Apostilas de Biologia Computacional  2012 - Lista 4, Notas de estudo de Biologia Computacional. Universidade Federal de Alagoas (UFAL)
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Apostilas de Biologia Computacional 2012 - Lista 4, Notas de estudo de Biologia Computacional. Universidade Federal de Alagoas (UFAL)

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Apostilas de Biologia Computacional da Universidade Estadual de Campinas, Segundo Semestre de 2012, 4 Lista de Exercícios.
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MO640 – Biologia Computacional Segundo Semestre de 2012 Quarta Lista de Exerćıcios

1. Explique como usar usar o BLAST para remover trechos contaminados por vetor de sequencia-

mento.

2. Considere o grafo de sobreposição OG(F ,t) = (V,E), com V = {a, b, c, d, e}, E = {(a, b), (a, c), (a, d), (b, e), (c, e), (d, e)} e t = 2. Determine um conjunto de fragmentos F compat́ıvel com OG(F , t).

3. Mostre uma sequência S e um conjunto de fragmentos F que cobre S completamente, mas que o modelo de Supersequência Comum Mı́nima (SCS) não reconstroi corretamente a sequência

original.

4. Seja F = {ATC, TCG,AACG}. Encontre o melhor alinhamento para a coleção F de acordo com o modelo de reconstrução (RECONSTRUCTION), considerando ǫ = 0.1 e ǫ = 0.25. Lembre- se de considerar também os complementos reversos dos fragmentos.

5. Seja F = {TCCCTACTT,AATCCGGTT,GACATCGGT}. Encontre o melhor conjunto de contigs para a coleção F de acordo com o modelo MULTICONTIG considerando ǫ = 0.3 e t = 5.

6. Para cada um nos seguintes problemas biológicos, mostre um exemplo onde o modelo SCS falha

ao montar os fragmentos da sequência original:

a. Erros de sequenciamento

b. Orientação desconhecida dos fragmentos

c. Regiões repetidas na sequência original

Em cada caso, indique a sequência original a ser montada, os fragmentos utilizados na monta-

gem e a sequência obtida com o modelo SCS.

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