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Trasferimento genetico nei batteri: coniugazione, trasformazione e trasduzione, Appunti di Genetica

Caratteristiche geniche dei batteri

Tipologia: Appunti

2016/2017

Caricato il 01/09/2017

MartaManzoni96
MartaManzoni96 🇮🇹

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GENETICA DEI BATTERI
Struttura: i batteri sono organismi procarioti (non posseggono la membrana nucleare) e
monoploidi (posseggono un solo assetto genomico, solitamente un unico cromosoma circolare a
doppio lamento). Essi possono essere suddivisi in base alla forma, al metabolismo, modalità di
nutrizione e caratteristiche della parete.
Rispetto alla forma essi si suddividono in: cocchi (sferici), bacilli (bastoncellari) e spirilli
(avvitati).
Rispetto al metabolismo, che consiste nelle reazioni biochimiche necessarie per la
produzione di energia (ATP), essi si suddividono in: fotosintetici (ricavano l'energia per la
produzione di ATP dalla luce solare) è chemiosintetici (ricavano energia dalla demolizione
chimica di altre sostanze)
Rispetto alle modalità di nutrizione si distinguono in: autotro (batteri in grado di produrre
autonomamente le sostanze nutritive a partire da H2O, CO2 e sali minerali) ed eterotro
(necessitano di composti precostituiti).
I batteri possono essere coltivati in laboratorio su terreni di coltura quindi o solidi, lo sviluppo di
colonie segue andamenti caratteristici suddivisi in 4 fasi:
1. Fase Latente: i batteri producono le sostanze necessarie alla loro divisione. In questa prima
fase il numero di batteri rimane costante, uguale a quello di partenza
2. Fase di accrescimento esponenziale: i batteri si dividono, duplicando il loro numero secondo
uno sviluppo logaritmico
3. Fase stazionaria: i nutrienti iniziano a scarseggiare così che il numero di batteri ancora in
grado di dividersi è uguale al numero di batteri morti.
4. Morte: il calo drastico di nutrienti causa la morte i tutti i batteri
Riproduzione asessuata = scissione (cellule glie identiche alla cellula madre)
Replicazione del DNA:
Ha origine da una sequenza di origine (OriC) che in E.Coli è costituita da 13bp di sequenza
consenso (ricca in A:T in tandem) e da 9bp di sequenze consenso interposte ad altre sequenze del
DNA.
In OriC si attaccano enzimi responsabili della separazione della doppia elica:
DnaB e DnaC sono due complessi proteici responsabili della separazione della doppia elica con
formazione della forcella di replicazione, in particolare DnB è una elicasi che srotola la doppia
elica.
La replicazione è bidirezionale, quindi le due forche si muovono nelle due direzioni opposte: la
topoisomerasi elimina i superavvolgimenti causati dallo scioglimento della doppia elica.
Contemporaneamente una primasi crea un primer ad RNA che funge da innesco per la DNA-
polimerasi. A questo punto la DNA-polimerasi III inizia a sintetizzare il lamento complementare
(da 3' - 5') mentre la DNA-polimerasi I funziona sia da polimerasi che da esonucleasi rimuovendo
gli inneschi ad RNA dal lamento in ritardo (quest'ultimo è sintetizzato in modo discontinuo
mediante i frammenti di Okazaki). Inne la ligasi unisce i frammenti di Okazaki. Il processo è
concluso.
I geni dei cromosomi batterici sono organizzati in modo dierente rispetto a quelli degli eucarioti:
qui non sono presenti (se non in minime quantità) sequenze ridondanti e non codicanti, non ci
sono infatti sequenze introniche. I geni sono interamente continui tra loro.
Sono presenti elementi trasponibili, ovvero sequenze di DNA che possono inserirsi in punti
diversi del genoma, si tratta delle sequenze di inserzione (IS) e dei trasposoni (Tn).
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GENETICA DEI BATTERI

Struttura: i batteri sono organismi procarioti (non posseggono la membrana nucleare) e monoploidi (posseggono un solo assetto genomico, solitamente un unico cromosoma circolare a doppio filamento). Essi possono essere suddivisi in base alla forma, al metabolismo, modalità di nutrizione e caratteristiche della parete.

  • Rispetto alla forma essi si suddividono in: cocchi (sferici), bacilli (bastoncellari) e spirilli (avvitati).
  • Rispetto al metabolismo, che consiste nelle reazioni biochimiche necessarie per la produzione di energia (ATP), essi si suddividono in: fotosintetici (ricavano l'energia per la produzione di ATP dalla luce solare) è chemiosintetici (ricavano energia dalla demolizione chimica di altre sostanze)
  • Rispetto alle modalità di nutrizione si distinguono in: autotrofi (batteri in grado di produrre autonomamente le sostanze nutritive a partire da H 2 O, CO 2 e sali minerali) ed eterotrofi (necessitano di composti precostituiti). I batteri possono essere coltivati in laboratorio su terreni di coltura quindi o solidi, lo sviluppo di colonie segue andamenti caratteristici suddivisi in 4 fasi: 1. Fase Latente: i batteri producono le sostanze necessarie alla loro divisione. In questa prima fase il numero di batteri rimane costante, uguale a quello di partenza 2. (^) Fase di accrescimento esponenziale: i batteri si dividono, duplicando il loro numero secondo uno sviluppo logaritmico 3. Fase stazionaria: i nutrienti iniziano a scarseggiare così che il numero di batteri ancora in grado di dividersi è uguale al numero di batteri morti. 4. Morte: il calo drastico di nutrienti causa la morte i tutti i batteri Riproduzione asessuata = scissione (cellule figlie identiche alla cellula madre)

Replicazione del DNA: Ha origine da una sequenza di origine (OriC) che in E.Coli è costituita da 13bp di sequenza consenso (ricca in A:T in tandem) e da 9bp di sequenze consenso interposte ad altre sequenze del DNA. In OriC si attaccano enzimi responsabili della separazione della doppia elica: DnaB e DnaC sono due complessi proteici responsabili della separazione della doppia elica con formazione della forcella di replicazione, in particolare DnB è una elicasi che srotola la doppia elica. La replicazione è bidirezionale , quindi le due forche si muovono nelle due direzioni opposte: la topoisomerasi elimina i superavvolgimenti causati dallo scioglimento della doppia elica. Contemporaneamente una primasi crea un primer ad RNA che funge da innesco per la DNA- polimerasi. A questo punto la DNA-polimerasi III inizia a sintetizzare il filamento complementare (da 3' - 5') mentre la DNA-polimerasi I funziona sia da polimerasi che da esonucleasi rimuovendo gli inneschi ad RNA dal filamento in ritardo (quest'ultimo è sintetizzato in modo discontinuo mediante i frammenti di Okazaki). Infine la ligasi unisce i frammenti di Okazaki. Il processo è concluso.

I geni dei cromosomi batterici sono organizzati in modo differente rispetto a quelli degli eucarioti: qui non sono presenti (se non in minime quantità) sequenze ridondanti e non codificanti, non ci sono infatti sequenze introniche. I geni sono interamente continui tra loro. Sono presenti elementi trasponibili , ovvero sequenze di DNA che possono inserirsi in punti diversi del genoma, si tratta delle sequenze di inserzione (IS) e dei trasposoni (Tn).

Sequenze di inserzione: sequenze di DNA che possono spostarsi autonomamente in punti diversi del genoma. Si tratta degli elementi trasponibili più semplici dei procarioti, formati da 750 - 5000 bp e costituiti da sequenze terminali ripetute e invertite (IR) dalle 9 - 50 bp e da una regione centrale che codifica la trasposasi (proteine che permettono la trasposizione). Queste sequenze si inseriscono in punti del Dna con i quali NON hanno omologia di sequenza: la IS viene interamente rimossa dalla sequenza di origine e viene poi reinserita in un sito bersaglio del genoma della stessa cellula. L'intero processo è catalizzato e coordinato dall'enzima trasposasi: in primis taglia il DNA in cui è contenuto l'IS lasciando margini piatti, poi genera tagli sfalsati nella sequenza bersaglio. A questo punto la seq. IS viene inserita nel sito di bersaglio e le Dna- polimerasi cellulari sintetizzano le sequenze mancanti di dna, riempiendo i vuoti laterali.

Trasposoni: sono elementi trasponibili più complessi degli IS, in quanto oltre che ai geni per la trasposizione, contengono anche geni per la resistenza agli antibiotici; essi sono sia in grado di spostarsi in posizioni diverse del cromosoma batterico sia di inserirsi in plasmidi. Essi si distinguono in: Trasposoni composti: sono costituiti da geni per la resistenza agli antibiotici in posizione centrale, affiancati lateralmente da elementi IS dello stesso tipo, che, come tipico di queste sequenze, posseggono sequenze terminali ripetute ed invertite. Essi producono quindi la trasposasi grazie alla quale possono spostarsi nel dna, con il medesimo processo degli IS. Trasposoni non-composti : non hanno elementi IS pur possedendo alle estremità sequenze invertite (IR). Nella parte centrale hanno sia i geni che conferiscono resistenza agli antibiotici, sia geni per gli enzimi necessari alla trasposizione: la trasposasi (che catalizza l'inserzione del trasposone in un nuovo sito) e la resolvasi (che catalizza l'evento di ricombinazione). Questi elementi possono spostarsi per trasposizione replicativa : la porzione di cromosoma che contiene il trasposone si fonde temporaneamente con la porzione di cromosoma accettrice. A questo punto il trasposone si duplica e una delle copie si inserisce nella porzione accettrice, mentre l'altra rimane nella porzione donatrice.

PLASMIDI: In aggiunta al cromosoma batterico, alcuni batteri possiedono altri elementi circolari di DNA a doppia elica detti plasmidi. Solitamente essi si duplicano insieme al cromosoma batterico, ma possono anche spostarsi da una cellula all'altra durante eventi di coniugazione. Dal momento che i plasmidi hanno un'esistenza indipendente al cromosoma principale, si replicano indipendentemente ad esso. Alcuni plasmidi sono inoltre in grado di integrarsi nel genoma batterico e vengono detti episomi. Esistono diversi tipi di plasmidi, classificabili in base al tipo di geni che contengono:

- (^) Plamidi F (fattori di fertilità): contengono i geni che codificano per le proteine dei pili e del tipo di coniugazione, sono infatti necessari per il processo di coniugazione. I fattori F possono esistere in uno stato autonomo oppure integrati nel cromosoma batterico. - Plasmidi R (resistenza): posseggono geni che codificano per proteine in grado di demolire o alterare gli antibiotici, conferendo al batterio resistenza a quest'ultimo. Anche questi plasmidi possono trasferirsi da un batterio ad un altro tramite coniugazione e si possono integrare nel genoma batterico. Questi plasmidi sono sempre esistiti, anche prima della scoperta degli antibiotici. Alcuni plasmidi conferiscono inoltre resistenza ai farmaci: i geni tra che mediano il trasferimento del plasmide da un batterio ad un altro, hanno contribuito alla diffusione di specie batteriche resistenti ai farmaci. Inoltre l'utilizzo di antibiotici per scopi non terapeutici ha favorito lo sviluppo di batteri con resistenze multiple ai farmaci.

  • CICLO LISOGENO: Il DNA virale si integra nel DNA batterico, comportandosi come quest'ultimo (detti virus temperati): ogni volta che il cromosoma della cellula ospite replica, il cromosoma fagico integrato replica con esso, trasferendosi in questo modo anche nelle generazioni senza apportare alcun danno al batterio ospite. Questo stato di quiescenza può essere spezzato da fattori ambientali quali i raggi UV, inducendo il ciclo litico. Il fago lamda che può seguire sia il ciclo litico che lisogeno, dà vita a due tipi di tasduzione : GENERALIZZATA (qualsiasi gene del batterio donatore può essere trasferito al batterio ricevente. E' ciò che avviene con il ciclo litico) e SPECIALIZZATA (i fagi trasferiscono solo specifiche parti del DNA)

Trasduzione generalizzata: le particelle fagiche che si formano nel ciclo litico possono incorporare erroneamente un pezzo di DNA batterico al posto di quello fagico: quando il fago infetta altre cell. batteriche il DNA trasducente può integrarsi per ricombinazione nel genoma de batterio infettato. Due geni vicini tra loro possono essere costradotti, ovvero immagazzinati nello stesso fago e poi trasdotti entrambi nella cell. infettata.

Trasduzione specializzata: tale trasduzione è mediata da fagi temperati (λ) che si integrano (ciclo lisogeno) in uno specifico sito del genoma batterico. Il sito di inserzione di λ (seq. att) si trova tra i geni gal e bio. Il fago integratosi può poi essere escisso dal cromosoma batterico mediante ciclo litico: l'escissione solitamente avviene in modo corretto, e il fago λ viene escisso interamente; ma ci sono cosi in cui avviene invece escissione anomala e il cromosoma fagico include un gene batterico, e parte di quello fagico viene invece mantenuto sul cromosoma batterico (fago trasducente).