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Cenni di microbiologia sui microrganismi e definizione di malattia infettive. Tratta le maggiori malattie infettive riscontrabili nella pratica clinica, anamnesi+E.O+diagnostica e terapia.
Tipologia: Dispense
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1. Malattie Infettive – 20. 09 .202 1 n.b. questo materiale viene fornito gratuitamente da un gruppo di studenti, non affiliati ad alcuna associazione, per aiutare nella preparazione dell’esame con la nuova docente. Introduzione alle malattie infettive ed approccio al paziente con febbre La malattia infettiva è una condizione patologica causata dalla presenza o crescita di microorganismi infettivi o parassiti. Solitamente alla malattia infettiva si associa il concetto di contagiosità; in realtà, questo non è sempre vero. Ci sono malattie a contagiosità elevata, in particolare quelle a trasmissione aerea come la Covid-19, e altre non facilmente trasmissibili. Ad esempio, la spondilodiscite, oltre che ad essere difficilmente diagnosticabile in quanto è necessario un prelievo e l'identificazione del patogeno dal corpo vertebrale, risulta circoscritta alla colonna e dunque non è trasmissibile con il semplice contatto col paziente. La caratteristica comune delle malattie infettive è che sono tutte causate da un agente non-self; ciò non implica che il patogeno sia necessariamente di derivazione esterna, difatti si vedrà come alcune malattie infettive si instaurano o partono da un microorganismo che si riattiva nell'organismo o che cambia sede. Tappe storiche Le malattie infettive sono da sempre esistite ma il loro studio ha radici non troppo antiche. Il primo approccio ai microorganismi si è avuto nel 1674 con Anton van Leeuwenhoek, il quale progettò un microscopio che gli rese possibile l'osservazione di piccoli "animaletti" in una goccia d'acqua. Risale a Jenner (1796) l'idea che si possa proteggere un soggetto da una patologia infettiva umana tramite l'immunizzazione. Jenner notò che i mungitori non si ammalavano di vaiolo umano e ipotizzò che ciò potesse essere dovuto al contatto continuato con il pus delle lesioni del vaiolo bovino, il quale conferiva protezione dalla malattia umana. In seguito, nel 1840, Henle sviluppa la "teoria dei germi" come causa di malattia. Successivamente, tra il 1870 e il 1880, Koch e Pasteur, i padri della microbiologia, dimostrano l'eziologia infettiva di molte malattie diffuse in particolare a quel tempo (antrace, rabbia, colera, tubercolosi, peste) e sviluppano un vaccino per alcune di esse. Ancora più recente è la storia degli antibiotici e antivirali. Nel 1910, Herlich scopre il primo agente antimicrobico (Salvarsan, composto a base di arsenico per il trattamento della lue) e, nel 1920, Fleming scopre il primo e vero e proprio antibiotico: la penicillina. Solo nel secondo dopoguerra (1946), Enders coltiva per la prima volta dei virus in colture cellulari e apre la strada allo sviluppo dei vaccini antivirali. Tra i più recenti Nobel per gli studi sulle malattie infettive risaltano: nel 2008 Montaigner e Barrè-Sinoussi con l'isolamento del virus dell'HIV; nel 2015 Campbell e Omura con l'ivermectina per il trattamento delle elmintiasi; nello stesso anno, Youyou Tu con l'artemisinina come nuova terapia antimalarica (oggi gold standard per la cura della malaria); infine, nel 2020 Alter, Houghton, Rice per l'isolamento e il sequenziamento del virus HCV (prima detto "non-A non-B").
Agenti eziologici L'albero della vita in figura racchiude virus, archea, batteri ed eucarioti, ma è possibile per ognuno di questi gruppi disegnare altri rami e sotto-rami sequenziando il genoma e risalendo alla filogenesi. (La lunghezza dei rami è inversamente proporzionale alla vicinanza genetica degli elementi sull'albero). Prioni (PRoteinaceous Infective ONly particle= particella infettiva solamente proteica) I prioni sono agenti eziologici ancora non ben conosciuti di cui si tratterà poco in questo corso. Inoltre, sono gli unici a non possedere materiale genetico. Con prioni si intendono proteine anormalmente ripiegate in una struttura terziaria che differisce da quella normale, con la capacità di trasmettere il malripiegamento a forme normali della stessa proteina. I prioni sono alla base di malattie neurodegenerative quali: Creutzfeldt- Jakob, Gerstmann- Sträussler, Kuru, Encefalopatia spongiforme bovina ("malattia della mucca pazza"). Virus I virus hanno dimensioni tali da necessitare l'uso di un microscopio elettronico; perciò, risulta impossibile rilevarli da un'emocoltura colorata e osservata al microscopio ottico. Dunque, la diagnosi di malattie virali non viene eseguita con emocoltura, bensì tramite la ricerca di acidi nucleici amplificati con metodica PCR (metodica diretta) o tramite la ricerca di anticorpi (metodica indiretta). L'unica possibilità di mettere in coltura i virus è tramite l'utilizzo di un substrato cellulare, essendo i virus parassiti endocellulari obbligati, ma ciò richiede particolari cure quotidiane nella rimozione del liquido di coltura e nell'aggiunta di fattore di crescita. La caratteristica fondamentale di questi agenti eziologici è la loro grande variabilità genetica dovuta in particolare alla mancanza del meccanismo di "proofreading" che causa l'immissione continua di errori, che qualora vantaggiosi per il virus portano alla creazione di varianti virali (es. variante resistente al farmaco). Batteri I batteri hanno dimensioni tali da poter essere osservati al microscopio ottico; perciò, è possibile una duplice metodica diagnostica, ovvero: la realizzazione di un microbiologico diretto o la ricerca di anticorpi. Nel momento in cui il medico manda in laboratorio il campione microbiologico è necessario che dia indicazioni sulla colorazione da utilizzare a seconda del proprio sospetto diagnostico (es. colorazione di Gram, colorazione di Giemsa...). Se la carica batterica nel campione è bassa può risultare più utile allestire una coltura, con il vantaggio di poter identificare il batterio tramite diverse metodiche e la possibilità di fare un antibiogramma. I batteri prendono il loro nome generico dalla forma: cocchi, diplococchi, streptococchi,
Malattia Infettiva Con malattia infettiva si intende un rapporto bidirezionale agente patogeno/ospite, dato che oltre al danno causato dall'agente patogeno sull'ospite, vi è anche la risposta immunitaria di quest'ultimo. Il contatto agente patogeno/ospite non implica sempre un'infezione, infatti è possibile un contatto occasionale, senza impianto e moltiplicazione, ad esaurimento spontaneo (es. contatto con una superficie contaminata con pelle integra e successivo lavaggio delle mani). Il contatto con un agente patogeno può far insorgere un'infezione (impianto e moltiplicazione del patogeno) nel caso in cui le difese aspecifiche dell’ospite siano indebolite (es. cute non integra). La distinzione tra contaminazione ed infezione è fondamentale in quanto nella pratica clinica si devono distinguere le due situazioni. Ad esempio, il prelievo ematico eseguito senza un'accurata disinfezione della cute può mostrare la presenza di patogeni contaminanti della pelle in assenza di un'infezione nel circolo ematico (per questo motivo è utile ripetere l'emocoltura su più campioni). Non sempre un'infezione evolve in malattia infettiva; talvolta la moltiplicazione del patogeno determina esclusivamente una colonizzazione (E. coli nel colon). Flora commensale Nell'ambito della lettura dei referti di laboratorio è necessario saper distinguere i patogeni dalla flora commensale. Gli analisti operano già una prima cernita dei batteri escludendo i commensali, ma la lettura e l'interpretazione finale resta al clinico. L'uomo non è un organismo sterile in quanto cute, mucose ed orifizi sono in contatto con l'ambiente esterno e, dunque, sono colonizzati dalla flora commensale. I ruoli della flora commensale riguardano il metabolismo del cibo, la fornitura di fattori di crescita essenziali, la stimolazione della risposta immune e la protezione dalle infezioni dei patogeni. La convivenza con la flora commensale risulta essere vantaggiosa per l'uomo che non ne potrebbe fare a meno; basti pensare alle gastroenteriti che sopraggiungono dopo una cura antibiotica a causa del sopravvento dei patogeni sulla flora intestinale. I microorganismi della flora colonizzano in epoca precoce l'organismo umano e la loro composizione si modifica continuamente con l'età, la dieta, lo stato ormonale, lo stato di salute e le condizioni igieniche del soggetto. La flora commensale è mantenuta da un delicato equilibrio che qualora manchi dà il via libera alla proliferazione di microorganismi che possono instaurare un processo patogeno; per questo è necessario sapere da cosa è composta, in modo tale da identificare il patogeno causa di malattie e studiare una cura antibiotica ad hoc.
transita dal cavo orale, perciò può contaminarsi con la flora orale. Diverso è il prelievo diretto di un campione tramite broncoscopia nel quale si presuppone siano presenti esclusivamente microorganismi patogeni.
Interazione ospite-parassita La capacità di determinare malattia, detta patogenicità, è il risultato di diversi fattori e meccanismi, che permettono al patogeno di invaderei tessuti e moltiplicarsi, alterando il normale funzionamento dell'ospite, anche mediante la produzione di sostanze tossiche. La patogenicità è caratterizzata da: fattori di virulenza (produzione di tossine, capacità di adesione), carica batterica o virale e condizioni di salute dell'ospite (stato immunologico). Oltre alle variabili dell'agente patogeno (invasività, virulenza, carica infettante), bisogna tener sempre in considerazione le variabili dell'ospite, quali: età, fattori genetici, ambiente, abitudine a rischio, stato immunitario, comorbilità. Malattia infettiva A fronte di un determinato patogeno e di un determinato ospite bisogna anche comprendere quali sono le possibilità di evoluzione della patologia infettiva. Il contagio si realizza in uno specifico momento con una precisa modalità di trasmissione (es. via aerea) a seguito del quale passa un lasso di tempo, detto incubazione, prima della comparsa dei sintomi (esordio). L'incubazione ha durata varabile a seconda del ciclo di vita dello specifico patogeno e dell'ospite, con andamento gaussiano (es. Sars-Cov2 incuba in media dai 2 ai 5 giorni ma può, in alcuni soggetti, arrivare ai 14). All'esordio dei sintomi, qualora presenti, è possibile cominciare ad ipotizzare una diagnosi. La sintomatologia è il risultato, oltre che dell'infezione stessa, anche della risposta immunitaria del soggetto. Talvolta la risposta immunitaria del soggetto è tale da evitare l'esordio stesso della malattia. Alcune malattie vanno incontro a guarigione spontanea, ma altre volte ciò non accade tant'è che l'individuo, se non trattato, giunge ad exitus (questo è vero per la maggior parte delle meningiti batteriche). Un'altra possibilità successiva alla guarigione spontanea è la riacutizzazione; questo evento è dato o da una reinfezione oppure dalla persistenza del patogeno nell'organismo (es. herpes virus, HCV). Infezione "opportunista" Bisogna considerare che esistono patogeni "maggiori" in grado di instaurare un'infezione anche nel soggetto immunocompetente e patogeni "opportunisti" in grado di approfittare dei momenti di immunosoppressione. Qualora il patogeno opportunista entri in contatto con un soggetto immunocompetente non è capace di dare malattia; perciò, approfitta dei momenti di immunosoppressione (es. terapia immunosoppressiva, pz trapiantato, AIDS) per riattivarsi oppure per instaurare un'infezione.
Determinanti di salute Un concetto sotteso a tutte le patologie ma particolarmente evidente nelle patologie infettive è quello dei determinanti di salute. Durante l'osservazione di un paziente è necessario considerare una serie di fattori che lo caratterizzano e che possono modificare la relazione col patogeno. Il soggetto possiede caratteristiche immodificabili: età, sesso e fattori ereditari. Lo stesso soggetto possiede anche fattori, stili di vita individuali e sociali che condizionano l'espressione della malattia infettiva. Esempi di questi fattori sono: lavoro, educazione, accesso all'acqua potabile, al cibo, ai servizi di salute pubblica, condizioni igieniche e abitative. Nel grafico si osserva il calo progressivo del tasso di morte per malattie infettive negli Stati Uniti dall'inizio del XX secolo fino al
Febbre Si tratta di un sintomo cardine; saranno segnalate le poche patologie infettive in cui non compare. Dalla fisiologia si richiama che vi è un centro regolatore della temperatura a livello ipotalamico, nell’area preottica dell’ipotalamo anteriore. Vi può essere un aumento fisiologico di temperatura, in situazioni di caldo estremo, e un aumento patologico, in cui si distinguono due situazioni: la febbre e l’ipertermia. La febbre si manifesta con una serie di meccanismi (brividi, orripilazione, aumento del tasso metabolico) volti ad aumentare la temperatura corporea, verso la nuova temperatura settata dall’ipotalamo, per eguagliarla. Questi meccanismi saltano in caso di ipertermia, in cui il valore di temperatura supera quello del set point; generalmente avviene per cause centrali, in cui vi è una diretta stimolazione del centro ipotalamico. Il meccanismo febbrile è innescato dai pirogeni, i quali agiscono a livello ipotalamico determinando un aumento del set point. Si parla di pirogeni endogeni ed esogeni, di cui solo i primi possono agire direttamente sull’ipotalamo. I pirogeni esogeni sono componenti o sostanze rilasciate da molti microrganismi, come il LPS (lipopoli- saccaride) dei gram negativi; possono innescare direttamente la produzione di pirogeni endogeni (la slide afferma che il LPS stimola i macrofagi di Kupferr epatici alla produzione di citochine), i quali determinano l’aumento del set point ipotalamico. I pirogeni endogeni sono citochine come l’IL-1, il TNF-α e l’IL-6. Nell’ipertermia, detta anche febbre neurogenica o centrale, si è spesso di fronte ad un danno dell’ipotalamo, non mediato dai pirogeni: si tratta dell’azione di traumi, tumori, emorragie intracerebrali, alcuni farmaci (non si dimentichi l’ipertermia maligna dovuta ad anestetici). È caratterizzata da temperature molto alte, resistenza agli antipiretici e assenza di sudorazione. Si può perfino superare la temperatura di 41-42°, con alta probabilità di decesso. Una febbre di tipo non-centrale, con temperature generalmente tra i 37° e i 40°, può essere:
La relazione con gli altri segni vitali va valutata: quasi sempre si osserverà un aumento della FC, tranne in alcune patologie come il tifo, dove vengono rilasciate delle sostanze ad effetto inotropo negativo che quindi indurranno bradicardia. In questo ultimo caso la diagnosi sarà quindi indirizzata verso alcune infezioni. Va poi analizzata la periodicità della febbre, che può essere suggestiva di particolari patologie. La periodicità può essere:
Si è parlato, in precedenza, di controllare un eventuale incremento di volume di linfonodi, fegato e milza. I linfonodi vanno controllati in tutte le stazioni di repere e più volte nel corso dei giorni, perché l’interessamento potrebbe non essere immediato. Bisogna anche verificare l’eventuale interessamento muco-cutaneo, che in alcuni casi è patognomonico di alcune patologie. Per esempio, molti esantemi risparmiano palmi delle mani e piante dei piedi, ad eccezione della sifilide secondaria che invece non li risparmia; oppure vi sono specifiche caratteristiche istologiche e macroscopiche delle lesioni, specie quelle herpetiche, il cui prototipo può essere la varicella. La distribuzione delle lesioni cambia a seconda della specie di herpes virus: HSV1 e 2 danno manifestazioni localizzate con vescicole a grappolo nella zona delle mucose, la varicella dà distribuzione disseminata in tutto il corpo, ma che parte dal centro e va verso la periferia; lo stesso virus, varicella zoster, dà una distribuzione localizzata in uno specifico metamero. La docente ha specificato che questi concetti saranno ripresi. Altri esempi mostrano un rash cutaneo in una condizione di coagulazione intravascolare disseminata, che causa lesioni petecchiali su tutta la cute. Le lesioni macroscopiche vanno valutate attentamente specie nei pazienti con infezioni al SNC, perché potrebbero far sospettare una prognosi peggiore. Non accorgersi delle lesioni petecchiali potrebbe impedire di instaurare una terapia antibiotica rapida che potrebbe rivelarsi salvavita. Infine, si ricorda di chiedere sempre al paziente se è portatore di corpi estranei come delle protesi, perché su di essi si può formare un biofilm. Si tratta di una sorta di pellicola che intrappola e protegge i batteri che l’hanno prodotta, rendendo poco agevole la penetrazione degli antibiotici: questo può rivelarsi nocivo specie in caso di infezione su una valvola cardiaca protesica, conducendo ad una nuova sostituzione della valvola preceduta e seguita da una terapia antibiotica, perché la sola terapia medica si rivela quasi sempre insufficiente nell’eradicazione del patogeno. Riassumendo: quando si sospetta una malattia infettiva, si parte da anamnesi e dall’esame obiettivo, analizzando l’epidemiologia del luogo di appartenenza e i segni e sintomi raccolti. Sulla base di questo, si formulano alcune ipotesi circa i più probabili agenti infettivi implicati. Formulata questa scaletta di ipotesi diagnostiche, bisogna considerare il ciclo vitale degli agenti sospettati, e in base a questo scegliere quali campioni e quali test è opportuno richiedere per confermare la diagnosi. Se si sospetta ad esempio una infezione da Brucella, essa cresce su uno specifico terreno di coltura, quindi una colorazione di Gram o una coltura in brodo risulterebbero erroneamente negative se non si richiede l’esame specifico. Infine, la terapia: non è consigliabile partire
un contatto con qualcosa di potenzialmente infetto, quindi sangue, tutti i fluidi corporei tranne il sudore, cute non intatta o con esantemi, membrane mucose. Questo si applica considerando tutti i pz come potenzialmente infetti, indipendentemente dalla diagnosi di ingresso. [Considerazione della docente: spesso ci si trova di fronte al paradosso di certi reparti in cui non si rispettano le precauzioni standard, ma nel momento in cui arriva un paziente con HIV, virus trasmissibile prevalentemente per via sessuale e di certo non per via respiratoria, si scrive a caratteri cubitali HIV+ sulla cartella clinica e si adottano precauzioni anche superiori a quelle necessarie, sulla base di un bassissimo rischio trasmissivo. Magari altri pazienti con infezioni come quella da Acinetobacter , trasmissibile, non vengono segnalati altrettanto adeguatamente e vengono collocati con altri pazienti, esponendoli al rischio di contagio.] Le precauzioni vanno quindi utilizzate in maniera standard, con tutti, sia per evitare discriminazioni (si pensi a come un pz. con HIV possa vivere una situazione come quella raccontata, e al rischio che per evitarla, nelle volte successive, non dica di essere sieropositivo) sia chiaramente per prevenire la diffusione di infezioni, anche prima che si sappia la diagnosi precisa di ciascun paziente. Le precauzioni standard sono quindi:
Oltre a indicare con il cartellino giallo questa stanza, al di fuori di essa deve esserci o un’anticamera o un carrello con i dispositivi monouso da indossare prima di accedervi. Tali regole potrebbero risultare fastidiose, ma sono indispensabili da seguire onde evitare di diffondere alcuni patogeni a più pazienti, complicando così la situazione. Sono stati eseguiti studi di tamponamento ambientale: nell’immagine vi è un letto di una sub-intensiva, e con le crocette sono indicati i siti in cui è stata riscontrata la presenza di enterococco vancomicino-resistente. Alla luce di questo appare evidente la necessità di adoperare attrezzature monouso e di lavarsi accuratamente le mani dopo essere entrati in questa stanza. I germi a cui occorre prestare attenzione, applicando le precauzioni da contatto, vengono ricordati con l’acronimo ESCAPE: E nterococcus faecium, S. aureus, C. difficile, A cinetobacter baumannii, P seudomonas aeruginosa, E nterobacteriacee (in particolare E. Coli e K. Pneumoniae, portatori di multi- drug resistance). Periodicamente negli ospedali si accendono focolai di infezione da tali germi, influenzando negativamente la prognosi dei pazienti e i costi di gestione del reparto. Queste evenienze vanno evitate, perché si rischia di mettere a repentaglio tutto il lavoro svolto (ad esempio dopo un trapianto, operazione difficile e costosa) facendo morire il paziente per una infezione nosocomiale. Nelle cartine fornite dall’ECDC (European Center for Disease Control) è evidenziata la percentuale di isolati di Escherichia coli portatore di resistenza a cefalosporine di III generazione (Rocefin), antibiotici comunissimi. L’Italia presenta tra il 25 e il 50% di batteri resistenti: quindi anche per una terapia a domicilio, bisogna considerare che c’è una buona probabilità di fallire. Ancora peggiore è la situazione per i fluorochinoloni, con oltre il 50% di resistenza: si tratta di farmaci comuni, specie a domicilio per il trattamento di infezioni alle vie urinarie, che hanno quindi una efficacia ormai limitata a metà dei pz. trattati. In generale la situazione è simile anche per altri batteri.
Isolamento respiratorio. Corrisponde al terzo livello di misure adottabili, in caso di patogeni trasmissibili per via aerea. In questi casi la situazione migliore è disporre di stanze a pressione negativa, con ricambio dell’aria. Con questi sistemi l’aria viene quindi aspirata dalla stanza e viene immessa aria nuova, in modo tale che i patogeni si disperdano nell’ambiente senza possibilità di trasmissione. Il paziente deve essere in stanza singola, può stare insieme ad altri solo se si tratta della stessa patologia e non sono disponibili altre stanze (quest’ultima situazione si è verificata per il Sars-cov-2, a causa del sovraffollamento dei reparti). In assenza di stanze a pressione negativa, la finestra ove possibile deve essere lasciata aperta. Il personale di assistenza, quando entra in queste stanze, deve indossare DPI tra cui mascherine almeno di livello FFP2. Tale indicazione è assoluta in caso di pazienti affetti da TBC. Di prassi, quando il personale è nella stanza, si chiede al paziente di indossare la mascherina chirurgica, per ridurre i rischi di contagio degli operatori. Il trasporto di questi pazienti all’esterno deve essere ristretto agli scopi essenziali, informando il personale di trasporto che dovrà indossare i DPI e che limiterà al massimo il contatto con altri pazienti lungo il tragitto; il degente indosserà la mascherina. Vanno limitate al necessario le procedure che inducono la tosse o generano aerosol (es. induzione dell’espettorato), svolgendole se possibile non nella stanza del paziente, e programmando frequenti ricambi d’aria. Se è necessaria la presenza di un operatore, dovrebbe indossare una mascherina di livello FFP3. Esistono anche mascherine N95 (prevalentemente usate negli USA), che filtrano almeno il 95% delle particelle; possono disporre di filtro per l’uscita dell’aria, in questo caso non sono protettive per gli altri. In Europa sono più diffuse le FFP2 (filtrano almeno il 94% delle particelle) e le FFP (almeno il 98%). Si sottolinea che qualsiasi reparto dovrebbe essere in grado, se necessario, di predisporre questi tre diversi livelli di assistenza. Si ribadisce che le misure di isolamento da contatto e respiratorio sono sempre aggiuntive, e non sostitutive, rispetto a quelle standard.