1
TP 2 Bioinformatique :
Recherche des séquences dans les bases de données
Et l’outil BLAST
L'objectif de ce TP :
apprendre comment trouver les séquences protéiques dans les bases de données ,
et apprendre comment analyser et étudier certaines caractéristiques de ces séquences .
1) Taper << Search NCBI databases NLM >> dans le moteur de recherche Google , puis
accéder au premier résultat .
2) Dans la partie ‘ Proteins ’ cliquez sur ‘ Protein ’
3) Rechercher la séquence protéique Q9FJI5 .
4) télécharger la séquence ( format FASTA) et ouvrir avec BlocNote le fichier téléchargé .
5) dans le moteur de recherche google écrire BLAST et puis accéder au premier résultat
6) accéder à l’outil BLASTP et effectuer une recherche dans la base de donnée swissprot
des séquences similaire de la séquence télécharger sous format fasta et extraire des
informations à partir des résultat .
TP 2 Bioinformatique :
Recherche des séquences dans les bases de données
Et l’outil BLAST
L'objectif de ce TP :
apprendre comment trouver les séquences protéiques dans les bases de données ,
et apprendre comment analyser et étudier certaines caractéristiques de ces séquences .
1) Taper << Search NCBI databases NLM >> dans le moteur de recherche Google , puis
accéder au premier résultat .
2) Dans la partie ‘ Proteins ’ cliquez sur ‘ Protein ’
3) Rechercher la séquence protéique Q9FJI5 .
4) télécharger la séquence ( format FASTA) et ouvrir avec BlocNote le fichier téléchargé .
5) dans le moteur de recherche google écrire BLAST et puis accéder au premier résultat
6) accéder à l’outil BLASTP et effectuer une recherche dans la base de donnée swissprot
des séquences similaire de la séquence télécharger sous format fasta et extraire des
informations à partir des résultat .
