do wstepnego namnażania (bulion pół-Frasera) 9xg lub 9xml Inkubacja przez 24h±3h w temp. 37⁰C Posiew 0,1ml do 10ml bulionu Frasera Inkubacja przez 48h±2h w temp. 37⁰C Posiew izolacyjny na agar Listeria wg Ottaviani i Agosti (ALOA) oraz PALCAM lub Oxford Inkubacja w temp. 37⁰C przez 24±3h do 48h Posiew charakterystycznych kolonii na pożywkę TSYEA Inkubacja w temp. 37⁰C przez 24h Potwierdzanie przynależności do rodzaju Listeria sp.: -test na wykrywanie katalazy - barwienie metoda Grama - test na zdolnośc ruchu Potwierdzenie przynależności do gatunku L. monocytogenes - test na hemolizę - test na zdolnośc do rozkładu węglowodanów - test CAMP W pierwszym etapie, w celu regeneracji komórek potencjalnie uszkodzonych prowadzi się hodowlę na podłożu bulionowym pół-Frasera z dodatkiem ½ dawki suplementu selektywnego w temperaturze 37°C przez 24±3godz. Z hodowli pobiera się 0,1cm 3 i posiewa do 10cm 3 bulionu Frasera. Bulion pół-Frasera i Frasera to podłoża, które oprócz składników odżywczych (peptony, ekstrakty) zawierają eskulinę i chlorek litu. Do podłoża po sterylizacji wprowadzany jest roztwór cytrynianu amonowo-żelazowego i dodatek selektywny w postaci roztworu antybiotyków: akryflawiny i kwasu nalidyksowego (w bulionie pół-Frasera jest go połowę mniej). Antybiotyki i chlorek litu silnie hamują wzrost bakterii Gram-ujemnych i większość Gram-dodatnich. Dodatkowo chlorek litu jest czynnikiem wybiórczym, ze względu na tolerancję wyższych stężeń tej soli przez Listeria monocytogenes. Szczepy Listeria monocytogenes hydrolizują eskulinę do eskuletiny i glukozy. Eskuletina tworzy czarny kompleks z żelazem (III) pochodzącym z cytrynianu. Hodowla na tym podłożu po namnożeniu pałeczek Listeria sp. przybiera czarnoszarą lub czarną barwę. Po inkubacji w temperaturze 37°C przez 48±2godz. namnożoną hodowlę posiewa się izolacyjnie na pożywki selektywne. Pierwszą z nich jest pożywka wg Ottaviani i Agosti (ALOA). Druga pozostaje do wyboru przez laboratorium i może to być Oxford lub PALCAM agar. Pożywka ALOA zawiera składniki wybiórcze (kwas nalidyksowy, polimyskynę B, cykloheksymidynę), który jest rozkładany przez enzymy pałeczek Listeria sp., a także substrat chromogenny. Wyrosłe kolonie mają barwę zielononiebieską i otoczone są mętną strefą podłoża (rozkład fosfatydyloinozytolu przez fozfolipazę C). Jeżeli po 24±3h inkubacji wzrost bakterii jest słaby lub nie obserwuje się obecności typowych kolonii lub nie obserwuje się żadnych kolonii płytki należy inkubować kolejne 24±3h. Rys. Kolonie Listeria monocytogenes na podłożu ALOA. Pożywka Oxford-agar to pożywka selektywno-różnicująca zawierająca w swoim składzie mieszaninę antybiotyków, skrobię, eskulinę, chlorek litu i cytrynian amonowo- żelazowy(III). Kolonie pałeczek Listeria sp. mają na tym podłożu barwę ciemnoszarą z zielonkawym odcieniem i są otoczone strefą czarnego podłoża. Zabarwienie to jest wynikiem rozkładu eskuliny i wytrącenia powstałego w reakcji z żelazem kompleksu o barwie czarnej. a. Oznaczanie liczby Listeria monocytogenes w żywności Należy wykonać posiew powierzchniowy po 0,1 cm 3 badanego materiału lub jego rozcieńczenia na podłoże ALOA. Po inkubacji w temp. 37°C przez 24h±3godz. liczy się charakterystyczne, zielononiebieskie kolonie otoczone nieprzezroczystą strefą. Rys. 1 Schemat oznaczania liczby Listeria monocytogenes w żywności wg ISO 11290. Próbka analityczna (x g lub x ml) Rozcieńczalnik do przygotowania zawiesiny wyjściowej (zbuforowana woda peptonowa lub pożywka podstawowa pół-Frasera) 9xg lub 9xml Regeneracja przez 1h w temp. 20⁰C Posiew powierzchniowy na agar Listeria wg Ottaviani i Agosti (ALOA) Inkubacja w temp. 37⁰C przez 24h do 48h Identyfikacja i oznaczanie liczby Listeria sp. Potwierdzanie przynależności do rodzaju Listeria sp.: - posiew na pożywkę TSYEA i inkubacja w temp. 37⁰C przez 24h -test na wykrywanie katalazy - barwienie metoda Grama - test na zdolnośc ruchu Potwierdzenie przynależności do gatunku L. monocytogenes - test na hemolizę - test na zdolnośc do rozkładu węglowodanów - test CAMP 3. Alternatywne metody oznaczania Listeria monocytogenes w żywności Klasyczne metody oznaczania pałeczek L. monocytogenes w żywności są czasochłonne. Całkowity czas analizy może wynosić nawet 8 dni. Często jest to nie do przyjęcia ze względu na krótką trwałość niektórych produktów z grupy szczególnie narażonej na kontaminację L. monocytogenes (np. surowe mięso, ryby czy mleko). Dlatego możliwe jest stosowanie metod zmodyfikowanych lub alternatywnych pod warunkiem ich zwalidowania w stosunku do metod referencyjnych. Modyfikacje klasycznych metod hodowlanych mogą dotyczyć każdego ich etapu łącznie z techniką posiewu. Metody alternatywne są natomiast stosowane głównie do potwierdzania obecności L. monocytogenes i ich identyfikacji. W tym celu najczęściej są wykorzystywane testy immunologiczne, molekularne oraz fagotypowanie. Nowoczesnym metodom stosowanym w analizie żywności stawia się wiele wymagań, np.: „ uzyskanie szybkiego wyniku, wysoką czułość, możliwość wykrycia niewielkiej ilości mikroorganizmów lub ich toksyn, niskie koszty, możliwość dokonania obiektywnego odczytu wyniku za pomocą odpowiedniej aparatury, łatwość procedury, możliwość zautomatyzowania badań, minimalizacja liczby wyników fałszywie dodatnich i fałszywie ujemnych. Pożywki chromogenne Zalecaną pożywką selektywno-różnicującą stosowaną podczas wykrywania i określania liczby L. monocytogenes jest pożywka agarowa Listeria wg Ottaviani Agosti (ALOA) – opisana powyżej. Wykrywanie patogennych szczepów L. monocytogenes jest oparte w tej metodzie na detekcji fosfolipazy C zależnej od fosfatydyloinozytolu. Ottaviani zmodyfikował pozywkę stosując dodatkowo składnik chromogenny 5-bromo-4-chloro- -3- indolilo-β-D-glukopiranozyd. Alternatywną metodę opatentowali w 1998 r. Facon i Simon Zastosowali oni do detekcji aktywności fosfolipazy C zależnej od fosfatydyloinozytolu składnik chromogenny 5-bromo-4-chloro-3-indolilo-myo-inozytol-1-fosforan. Ta zasada metody została wykorzystana m.in. w pożywce RAPID’L.mono. Zawiera ona, oprócz X-IP, ksylozę i czerwień fenolową jako indykator pH. Dzięki temu jest możliwe zróżnicowanie L. monocytogenes i L. ivanovii. Bakterie L. ivanovii fermentują ksylozę, co powoduje zakwaszenie pożywki wokół kolonii i zmianę barwy na żółtą. Metody immunoenzymatyczne Spośród różnych metod immunologicznych służących do wykrywania patogenów w żywności najczęściej stosowane są modyfikacje testów immunoenzymatycznych ELISA (Enzyme Linked Immuno-Sorbent Assay) typu kanapkowego. Jedną z metod alternatywnych stosowanych do wykrywania bakterii L. monocytogenes jest test immunoenzymatyczny Transia Plate Listeria monocytogenes, który przeprowadza się po etapie namnożenia. Test ten zawiera przeciwciała specyficzne dla białka P60 L. monocytogenes znakowane peroksydazą chrzanową. W przypadku uzyskania wyników wątpliwych, wymagane jest przeprowadzenie badań potwierdzających. Dużą zaletą testu jest znaczne skrócenie czasu analizy, gdyż wynik uzyskuje się 1,5 h po namnożeniu badanych bakterii. W pełni zautomatyzowaną metodą, wykorzystującą technikę enzymoimmunofluorescencyjną (Enzyme Linked Fluorescent Assay) jest system VIDAS. Badanie jest przeprowadzane automatycznie przez immunoanalizator VIDAS z wykorzystaniem pipetki SPR (Solid Phase Receptacle) i pasków testowych. Wewnętrzna powierzchnia pipetki SPR jest pokryta monoklonalnymi przeciwciałami anty L. monocytogenes, natomiast paski testowe zawierają odpowiednie odczynniki, koniugat (monoklonalne przeciwciała znakowane alkaliczną fosfatazą) i substrat fosforan 4-metyloumbeliferylu. Enzym koniugatu katalizuje hydrolizę substratu do fluorescencyjnego produktu 4-metylo-umbelliferonu, którego fluorescencja jest mierzona automatycznie przy długości fali 450 nm. Do wykrywania L. monocytogenes we wszystkich produktach spożywczych i próbkach środowiskowych mogą być stosowane testy Vidas Listeria monocytogenes 2 (VIDAS LMO2), Vidas Listeria DUO (VIDAS LDUO) i Vidas Listeria monocytogenes Xpress (VIDAS LMX). W opracowanych metodach zastosowano różne pożywki namnażające (bulion Frasera, bulion LX) i różny czas inkubacji. Etap namnażania bakterii w metodzie VIDAS LMO2 i VIDAS LDUO jest dwustopniowy (48 h), natomiast w metodzie VIDAS LMX dzięki optymalizacji pożywki LX przez dodatek selektywnych czynników został skrócony do 26 h. Po namnożeniu bakterii czas oznaczenia za pomocą analizatora VIDAS wynosi od 70 do 127 min w zależności od stosowanego testu. Metoda zastosowana w teście VIDAS LDUO umożliwia w jednym badaniu jednoczesne wykrycie i różnicowanie L. monocytogenes i Listeria ssp. ze względu na użycie kombinacji przeciwciał i fragmentów przeciwciał dla antygenów tych bakterii. Metody wykorzystujące technikę PCR Wykrywanie drobnoustrojów chorobotwórczych w badanej próbce żywności metodą PCR odbywa się w trzech etapach: - namnażanie bakterii w odpowiednich pożywkach w celu zwiększenia liczby komórek i eliminacji wyników fałszywie dodatnich, wynikających z obecności komórek martwych, - liza komórek w celu wyodrębnienia DNA pełniącego funkcję matrycy w reakcji amplifikacji, - reakcja PCR w urządzeniu zwanym termocyklerem i wykrywanie obecność specyficznego produktu reakcji, świadczącego o obecności analizowanych drobnoustrojów w badanej próbce. Produkty PCR można wykrywać metodą tradycyjną stosując elektroforezę w żelu agarozowym lub nowoczesną dzięki technologii Real-Time PCR. Do wykrywania obecności L. monocytogenes w próbkach żywności za pomocą techniki PCR najczęściej wykorzystuje się gen specyficzny hly listeriolizyny O, a także geny internalin inlA, inlB oraz gen iap białka P60 związanego z procesem inwazji (invasion associated protein). BAX System Listeria monocytogenes 24E jest automatycznym systemem do wykrywania patogenów w próbkach żywności i próbkach środowiskowych. Protokół oznaczenia składa się z trzech etapów: przygotowania DNA, amplifikacji specyficznego fragmentu DNA i detekcji fragmentu DNA. Zestaw zawiera również fragment DNA „kontroli wewnętrznej” pozwalający na wyeliminowanie fałszywie ujemnych wyników wynikających z obecności potencjalnych inhibitorów reakcji PCR. Zaletą systemu jest zastosowanie wszystkich składników reakcji PCR (polimerazy DNA, mieszaniny trinukleotydów dNTP, starterów, matrycy kontroli wewnętrznej i barwnika fluorescencyjnego) w formie tabletki umieszczonej w probówce PCR, którą rozpuszcza się w lizacie otrzymanym z próbki