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Uso de AutoDock 4 y
AutoDock Vina con
AutoDockTools:
Un tutorial
Escrito por Ruth Huey, Garrett M. Morris y Stefano Forl i
The Scripps Research Inst i tute Laboratorio de Gráficos Moleculares 10550 N. Torrey Pines Rd. La Jol La, California y Fornia 92037- Estados Unidos
26 oct 2012
Contenido
- Contenido
- Introducción
- Conceptos básicos de Pmv
- Ejercicio uno: preprocesamiento de un archivo PDB
- Mouse Pmv y enlaces de teclado
- Ejercicio dos: preparación de un ligando para AutoDock.
- Ejercicio tres: preparación de una macromolécula.
- Ejercicio cuatro: configuración del espacio de búsqueda
- AD4 Ejercicio cinco: preparación del archivo de parámetros de AutoGrid
- AD4 Ejercicio Seis: Iniciar AutoGrid
- Ejercicio AD4 séptimo: preparación del archivo de parámetros de AutoDock4
- Ejercicio ocho: Inicio de AutoDock4 y AutoDock Vina.
- Ejercicio Diez: Visualizando los resultados de AutoDock Vina AutoDock Vina Exercise Nine: preparación de un archivo de configuración (opcional) dieciséis
- Ejercicio Once: Visualizando los resultados de AD4
- Ejercicio tres B (opcional): Preparación del archivo de residuos flexibles
- Más allá de la interfaz gráfica de usuario
- Apéndice 1: Dashboard Widget
- Apéndice 2: Conformación jugador
Fundamentos PMV
A partir autodocktoolsA partir autodocktoolsA partir autodocktools ADT,ADT,ADT, o bien haciendo clic en el icono de ADT o ejecutando la secuencia de comandoso bien haciendo clic en el icono de ADT o ejecutando la secuencia de comandoso bien haciendo clic en el icono de ADT o ejecutando la secuencia de comandos “ADT” de la línea de comandos, se abre una interfaz gráfica de usuario que contiene una serie de paneles con cámara y control atracados. Coloque el cursor sobre los iconos de lacámara y control atracados. Coloque el cursor sobre los iconos de lacámara y control atracados. Coloque el cursor sobre los iconos de la barra de herramientasbarra de herramientasbarra de herramientas Para descubrirPara descubrirPara descubrir mas …
Barra de menús Barra de herramientas
Visor 3D
Tablero
Barra de
información de secuencia Visor
Primer ejercicio: Preprocesamiento un archivo PDB
Así es cómo Este es el por qué
1. En el1. En el1. En el1. En el Tablero,Tablero,Tablero,Tablero, coloque el cursor sobrecoloque el cursor sobrecoloque el cursor sobrecoloque el cursor sobre
l Moléculas de All Moléculas de All Moléculas de Al y pulsey pulsey pulse Botón derecho del mouse .Botón derecho del mouse .Botón derecho del mouse.
En elEn elEn elEn elEn el Re ad Molec ULE:Re ad Molec ULE:Re ad Molec ULE:Re ad Molec ULE:Re ad Molec ULE: explorador de archivos que se abre, haga clicexplorador de archivos que se abre, haga clicexplorador de archivos que se abre, haga clicexplorador de archivos que se abre, haga clicexplorador de archivos que se abre, haga clic
enenenenen hsg1.pdbhsg1.pdbhsg1.pdbhsg1.pdbhsg1.pdb y pulsey pulsey pulsey pulsey pulse AbiertoAbiertoAbiertoAbiertoAbierto. Vamos a representar a esas acciones como. Vamos a representar a esas acciones como. Vamos a representar a esas acciones como. Vamos a representar a esas acciones como. Vamos a representar a esas acciones como
esta:
DBDBDBDBDBDBDB ➞➞➞➞➞➞➞ Las moléculas PMVLas moléculas PMVLas moléculas PMVLas moléculas PMVLas moléculas PMVLas moléculas PMVLas moléculas PMV ➞➞➞➞➞➞➞ RightMB Leer Molécula:RightMB Leer Molécula:RightMB Leer Molécula:RightMB Leer Molécula:RightMB Leer Molécula:RightMB Leer Molécula:RightMB Leer Molécula: ➞➞➞➞➞➞➞ hsg1.pdbhsg1.pdbhsg1.pdbhsg1.pdbhsg1.pdbhsg1.pdbhsg1.pdb
➞➞ AbiertoAbierto
2. En el2. En el2. En el2. En el2. En el2. En el2. En el Tablero,Tablero,Tablero,Tablero,Tablero,Tablero,Tablero, clickea en elclickea en elclickea en elclickea en elclickea en elclickea en elclickea en el triángulo invertidotriángulo invertidotriángulo invertidotriángulo invertidotriángulo invertidotriángulo invertidotriángulo invertido debajodebajodebajodebajodebajodebajodebajo ClClClClClClCl para mostrarpara mostrarpara mostrarpara mostrarpara mostrarpara mostrarpara mostrar
las opciones de color. Haga clic enlas opciones de color. Haga clic enlas opciones de color. Haga clic en Por tipo de átomoPor tipo de átomoPor tipo de átomo en la listaen la listaen la lista
desplegable:
DBDBDBDBDBDBDB ➞➞➞➞➞➞➞ ClClClClClClCl ЕЕЕЕЕЕЕ s•s•s•s•s•s•s• ➞➞➞➞➞➞➞ Por tipo de átomoPor tipo de átomoPor tipo de átomoPor tipo de átomoPor tipo de átomoPor tipo de átomoPor tipo de átomo
Hacer clicHacer clicHacer clic DescartarDescartarDescartar a la lista de color cercano.a la lista de color cercano.a la lista de color cercano.
- Haga clic en3. Haga clic en3. Haga clic en3. Haga clic en3. Haga clic en SeleccioneSeleccioneSeleccioneSeleccioneSeleccione en elen elen elen elen el barra de menú (MB)barra de menú (MB)barra de menú (MB)barra de menú (MB)barra de menú (MB) a un menúa un menúa un menúa un menúa un menú desplegables. En ella, busque y haga clic en
Seleccione de la cadena: MBSeleccione de la cadena: MBSeleccione de la cadena: MBSeleccione de la cadena: MBSeleccione de la cadena: MBSeleccione de la cadena: MBSeleccione de la cadena: MB ➞➞➞➞➞➞➞ SeleccioneSeleccioneSeleccioneSeleccioneSeleccioneSeleccioneSeleccione ➞➞➞➞➞➞➞ SelectFromStringSelectFromStringSelectFromStringSelectFromStringSelectFromStringSelectFromStringSelectFromString ➞➞➞➞➞➞➞ LefLefLefLefLefLefLef
TMB En elEn elEn elEn elEn elEn elEn el Seleccione de la CadenaSeleccione de la CadenaSeleccione de la CadenaSeleccione de la CadenaSeleccione de la CadenaSeleccione de la CadenaSeleccione de la Cadena de widget, tipode widget, tipode widget, tipode widget, tipode widget, tipode widget, tipode widget, tipo **HOH HOH HOH HOH HOH HOH HOH *** en elen elen elen elen elen elen el Residuo:Residuo:Residuo:Residuo:Residuo:Residuo:Residuo: * la la la la la la la entrada y en elentrada y en elentrada y en elentrada y en elentrada y en elentrada y en el ÁtomoÁtomoÁtomoÁtomoÁtomoÁtomo entrada. Haga clic enentrada. Haga clic enentrada. Haga clic enentrada. Haga clic enentrada. Haga clic enentrada. Haga clic en AñadirAñadirAñadirAñadirAñadirAñadir a continuación, haga clica continuación, haga clica continuación, haga clica continuación, haga clica continuación, haga clica continuación, haga clic DescartarDescartarDescartarDescartarDescartarDescartar cerrar.
Seleccione de la CadenaSeleccione de la CadenaSeleccione de la CadenaSeleccione de la CadenaSeleccione de la CadenaSeleccione de la CadenaSeleccione de la Cadena ➞➞➞➞➞➞➞ residuos:residuos:residuos:residuos:residuos:residuos:residuos: ➞➞➞➞➞➞➞ Tipo i norteTipo i norteTipo i norteTipo i norteTipo i norteTipo i norteTipo i norte HOH *HOH *HOH *HOH *HOH *HOH *HOH *
➞➞➞➞➞ Los átomos:Los átomos:Los átomos:Los átomos:Los átomos: ➞➞➞➞➞ escribirescribirescribirescribirescribir *****
➞➞ AñadirAñadir
➞➞ DescartarDescartar
4.4.4.4.4.4.4. Edi tEdi tEdi tEdi tEdi tEdi tEdi t ➞➞➞➞➞➞➞ EliminarEliminarEliminarEliminarEliminarEliminarEliminar ➞➞➞➞➞➞➞ Eliminar seleccionados ÁtomosEliminar seleccionados ÁtomosEliminar seleccionados ÁtomosEliminar seleccionados ÁtomosEliminar seleccionados ÁtomosEliminar seleccionados ÁtomosEliminar seleccionados Átomos
ADVERTENCIAADVERTENCIAADVERTENCIAADVERTENCIA ➞➞➞➞ SEGUIRSEGUIRSEGUIRSEGUIR ....
5.5.5.5.5.5.5. Edi tEdi tEdi tEdi tEdi tEdi tEdi t ➞➞➞➞➞➞➞ hidrógenoshidrógenoshidrógenoshidrógenoshidrógenoshidrógenoshidrógenos ➞➞➞➞➞➞➞ AñadirAñadirAñadirAñadirAñadirAñadirAñadir
añadirañadirañadirañadirañadirañadirañadirañadir Al l hidrógenosAl l hidrógenosAl l hidrógenosAl l hidrógenosAl l hidrógenosAl l hidrógenosAl l hidrógenosAl l hidrógenos ➞➞➞➞➞➞➞➞ noBondOrdernoBondOrdernoBondOrdernoBondOrdernoBondOrdernoBondOrdernoBondOrdernoBondOrder ➞➞➞➞➞➞➞➞ sisisisisisisisi ➞➞➞➞➞➞➞➞ OkayOkayOkayOkayOkayOkayOkayOkay
6.6.6.6.6.6.6.6. DBDBDBDBDBDBDBDB ➞➞➞➞➞➞➞➞ LLLLLLLL ЕЕЕЕЕЕЕЕ hsg1hsg1hsg1hsg1hsg1hsg1hsg1hsg1 ➞➞➞➞➞➞➞➞ ¡•¡•¡•¡•¡•¡•¡•¡•
Antes de formatear una molécula de AutoDock, varios problemas potenciales deben ser resueltos. Estos pueden incluir átomos que faltan, rompe la cadena,
ubicaciones alternativasubicaciones alternativasubicaciones alternativasubicaciones alternativasubicaciones alternativasetcétera Aquí quitamos aguas cristalográficas deetcétera Aquí quitamos aguas cristalográficas deetcétera Aquí quitamos aguas cristalográficas deetcétera Aquí quitamos aguas cristalográficas deetcétera Aquí quitamos aguas cristalográficas de hsg1.hsg1.hsg1.hsg1.hsg1. bonosbonosbonosbonosbonos
Nota entre átomos enlazados se representan como líneas mientras que los átomos no enlazados, aquí los átomos de oxígeno de las moléculas de agua, se muestran como cuadrados pequeños. Vamos a eliminarlos en el Paso 4. Ahora las líneas que representan los átomos enlazados están coloreados de acuerdo con elemento, como sigue:
● Los carbones que son alifáticos (C) - gris, ● Los carbones que son aromáticos (A) - verde, ● Nitrógenos (N) - azul, ● Oxígenos (O) - rojo, ● Azufres (S) - amarillo, ❍ Los hidrógenos (H) - blanco.❍ Los hidrógenos (H) - blanco. UtilizarUtilizarUtilizar Seleccione de la CadenaSeleccione de la CadenaSeleccione de la Cadena para seleccionar nodos que utilizan cadenaspara seleccionar nodos que utilizan cadenaspara seleccionar nodos que utilizan cadenas para los niveles Atom Molecule, Cadena, de residuos y / o. Estas cadenas pueden ser nombres, números o rangos de expresiones lambda que se evalúan para construir un conjunto y pueden contener expresiones regulares, incluidos los comodines, como , que corresponde nada. Aquí queremos seleccionar todos los átomos () en los residuos nombrados HOH *. Compruebe que ves
Seleccionado:Seleccionado:Seleccionado: 127 Atom (s)127 Atom (s)127 Atom (s) con un fondo amarillo en el centro de la barra decon un fondo amarillo en el centro de la barra decon un fondo amarillo en el centro de la barra de
información en la parte inferior de la ventana de ADT.
A continuación, se le pedirá que confirme esta acción porque los nodos que esta acción no se puede deshacer.
NOTA: DebeNOTA: DebeNOTA: Debe añadir todos los hidrógenosañadir todos los hidrógenosañadir todos los hidrógenos a unaa unaa una
moléculamoléculamolécula antes de antes de antes de selecciona que sea el ligando o elselecciona que sea el ligando o elselecciona que sea el ligando o el
receptor.
Ejercicio dos: preparación de un ligando para AutoDock.
Así es cómo Este es el por qué
1.1.1.1.1.1. LigandoLigandoLigandoLigandoLigandoLigando ➞➞➞➞➞➞ EntradaEntradaEntradaEntradaEntradaEntrada ➞➞➞➞➞➞ Abierto…Abierto…Abierto…Abierto…Abierto…Abierto…
En elEn elEn el Archivo de ligando para AutoDock 4:Archivo de ligando para AutoDock 4:Archivo de ligando para AutoDock 4: widget, haga clic en lawidget, haga clic en lawidget, haga clic en la pequeña barra a la derecha depequeña barra a la derecha de PDBQTPDBQT fi les: ( .pdbqt)fi les: ( .pdbqt)fi les: (* .pdbqt)** para mostrar una lista de opciones de tipo de archivo. Hagapara mostrar una lista de opciones de tipo de archivo. Hagapara mostrar una lista de opciones de tipo de archivo. Haga clic enclic enclic enclic enclic en todos los archivos:todos los archivos:todos los archivos:todos los archivos:todos los archivos: t o espectáculo todos los archivos de estet o espectáculo todos los archivos de estet o espectáculo todos los archivos de estet o espectáculo todos los archivos de estet o espectáculo todos los archivos de este directorio y seleccionedirectorio y seleccionedirectorio y seleccione ind.pdbind.pdbind.pdb. Haga clic en. Haga clic en. Haga clic en
AbiertoAbierto. ADT formato automáticamente a los átomos en el archivo. ADT formato automáticamente a los átomos en el archivo
abierto mediante la adición de un tipo AutoDock y un cargo a cada
uno.
Haga clic enHaga clic enHaga clic en OkayOkayOkay para cerrar el resumenpara cerrar el resumenpara cerrar el resumen
ligando archivos formateados para AutoDock deben estar en pdbligando archivos formateados para AutoDock deben estar en pdb qtqt formato y contener tipos de átomos apoyados por AutoDock más registros adicionales que especifican enlaces rotables:
q:q: Si cada átomo del ligando ya tiene una 'carga parcial' se utilizan esosSi cada átomo del ligando ya tiene una 'carga parcial' se utilizan esos
cargos. Si no es así, o si cada una de las cargas es cero, calcula ADTcargos. Si no es así, o si cada una de las cargas es cero, calcula ADT GasteigerGasteiger
cargos por todo el ligando. Para este cálculo para que funcione
correctamente, la moléculacorrectamente, la moléculacorrectamente, la moléculadebe ya han añadido átomos de hidrógeno,debe ya han añadido átomos de hidrógeno,debe ya han añadido átomos de hidrógeno,
incluyendo tanto los polares y no polares, antes de este paso.
t:t: ADT asigna un 'tipo de acoplamiento automático' a cada átomo. Para laADT asigna un 'tipo de acoplamiento automático' a cada átomo. Para la mayoría de los elementos, el tipo de un átomo es el mismo que su elemento. Existen dos tipos de tipos especiales para distinguir (Existen dos tipos de tipos especiales para distinguir (Existen dos tipos de tipos especiales para distinguir ( 1)1)1) átomos que puedenátomos que puedenátomos que pueden enlace de hidrógeno (enlace de hidrógeno ( 2)2) carbonos aromáticos: 1:1: Por defecto, se supone que todos los hidrógenos pueden formar un enlace dePor defecto, se supone que todos los hidrógenos pueden formar un enlace de hidrógeno único, por lo que se les asigna el tipo 'hidrógeno único, por lo que se les asigna el tipo ' HD 'HD ' y se supone que todos los oxígenos pueden aceptar enlaces de hidrógeno, por lo que se les asigna el tipo 'les asigna el tipo 'les asigna el tipo ' OA '.OA '.OA '. A los átomos de azufre que pueden enlazar con hidrógeno se lesA los átomos de azufre que pueden enlazar con hidrógeno se lesA los átomos de azufre que pueden enlazar con hidrógeno se les asigna el tipo 'asigna el tipo 'asigna el tipo 'asigna el tipo 'asigna el tipo ' SA 'SA 'SA 'SA 'SA ' mientras que a los que no pueden se les asigna el tipo 'mientras que a los que no pueden se les asigna el tipo 'mientras que a los que no pueden se les asigna el tipo 'mientras que a los que no pueden se les asigna el tipo 'mientras que a los que no pueden se les asigna el tipo ' SSSSS '. A los'. A los'. A los'. A los'. A los nitrógenos que pueden aceptar enlaces de hidrógeno se les asigna el tipo 'nitrógenos que pueden aceptar enlaces de hidrógeno se les asigna el tipo 'nitrógenos que pueden aceptar enlaces de hidrógeno se les asigna el tipo ' N / AN / AN / A 'mientras'mientras'mientras que aquellos que no pueden ser asignados'que aquellos que no pueden ser asignados'que aquellos que no pueden ser asignados' nortenortenorte '. En este ligando, el tipo de átomo N5 en'. En este ligando, el tipo de átomo N5 en'. En este ligando, el tipo de átomo N5 en el heterociclo es 'el heterociclo es 'el heterociclo es 'el heterociclo es 'el heterociclo es ' N / AN / AN / AN / AN / A 'mientras que el de todos los demás nitrógenos es''mientras que el de todos los demás nitrógenos es''mientras que el de todos los demás nitrógenos es''mientras que el de todos los demás nitrógenos es''mientras que el de todos los demás nitrógenos es' nortenortenortenortenorte '.'.'.'.'.
2: Solo los carbones en ciclos planos son tratados como aromáticos2: Solo los carbones en ciclos planos son tratados como aromáticos por AutoDock.por AutoDock. Si el ángulo entre normales y carbonos adyacentes en el anillo esSi el ángulo entre normales y carbonos adyacentes en el anillo es inferior a 7,5 ° para los átomos en el anillo, los átomos se asignan tipo "inferior a 7,5 ° para los átomos en el anillo, los átomos se asignan tipo "inferior a 7,5 ° para los átomos en el anillo, los átomos se asignan tipo " UNAUNAUNA ".".". [Nota: se utiliza un diccionario de búsqueda para determinar los carbonos aromáticos en los ligandos peptídicos].
Este resumen enumera el tipo de cargo utilizado; el número de hidrógenos no
polares fusionados, de carbonos aromáticos, de enlaces rotativos
encontrados + el número de grados de libertad torsionales detectados
(TORSDOF), así como el 'error de carga no integral total', que es la cantidad
por la cual la suma de las cargas por átomo difieren de un número entero.
2.2.2.2.2.2. LigandoLigandoLigandoLigandoLigandoLigando ➞➞➞➞➞➞ Árbol de torsiónÁrbol de torsiónÁrbol de torsiónÁrbol de torsiónÁrbol de torsiónÁrbol de torsión ➞➞➞➞➞➞ Detectar raíz ...Detectar raíz ...Detectar raíz ...Detectar raíz ...Detectar raíz ...Detectar raíz ...
3.3.3.3.3.3. LigandoLigandoLigandoLigandoLigandoLigando ➞➞➞➞➞➞ Árbol de torsiónÁrbol de torsiónÁrbol de torsiónÁrbol de torsiónÁrbol de torsiónÁrbol de torsión ➞➞➞➞➞➞ Elige torsionesElige torsionesElige torsionesElige torsionesElige torsionesElige torsiones
establecer todos los enlaces activos excepto los enlaces de 2 amidas, establecer todos los enlaces activos excepto los enlaces de 2 amidas, HechoHecho
4.4.4.4.4.4. Ligando Ligando Ligando Ligando Ligando Ligando ➞➞➞➞➞➞ Árbol de torsiónÁrbol de torsiónÁrbol de torsiónÁrbol de torsiónÁrbol de torsiónÁrbol de torsión ➞➞➞➞➞➞ Establecer el número de torsiones ...Establecer el número de torsiones ...Establecer el número de torsiones ...Establecer el número de torsiones ...Establecer el número de torsiones ...Establecer el número de torsiones ...
pocos átomospocos átomospocos átomospocos átomospocos átomospocos átomospocos átomospocos átomos , escribir, escribir, escribir, escribir, escribir, escribir, escribir, escribir 6,6,6,6,6,6,6,6, ➞➞➞➞➞➞➞➞ EntrarEntrarEntrarEntrarEntrarEntrarEntrarEntrar , ➞, ➞, ➞, ➞, ➞, ➞, ➞, ➞ DescartarDescartarDescartarDescartarDescartarDescartarDescartarDescartar
ADT identifica un átomo 'central' en el ligando para usarlo como raíz y lo marca con
una esfera verde. Este es el átomo con eluna esfera verde. Este es el átomo con eluna esfera verde. Este es el átomo con eluna esfera verde. Este es el átomo con elpequeñísimopequeñísimopequeñísimopequeñísimo subárbol más grande.subárbol más grande.subárbol más grande.subárbol más grande. En elEn elEn elEn el
caso de un empate, si cualquiera de los átomos está en un ciclo, se elige como
raíz. Si ninguno de los átomos está en un ciclo, se elige el primero encontrado.
Como puede imaginar, este puede ser un proceso lento para ligandos grandes. La
porción rígida del ligando incluye este átomo raízporción rígida del ligando incluye este átomo raízporción rígida del ligando incluye este átomo raízy todos los átomos conectados ay todos los átomos conectados ay todos los átomos conectados a
él por enlaces no giratorios (que examinaremos en la siguiente sección). En este
punto de nuestro ejemplo, la porción raíz incluye solo el mejor átomo raíz, átomopunto de nuestro ejemplo, la porción raíz incluye solo el mejor átomo raíz, átomo C11C
porque todos sus enlaces a otros átomos son giratorios, por lo que no hay
expansión de la raíz para ver. Si se desactivaron algunos enlaces de C11 a otros
átomos, podría mostrar toda la porción de raíz rígida con
LigandoLigandoLigandoLigandoLigandoLigando ➞➞➞➞➞➞ Árbol de torsiónÁrbol de torsiónÁrbol de torsiónÁrbol de torsiónÁrbol de torsiónÁrbol de torsión ➞➞➞➞➞➞ ShowRootExpansionShowRootExpansionShowRootExpansionShowRootExpansionShowRootExpansionShowRootExpansion. Oculta solo el marcador en. Oculta solo el marcador en. Oculta solo el marcador en. Oculta solo el marcador en. Oculta solo el marcador en. Oculta solo el marcador en
la raíz con:
LigandoLigandoLigandoLigandoLigando ➞➞➞➞➞ Árbol de torsiónÁrbol de torsiónÁrbol de torsiónÁrbol de torsiónÁrbol de torsión ➞➞➞➞➞ Mostrar / Ocultar marcador de raízMostrar / Ocultar marcador de raízMostrar / Ocultar marcador de raízMostrar / Ocultar marcador de raízMostrar / Ocultar marcador de raíz
losloslos Recuento de torsiónRecuento de torsiónRecuento de torsión El widget muestra el número de enlaces actualmenteEl widget muestra el número de enlaces actualmenteEl widget muestra el número de enlaces actualmente
activos.activos.activos. 14/3214/3214/32 en el widget indica que 14 están actualmente activos fuera delen el widget indica que 14 están actualmente activos fuera delen el widget indica que 14 están actualmente activos fuera del
máximo permitido por AutoDock, que es 32. Los enlaces que están actualmente
activos son de color verde, los enlaces que no pueden rotarse son de color rojo,
mientras que los enlaces que podrían rotarse pero actualmente están marcados
como inactivos son color morado En AutoDock solo se pueden rotar los enlaces
individuales que no están en ciclos y no en hojas. ADT determina qué enlaces
podrían rotarse. Usted establece cuáles de estos serán rotativos desactivando los
otros en el visor. Por defecto, los enlaces amida los enlaces amida se tratan como
no rotativos. Tenga en cuenta que se han desactivado dos enlaces, el enlace entre
átomosátomosátomos N2; 6N2; 6N2; 6 yyy
C3; 4C3; 4C3; 4C3; 4C3; 4C3; 4 y eso entre los átomosy eso entre los átomosy eso entre los átomosy eso entre los átomosy eso entre los átomosy eso entre los átomos C21; 26C21; 26C21; 26C21; 26C21; 26C21; 26 yyyyyy N4; 28.N4; 28.N4; 28.N4; 28.N4; 28.N4; 28. Observe que el númeroObserve que el númeroObserve que el númeroObserve que el númeroObserve que el númeroObserve que el número
total actual de enlaces rotativos estotal actual de enlaces rotativos es 14)14)
Antes de cerrar este widget, tenga cuidado de dejar activos todos los enlaces
excepto los dos enlaces amida.
¡SOLO para el tutorial de hoy!¡SOLO para el tutorial de hoy! Para obtener buenos resultados acoplados en unPara obtener buenos resultados acoplados en un pequeño período de tiempo, estamos usando esto Opcional Opcional característica para reducir el número de enlaces activos y mantener enlacescaracterística para reducir el número de enlaces activos y mantener enlaces activos aquellos que mueven la menor cantidad de átomos. Esto reduce la complejidad del problema de búsqueda.
¡PRECAUCIÓN!¡PRECAUCIÓN! Intentando que todos los enlacesIntentando que todos los enlaces entre los átomos seleccionados estén inactivos cuando no hay una selección específica encuando no hay una selección específica encuando no hay una selección específica en IndianaIndianaIndiana causarácausarácausará un problema porque luego la selección se expande para incluir todo. Esto implicaría procesar todos los bonos enbonos en hsg1.hsg1.
Ejercicio tres: Preparación de una macromolécula.
Así es cómo Este es el por qué
1.1.1.1.1.1. CuadrículaCuadrículaCuadrículaCuadrículaCuadrículaCuadrícula ➞➞➞➞➞➞ macromoléculamacromoléculamacromoléculamacromoléculamacromoléculamacromolécula ➞➞➞➞➞➞ Escoger…Escoger…Escoger…Escoger…Escoger…Escoger…
hsg1hsg1hsg1hsg1 ➞➞➞➞ Seleccione la moléculaSeleccione la moléculaSeleccione la moléculaSeleccione la molécula ....
escribir escribir escribir escribir hsg1.pdbqt,hsg1.pdbqt,hsg1.pdbqt,hsg1.pdbqt, ➞➞➞➞ SalvarSalvarSalvarSalvar
Selección de la macromolécula de esta manera hace que la siguiente secuencia de pasos de inicialización que se lleva a cabo de forma automática:
- cheques ADT que la molécula tiene cargas. Si no, se añade
Gasteiger cobra a cada átomo. Recuerde que todos los hidrógenos se
deben agregar a la macromolécula antes de que se elige. Si la molécula
ya tenía cargos, ADT preguntaría si desea conservar los cargos de
entrada en lugar de añadir cargos Gasteiger.
- ADT fusiona hidrógenos no polares a menos que la preferencia de los usuariosusuariosusuarios adt_automergeNPHSadt_automergeNPHSadt_automergeNPHS está ajustado para no hacerlo.está ajustado para no hacerlo.está ajustado para no hacerlo.
Fi LeFi LeFi LeFi LeFi LeFi LeFi LeFi Le ➞➞➞➞➞➞➞➞ preferenciaspreferenciaspreferenciaspreferenciaspreferenciaspreferenciaspreferenciaspreferencias ➞➞➞➞➞➞➞➞ Modi fy Defaul tsModi fy Defaul tsModi fy Defaul tsModi fy Defaul tsModi fy Defaul tsModi fy Defaul tsModi fy Defaul tsModi fy Defaul ts ➞➞➞➞➞➞➞➞ autodocktoolsautodocktoolsautodocktoolsautodocktoolsautodocktoolsautodocktoolsautodocktoolsautodocktools
- ADT también determina los tipos de átomos en la macromolécula.
AD4 y Vina pueden acomodar cualquier número de tipos de átomos en
la macromolécula.
Ejercicio cuatro: fijar el espacio de búsqueda
Así es cómo Este es el por qué
1.1.1.1. CuadrículaCuadrículaCuadrículaCuadrícula ➞➞➞➞ Red de caja ...Red de caja ...Red de caja ...Red de caja ...
3.3.3.3.3. X centrar X centrar X centrar X centrar X centrar ➞➞➞➞➞ 2.52.52.52.52.
y centrar y centrar y centrar y centrar ➞➞➞➞ 6.56.56.56.
z centrar z centrar z centrar z centrar ➞➞➞➞ -7.5-7.5-7.5-7.
4.4.4.4.4. Fi LeFi LeFi LeFi LeFi Le ➞➞➞➞➞ Cerca actual ahorroCerca actual ahorroCerca actual ahorroCerca actual ahorroCerca actual ahorro
Vamos a utilizar estaVamos a utilizar estaVamos a utilizar esta Opciones de cuadrícula de widgets:Opciones de cuadrícula de widgets:Opciones de cuadrícula de widgets: para establecer lapara establecer lapara establecer la
ubicación y la extensión del área 3D que se buscará durante el experimento
AutoDock. El espacio de búsqueda se define especificando un centro, el número
de puntos en cada dimensión más el espacio entre puntos.
Aumente el número de puntos en cada dimensión paraAumente el número de puntos en cada dimensión para 6060
Esto da como resultado un total deEsto da como resultado un total deEsto da como resultado un total de 226981226981226981 porque cada dimensión seporque cada dimensión seporque cada dimensión se incrementa en 1 para proporcionar un punto central. Mueve elincrementa en 1 para proporcionar un punto central. Mueve el Opciones deOpciones de cuadrículacuadrícula panel lateral para ver el cuadro mientras ajusta su tamaño.panel lateral para ver el cuadro mientras ajusta su tamaño.
Establezca el centro del espacio de búsqueda enEstablezca el centro del espacio de búsqueda enEstablezca el centro del espacio de búsqueda enEstablezca el centro del espacio de búsqueda enEstablezca el centro del espacio de búsqueda en 2.5, 6.5, -7.5.2.5, 6.5, -7.5.2.5, 6.5, -7.5.2.5, 6.5, -7.5.2.5, 6.5, -7.5. Tenga cuidado deTenga cuidado deTenga cuidado deTenga cuidado deTenga cuidado de usarusarusar negativonegativonegativo 7.5 para el centro z7.5 para el centro z7.5 para el centro z
Oculte el cuadro de cuadrícula y cierre el widget manteniendo los valores de espacio de búsqueda actuales. [La alternativa
Cerrar sin guardarCerrar sin guardarCerrar sin guardarCerrar sin guardarCerrar sin guardarCerrar sin guardarCerrar sin guardarCerrar sin guardar descarta sus cambios.] FYI:descarta sus cambios.] FYI:descarta sus cambios.] FYI:descarta sus cambios.] FYI:descarta sus cambios.] FYI:descarta sus cambios.] FYI:descarta sus cambios.] FYI:descarta sus cambios.] FYI: CentrarCentrarCentrarCentrarCentrarCentrarCentrarCentrar ,,,,,,,, VerVerVerVerVerVerVerVer yyyyyyyy AyudaAyudaAyudaAyudaAyudaAyudaAyudaAyuda MenubuttonsMenubuttonsMenubuttonsMenubuttonsMenubuttonsMenubuttonsMenubuttonsMenubuttons
en la parte superior:
➞➞➞➞➞ CentrarCentrarCentrarCentrarCentrar el menú contiene 4 atajos f o establecer el centro del cuadro deel menú contiene 4 atajos f o establecer el centro del cuadro deel menú contiene 4 atajos f o establecer el centro del cuadro deel menú contiene 4 atajos f o establecer el centro del cuadro deel menú contiene 4 atajos f o establecer el centro del cuadro de
cuadrícula: ➞cuadrícula: ➞cuadrícula: ➞cuadrícula: ➞ Elige un átomoElige un átomoElige un átomoElige un átomo ,,,,
➞➞ Centrarse en l igand,Centrarse en l igand,
➞➞ Centrarse en macromoléculaCentrarse en macromolécula
➞➞➞ En un átomo con nombreEn un átomo con nombreEn un átomo con nombre ...
VerVerVerVerVerVer menú deja cambia la visibilidad de la caja usandomenú deja cambia la visibilidad de la caja usandomenú deja cambia la visibilidad de la caja usandomenú deja cambia la visibilidad de la caja usandomenú deja cambia la visibilidad de la caja usandomenú deja cambia la visibilidad de la caja usando Mostrar cuadro ,Mostrar cuadro ,Mostrar cuadro ,Mostrar cuadro ,Mostrar cuadro ,Mostrar cuadro , yyyyyy
si es mostrado como líneas o caras, usandosi es mostrado como líneas o caras, usandosi es mostrado como líneas o caras, usandosi es mostrado como líneas o caras, usando Muestre la caja como l ines.Muestre la caja como l ines.Muestre la caja como l ines.Muestre la caja como l ines. EsteEsteEsteEste
menú también
le permite mostrar o ocultar el marcador central usandole permite mostrar o ocultar el marcador central usando
Mostrar marcador centralMostrar marcador central y para ajustar su tamaño usandoy para ajustar su tamaño usando
Ajustar el tamaño del marcadorAjustar el tamaño del marcador ..
Nota:Nota: haciendo clic con el botón derecho delhaciendo clic con el botón derecho del mouse en un ruedecillaruedecilla El widget abre un cuadro que leEl widget abre un cuadro que le permite escribir el valor deseado directamente. Al igual que muchos otros campos de entrada en ADT, esto se actualiza solo cuando presiona <actualiza solo cuando presiona < Entrar>Entrar>
Configuración del espacio de búsqueda: Si estaba configurando un muelle utilizando residuos flexibles (Ejercicio Tres B, p 19), asegúrese de que elasegúrese de que elasegúrese de que el receptorreceptorreceptor el archivo esel archivo esel archivo es hsg1_rigid.pdbqt.hsg1_rigid.pdbqt. Las cuadrículas debenLas cuadrículas deben calcularse utilizando un archivo para la molécula sin los residuos en movimiento.
TAMBIÉN, asegúrese deTAMBIÉN, asegúrese de aumentar el númeroaumentar el número de puntos en la dimensión z a 66de puntos en la dimensión z a 66 para dejarpara dejar espacio para el movimiento de la flexibles
Arg8Arg8 residuos. Esto ajusta la dimensiónresiduos. Esto ajusta la dimensión
z a 24.75Angstrom para usar con
AutoDock Vina.
AD4 Ejercicio Seis: A partir de 4 AutoGrid
Así es cómo
1.1.1.1. corrercorrercorrercorrer ➞➞➞➞ Ejecutar AutoGrid ...Ejecutar AutoGrid ...Ejecutar AutoGrid ...Ejecutar AutoGrid ...
2.2.2.2.2.2. Selecciona elSelecciona elSelecciona elSelecciona elSelecciona elSelecciona el Directorio de trabajoDirectorio de trabajoDirectorio de trabajoDirectorio de trabajoDirectorio de trabajoDirectorio de trabajo si ya no lo ha hecho: clicsi ya no lo ha hecho: clicsi ya no lo ha hecho: clicsi ya no lo ha hecho: clicsi ya no lo ha hecho: clicsi ya no lo ha hecho: clic VistazoVistazoVistazoVistazoVistazoVistazo a continuación, busque ela continuación, busque ela continuación, busque ela continuación, busque ela continuación, busque ela continuación, busque el
directorio del tutorial en el escritorio
3.3.3.3.3.3.3.3. ConjuntoConjuntoConjuntoConjuntoConjuntoConjuntoConjuntoConjunto programa del nombre de rutaprograma del nombre de rutaprograma del nombre de rutaprograma del nombre de rutaprograma del nombre de rutaprograma del nombre de rutaprograma del nombre de rutaprograma del nombre de ruta : haga clic: haga clic: haga clic: haga clic: haga clic: haga clic: haga clic: haga clic VistazoVistazoVistazoVistazoVistazoVistazoVistazoVistazo a continuación, busquea continuación, busquea continuación, busquea continuación, busquea continuación, busquea continuación, busquea continuación, busquea continuación, busque autogrid4autogrid4autogrid4autogrid4autogrid4autogrid4autogrid4autogrid4 en el directorio de tutorialen el directorio de tutorialen el directorio de tutorialen el directorio de tutorialen el directorio de tutorialen el directorio de tutorialen el directorio de tutorialen el directorio de tutorial
4.4.4.4.4.4.4.4.4. ConjuntoConjuntoConjuntoConjuntoConjuntoConjuntoConjuntoConjuntoConjunto parámetro del nombre de rutaparámetro del nombre de rutaparámetro del nombre de rutaparámetro del nombre de rutaparámetro del nombre de rutaparámetro del nombre de rutaparámetro del nombre de rutaparámetro del nombre de rutaparámetro del nombre de ruta : haga clic: haga clic: haga clic: haga clic: haga clic: haga clic: haga clic: haga clic: haga clic VistazoVistazoVistazoVistazoVistazoVistazoVistazoVistazoVistazo el n localizarel n localizarel n localizarel n localizarel n localizarel n localizarel n localizarel n localizarel n localizar hsg1.gpfhsg1.gpfhsg1.gpfhsg1.gpfhsg1.gpfhsg1.gpfhsg1.gpfhsg1.gpfhsg1.gpf en el directorio de tutorial.en el directorio de tutorial.en el directorio de tutorial.en el directorio de tutorial.en el directorio de tutorial.en el directorio de tutorial.en el directorio de tutorial.en el directorio de tutorial.en el directorio de tutorial.
[[[[[[ Tenga en cuenta esto actualiza laTenga en cuenta esto actualiza laTenga en cuenta esto actualiza laTenga en cuenta esto actualiza laTenga en cuenta esto actualiza laTenga en cuenta esto actualiza la nombre de archivo de registro Finombre de archivo de registro Finombre de archivo de registro Finombre de archivo de registro Finombre de archivo de registro Finombre de archivo de registro Fi yyyyyy cmdcmdcmdcmdcmdcmd entradas, también]entradas, también]entradas, también]entradas, también]entradas, también]entradas, también]
5.5.5. Inicio Cmd: clicInicio Cmd: clicInicio Cmd: clic LanzamientoLanzamientoLanzamiento
Opcional:Opcional: Para seguir lo que está escrito a este archivo durante la ejecución autogrid4, ir a la terminal y escriba:Para seguir lo que está escrito a este archivo durante la ejecución autogrid4, ir a la terminal y escriba:
tail-f hsg1.glg
escribir <escribir <escribir <escribir <escribir < Ctrl> -CCtrl> -CCtrl> -CCtrl> -CCtrl> -C para interrumpir elpara interrumpir elpara interrumpir elpara interrumpir elpara interrumpir el colacolacolacolacola mando. [En TSRI,mando. [En TSRI,mando. [En TSRI,mando. [En TSRI,mando. [En TSRI,
este cálculo se llevará a 2-3 minutos.]
AD4 Ejercicio siete: Preparación del archivo de parámetros AutoDock
Así es cómo Este es el por qué
1.1.1.1.1.1. Unión cósmicaUnión cósmicaUnión cósmicaUnión cósmicaUnión cósmicaUnión cósmica ➞➞➞➞➞➞ macromoléculamacromoléculamacromoléculamacromoléculamacromoléculamacromolécula ➞➞➞➞➞➞ conjunto rígidoconjunto rígidoconjunto rígidoconjunto rígidoconjunto rígidoconjunto rígido
Fi nombre de archivo ...Fi nombre de archivo ...
escribir escribir escribir hsg1.pdbqt,hsg1.pdbqt,hsg1.pdbqt, AbiertoAbiertoAbierto
[Opcional:[Opcional: Establecer el nombre de archivo flexible Residuos Fi ...Establecer el nombre de archivo flexible Residuos Fi ...
2.2.2.2.2.2. Unión cósmicaUnión cósmicaUnión cósmicaUnión cósmicaUnión cósmicaUnión cósmica ➞➞➞➞➞➞ LigandoLigandoLigandoLigandoLigandoLigando ➞➞➞➞➞➞ Escoger…Escoger…Escoger…Escoger…Escoger…Escoger…
IndianaIndianaIndianaIndiana , ➞, ➞, ➞, ➞ Seleccione ligandoSeleccione ligandoSeleccione ligandoSeleccione ligando
➞➞ AceptarAceptar
3.3.3.3.3.3.3. Unión cósmicaUnión cósmicaUnión cósmicaUnión cósmicaUnión cósmicaUnión cósmicaUnión cósmica ➞➞➞➞➞➞➞ SearchParametersSearchParametersSearchParametersSearchParametersSearchParametersSearchParametersSearchParameters ➞➞➞➞➞➞➞ Gineta ic Algori thm ...Gineta ic Algori thm ...Gineta ic Algori thm ...Gineta ic Algori thm ...Gineta ic Algori thm ...Gineta ic Algori thm ...Gineta ic Algori thm ...
Número máximo de evals:Número máximo de evals:Número máximo de evals:Número máximo de evals: ЕЕЕЕ cortocortocortocorto ,,,,
➞➞ AceptarAceptar
0.0.0.0. Unión cósmicaUnión cósmicaUnión cósmicaUnión cósmica ➞➞➞➞ Parámetros de atraque ...Parámetros de atraque ...Parámetros de atraque ...Parámetros de atraque ...
Cerca
5)5)5)5)5)5) Unión cósmicaUnión cósmicaUnión cósmicaUnión cósmicaUnión cósmicaUnión cósmica ➞➞➞➞➞➞ SalidaSalidaSalidaSalidaSalidaSalida ➞➞➞➞➞➞ GA lamarckiana ...GA lamarckiana ...GA lamarckiana ...GA lamarckiana ...GA lamarckiana ...GA lamarckiana ...
ind.dpfind.dpfind.dpfind.dpf , ➞, ➞, ➞, ➞ SalvarSalvarSalvarSalvar
OPCIONALOPCIONALOPCIONALOPCIONALOPCIONAL 6)6)6)6)6) Unión cósmicaUnión cósmicaUnión cósmicaUnión cósmicaUnión cósmica ➞➞➞➞➞ Edi t DPF ...Edi t DPF ...Edi t DPF ...Edi t DPF ...Edi t DPF ...
Cancelar
Establecer el nombre de archivo rígido en ADT solo especifica la raíz de los nombres de archivo del mapa de cuadrícula. Esto no carga una nueva molécula. Para especificar el nombre de archivo de residuo flexible opcional en el archivo de parámetros de acoplamiento.]
Establecer el ligando establece otros parámetros en el dpf que
podrían ajustarse mediante
Parámetros de ligando AutoDpf4Parámetros de ligando AutoDpf4 widget Hoy usaremos loswidget Hoy usaremos los valores predeterminados, así que solo ciérrelo.
Los diferentes métodos de búsqueda tienen diferentes opciones. Para el tutorial de hoy, estamos haciendo un breve acoplamiento utilizando 250000 evaluaciones por ejecución. Para problemas más difíciles, use más evaluaciones.
Aquí puede elegir qué generador de números aleatorios usar y elegir semillas
para él, establecer la energía fuera de la red, establecer la energía inicial
máxima permitida y el número máximo de reintentos, los parámetros de
tamaño de paso, la verbosidad de la salida y si hacer un análisis de
conglomerados de los resultados. Por hoy, usaremos los valores
predeterminados, así que solo haga clicpredeterminados, así que solo haga clic Cerca.Cerca.
Archivo DPFArchivo DPFArchivo DPFind.dpf contiene parámetros de acoplamiento e instrucciones paraind.dpf contiene parámetros de acoplamiento e instrucciones paraind.dpf contiene parámetros de acoplamiento e instrucciones para
un acoplamiento de Algoritmo Genético Lamarckiano (LGA) también conocido como Algoritmo Genético - Búsqueda Local (GA-LS).
Eche un vistazo a los contenidos del archivo dpf. Comprueba eso ind.pdbqtind.pdbqtind.pdbqtind.pdbqtind.pdbqtind.pdbqt aparece después deaparece después deaparece después deaparece después deaparece después deaparece después de moversemoversemoversemoversemoversemoverse palabra clave,palabra clave,palabra clave,palabra clave,palabra clave,palabra clave, 666666 despuésdespuésdespuésdespuésdespuésdespués
ndihendihendihendihendihendihe yyyyyy 141414141414 despuésdespuésdespuésdespuésdespuésdespués Torsdof.Torsdof.Torsdof.Torsdof.Torsdof.Torsdof. Cuando haya terminado, cierre el widgetCuando haya terminado, cierre el widgetCuando haya terminado, cierre el widgetCuando haya terminado, cierre el widgetCuando haya terminado, cierre el widgetCuando haya terminado, cierre el widget
conconcon CancelarCancelarCancelar ...
dieciséis
AutoDock Viña Ejercicio Nueve: Preparación de un archivo de configuración (opcional)
Así es cómo Este es el por qué
Aquí está la lista de comandos: Vina puede leer un conjunto de comandos de un archivo.
Entrada:
**- - receptor arg parte rígida del receptor (PDBQT)
- flex arg cadenas laterales flexibles, si las hay (PDBQT)
- ligando arg ligando (PDBQT) Espacio de búsqueda (requerido):
- center_x arg Coordenada X del centro
- centro_y arg Coordenada Y del centro
- center_z arg Coordenada Z del centro
- size_x arg tamaño en la dimensión X (Angstroms)
- tamaño_y arg tamaño en la dimensión Y (Angstroms)
- size_z arg tamaño en la dimensión Z (Angstroms) Salida (opcional):
- fuera arg modelos de salida (PDBQT), el valor predeterminado se elige en función del nombre del archivo de ligando
- log arg opcionalmente, escriba el archivo de registro Varios (opcional):
- CPU arg la cantidad de CPU a usar (el valor predeterminado es intentar detectar la cantidad de CPU o, en su defecto, usar
- semilla arg semilla aleatoria explícita
- exhaustividad arg (= 8) exhaustividad de la búsqueda global (aproximadamente proporcional al tiempo): 1+
- num_modes arg (= 9) número máximo de modos de unión para generarnum_modes arg (= 9) número máximo de modos de unión para generar
- energy_range arg (= 3) máxima diferencia de energía entre la mejor unión el modo y el peor muestran (kcal / mol) archivo de configuración (opcional):
- config arg las opciones anteriores se pueden poner aquí Información (opcional):
- ayuda imprimir este mensaje
- versión versión del programa de impresión**
Aquí está el contenido de un archivo de ejemplo config.txt:
receptor = hsg1.pdbqt ligando = ind.pdbqt center_x = 2,5 center_y = 6,5 center_z = -7,5 size_x = 22,5 size_y = 22,5 size_z = 22,
fuera = ind_vina.pdbqt
El ejercicio Diez: Visualización de los resultados AutoDock Vina ....
Así es cómo Este es el por qué
1.1.1.1.1.1. AnalizarAnalizarAnalizarAnalizarAnalizarAnalizar ➞➞➞➞➞➞ dockingsdockingsdockingsdockingsdockingsdockings ➞➞➞➞➞➞ Abrir AutoDockAbrir AutoDockAbrir AutoDockAbrir AutoDockAbrir AutoDockAbrir AutoDock
vina resul t ...
Nombre del archivo:Nombre del archivo:Nombre del archivo:Nombre del archivo:Nombre del archivo:Nombre del archivo: ind_vina.pdbqtind_vina.pdbqtind_vina.pdbqtind_vina.pdbqtind_vina.pdbqtind_vina.pdbqt , ➞, ➞, ➞, ➞, ➞, ➞ AbiertoAbiertoAbiertoAbiertoAbiertoAbierto ,,,,,,
◆◆ Individual molécula wi º mul t IPLE CONFORMAT ionesIndividual molécula wi º mul t IPLE CONFORMAT iones
[Si es necesario: DB[Si es necesario: DB[Si es necesario: DB[Si es necesario: DB[Si es necesario: DB[Si es necesario: DB ➞➞➞➞➞➞ LLLLLL ЕЕЕЕЕЕ ❍❍❍❍❍❍ Para ocultar hsg1]Para ocultar hsg1]Para ocultar hsg1]Para ocultar hsg1]Para ocultar hsg1]Para ocultar hsg1]
2.2.2.2.2.2. AnalizarAnalizarAnalizarAnalizarAnalizarAnalizar ➞➞➞➞➞➞ macromoléculamacromoléculamacromoléculamacromoléculamacromoléculamacromolécula ➞➞➞➞➞➞ Escoger…Escoger…Escoger…Escoger…Escoger…Escoger…
Elija Macromoléculas:Elija Macromoléculas:Elija Macromoléculas:Elija Macromoléculas: hsg1hsg1hsg1hsg1 ➞➞➞➞ Seleccione la moléculaSeleccione la moléculaSeleccione la moléculaSeleccione la molécula
3.3.3.3.3.3. AnalizarAnalizarAnalizarAnalizarAnalizarAnalizar ➞➞➞➞➞➞ dockingsdockingsdockingsdockingsdockingsdockings ➞➞➞➞➞➞ Mostrar iones interactivosMostrar iones interactivosMostrar iones interactivosMostrar iones interactivosMostrar iones interactivosMostrar iones interactivos
4.4.4.4.4.4. Fi LeFi LeFi LeFi LeFi LeFi Le ➞➞➞➞➞➞ Exi tExi tExi tExi tExi tExi t
Haga clic en el icono ADT para reiniciar antes de continuar ...
En el "En el "En el " Archivo de resultados de AutoDock Vina:Archivo de resultados de AutoDock Vina:Archivo de resultados de AutoDock Vina: "Navegador, navegue al"Navegador, navegue al"Navegador, navegue al
directorio que contienedirectorio que contiene ind_vina.pdbqt.ind_vina.pdbqt.
Selecciónelo y haga clic enSelecciónelo y haga clic enSelecciónelo y haga clic en Abierto.Abierto.Abierto. Esta molécula tiene un conjunto separadoEsta molécula tiene un conjunto separadoEsta molécula tiene un conjunto separado de coordenadas para cada resultado acoplado. Use las teclas de flecha en su teclado para moverse a través de estas conformaciones acopladas. Se muestra la energía de cada pose acoplada. Abra el shell de Python para más información.
Esta pantalla es radicalmente diferente: el color espectador fondo es blanco, el
ligando se muestra con una superficie molecular disolvente excluido, átomos en
el receptor que son enlaces de hidrógeno o en contacto estrecho a los átomos en
el ligando se muestran como esferas y piezas de la estructura secundaria se
muestran para las secuencias de 3 o más residuos en el receptor que están
interactuando con el ligando. La interfaz gráfica de usuario para este comando le
permite activar y desactivar diferentes partes de este visualización
especializados, así comoespecializados, así comoespecializados, así como lista interaccioneslista interaccioneslista interacciones en la cáscara pitón.en la cáscara pitón.en la cáscara pitón.
Ejercicio tres B (opcional): preparación del archivo de residuos flexible
Así es cómo
1.1.1.1.1.1. Residuos FlexiblesResiduos FlexiblesResiduos FlexiblesResiduos FlexiblesResiduos FlexiblesResiduos Flexibles ➞➞➞➞➞➞ EntradaEntradaEntradaEntradaEntradaEntrada ➞➞➞➞➞➞ Elija Macromolécula ...Elija Macromolécula ...Elija Macromolécula ...Elija Macromolécula ...Elija Macromolécula ...Elija Macromolécula ...
hsg1hsg1hsg1hsg1hsg1hsg1hsg1 ➞➞➞➞➞➞➞ Seleccione la moléculaSeleccione la moléculaSeleccione la moléculaSeleccione la moléculaSeleccione la moléculaSeleccione la moléculaSeleccione la molécula ➞➞➞➞➞➞➞ sisisisisisisi ➞➞➞➞➞➞➞ OkayOkayOkayOkayOkayOkayOkay
2.2.2.2. SeleccioneSeleccioneSeleccioneSeleccione ➞➞➞➞ Seleccione de la CadenaSeleccione de la CadenaSeleccione de la CadenaSeleccione de la Cadena
Forma claraForma claraForma claraForma claraForma claraForma claraForma claraForma clara ,,,,,,,, Residuo:Residuo:Residuo:Residuo:Residuo:Residuo:Residuo:Residuo: Arg8Arg8Arg8Arg8Arg8Arg8Arg8Arg8 , ➞, ➞, ➞, ➞, ➞, ➞, ➞, ➞ AñadirAñadirAñadirAñadirAñadirAñadirAñadirAñadir ,,,,,,,,
Descartar
Seleccionado:Seleccionado: 2 Residuo (s)2 Residuo (s)
3.3.3.3. Residuos FlexiblesResiduos FlexiblesResiduos FlexiblesResiduos Flexibles ➞➞➞➞ Elija torsiones en los residuos seleccionados actualmente ...Elija torsiones en los residuos seleccionados actualmente ...Elija torsiones en los residuos seleccionados actualmente ...Elija torsiones en los residuos seleccionados actualmente ...
Haga clic en el enlace giratorio entreHaga clic en el enlace giratorio entreHaga clic en el enlace giratorio entreHaga clic en el enlace giratorio entreHaga clic en el enlace giratorio entreHaga clic en el enlace giratorio entre CaliforniaCaliforniaCaliforniaCaliforniaCaliforniaCalifornia yyyyyy CBCBCBCBCBCB en cada residuo para inactivarlo. Esto deja un total deen cada residuo para inactivarlo. Esto deja un total deen cada residuo para inactivarlo. Esto deja un total deen cada residuo para inactivarlo. Esto deja un total deen cada residuo para inactivarlo. Esto deja un total deen cada residuo para inactivarlo. Esto deja un total de 666666
66 enlaces rotativos en los dos residuos ARG8 flexibles.enlaces rotativos en los dos residuos ARG8 flexibles.
CercaCerca ..
4.4.4.4.4.4. Residuos FlexiblesResiduos FlexiblesResiduos FlexiblesResiduos FlexiblesResiduos FlexiblesResiduos Flexibles ➞➞➞➞➞➞ SalidaSalidaSalidaSalidaSalidaSalida ➞➞➞➞➞➞ Ahorre PDBQT flexible ...Ahorre PDBQT flexible ...Ahorre PDBQT flexible ...Ahorre PDBQT flexible ...Ahorre PDBQT flexible ...Ahorre PDBQT flexible ...
Archivo AutoFlex Fi: ,Archivo AutoFlex Fi: ,Archivo AutoFlex Fi: ,Archivo AutoFlex Fi: ,Archivo AutoFlex Fi: ,Archivo AutoFlex Fi: , escribir escribir escribir escribir escribir escribir hsg1_f lex.pdbqt , Salvarhsg1_f lex.pdbqt , Salvarhsg1_f lex.pdbqt , Salvarhsg1_f lex.pdbqt , Salvarhsg1_f lex.pdbqt , Salvarhsg1_f lex.pdbqt , Salvar
5)5)5)5)5)5) Residuos FlexiblesResiduos FlexiblesResiduos FlexiblesResiduos FlexiblesResiduos FlexiblesResiduos Flexibles ➞➞➞➞➞➞ SalidaSalidaSalidaSalidaSalidaSalida ➞➞➞➞➞➞ Guardar Rígido PDBQT ...Guardar Rígido PDBQT ...Guardar Rígido PDBQT ...Guardar Rígido PDBQT ...Guardar Rígido PDBQT ...Guardar Rígido PDBQT ...
Archivo AutoFlex Fi: ,Archivo AutoFlex Fi: ,Archivo AutoFlex Fi: ,Archivo AutoFlex Fi: ,Archivo AutoFlex Fi: ,Archivo AutoFlex Fi: , escribir escribir escribir escribir escribir escribir hsg1_rigid.pdbqthsg1_rigid.pdbqthsg1_rigid.pdbqthsg1_rigid.pdbqthsg1_rigid.pdbqthsg1_rigid.pdbqt ,,,,,, SalvarSalvarSalvarSalvarSalvarSalvar
Nota:Nota: Si su acoplamiento incluye residuos flexibles, el archivo de parámetros de rejilla preparado para el cálculo autogrid4 en ADSi su acoplamiento incluye residuos flexibles, el archivo de parámetros de rejilla preparado para el cálculo autogrid4 en AD
ejercicio cinco debe incluir los tipos de átomos en los residuos flexibles.
6)6)6)6)6)6) CuadrículaCuadrículaCuadrículaCuadrículaCuadrículaCuadrícula ➞➞➞➞➞➞ Tipos conjunto de mapasTipos conjunto de mapasTipos conjunto de mapasTipos conjunto de mapasTipos conjunto de mapasTipos conjunto de mapas ➞➞➞➞➞➞ Elija FlexRes ....Elija FlexRes ....Elija FlexRes ....Elija FlexRes ....Elija FlexRes ....Elija FlexRes ....
Elija Residuos flexible desde ...Elija Residuos flexible desde ...Elija Residuos flexible desde ...Elija Residuos flexible desde ...Elija Residuos flexible desde ...Elija Residuos flexible desde ... ➞➞➞➞➞➞ hsg1hsg1hsg1hsg1hsg1hsg1 , ➞, ➞, ➞, ➞, ➞, ➞ Seleccionar molécula proporcionando f residuos lexibleSeleccionar molécula proporcionando f residuos lexibleSeleccionar molécula proporcionando f residuos lexibleSeleccionar molécula proporcionando f residuos lexibleSeleccionar molécula proporcionando f residuos lexibleSeleccionar molécula proporcionando f residuos lexible
Nota:Nota: Aquí inactivar este bono sólo para demostrar cómo hacerlo. Se puede elegir cualquiera de los posibles torsiones en las cadenas lateralesAquí inactivar este bono sólo para demostrar cómo hacerlo. Se puede elegir cualquiera de los posibles torsiones en las cadenas laterales flexibles de residuos en el receptor para modelar como activa. Usted puede optar por mantenerlos todo teniendo en cuenta que activa el límite en el número de torsiones incluidas las del ligando es 32 en AutoDock. La inactivación de este vínculo seen el número de torsiones incluidas las del ligando es 32 en AutoDock. La inactivación de este vínculo seen el número de torsiones incluidas las del ligando es 32 en AutoDock. La inactivación de este vínculo se nonono necesario.necesario.necesario.
Más allá de la interfaz gráfica de usuario ....
Así es cómo
Tenga en cuenta que esta sección está escrita para los usuarios de Linux y MacOS. Los usuarios de Windows por favor, consulte la sección “Consejos básicos para la programación de línea de comandos de Windows” ( www.voidspace.org.uk/python/articles/command%5Fline.shtml#consulte la sección “Consejos básicos para la programación de línea de comandos de Windows” ( www.voidspace.org.uk/python/articles/command%5Fline.shtml# )
La parte más complicada del uso de los scripts en AutoDockTools / Utilities24 es especificar su ubicación y la ubicación de la
versión de python para usar con ellos. Para invocar estos scripts debe usar elversión de python para usar con ellos. Para invocar estos scripts debe usar elversión de python para usar con ellos. Para invocar estos scripts debe usar el PythonshPythonshPythonsh que vino con la instalación local deque vino con la instalación local deque vino con la instalación local de
MGLToolsPckgs. Cuando se instala MGLToolsPckgs, una variable de entorno $MGLToolsPckgs. Cuando se instala MGLToolsPckgs, una variable de entorno $MGLToolsPckgs. Cuando se instala MGLToolsPckgs, una variable de entorno $ MGL_ROOTMGL_ROOTMGL_ROOT se establece en el directorio quese establece en el directorio quese establece en el directorio que
contiene su instalación local.contiene su instalación local.contiene su instalación local.contiene su instalación local.contiene su instalación local. PythonshPythonshPythonshPythonshPythonsh se encuentra en else encuentra en else encuentra en else encuentra en else encuentra en el compartimientocompartimientocompartimientocompartimientocompartimiento directorio allí: $ MGL_ROOT / bin / pythonsh y eldirectorio allí: $ MGL_ROOT / bin / pythonsh y eldirectorio allí: $ MGL_ROOT / bin / pythonsh y eldirectorio allí: $ MGL_ROOT / bin / pythonsh y eldirectorio allí: $ MGL_ROOT / bin / pythonsh y el
directorio Utilities24 se encuentra aquí: $ MGL_ROOT / MGLToolsPckgs / AutoDockTools / Utilities24.
Como verá a continuación, invocar cualquier script en Utilities24 solo muestra una útilComo verá a continuación, invocar cualquier script en Utilities24 solo muestra una útilComo verá a continuación, invocar cualquier script en Utilities24 solo muestra una útil usousouso declaración que muestra la sintaxisdeclaración que muestra la sintaxisdeclaración que muestra la sintaxis
requerida y las opciones disponibles. Solo TSRI: para el tutorial de hoy, userequerida y las opciones disponibles. Solo TSRI: para el tutorial de hoy, userequerida y las opciones disponibles. Solo TSRI: para el tutorial de hoy, userequerida y las opciones disponibles. Solo TSRI: para el tutorial de hoy, userequerida y las opciones disponibles. Solo TSRI: para el tutorial de hoy, use PythonshPythonshPythonshPythonshPythonsh yyyyy Utilidades24Utilidades24Utilidades24Utilidades24Utilidades24 ubicado en Escritorio / tutorialubicado en Escritorio / tutorialubicado en Escritorio / tutorialubicado en Escritorio / tutorialubicado en Escritorio / tutorial
Archivos de entrada:
1. Para mostrar todas las opciones para formatear un1. Para mostrar todas las opciones para formatear un1. Para mostrar todas las opciones para formatear un1. Para mostrar todas las opciones para formatear un ligandoligandoligandoligando para AutoDock sin usar ADT, en una terminalpara AutoDock sin usar ADT, en una terminalpara AutoDock sin usar ADT, en una terminalpara AutoDock sin usar ADT, en una terminal
pronta escriba esta línea:
. / pythonsh Ut ilit ies24 / prepare_l igand4.py prepare_ligand4: se debe especificar el nombre de archivo del ligando. Uso: prepare_ligand4.py -l nombrearchivoUso: prepare_ligand4.py -l nombrearchivo Descripción de mando ... - l ligand_filename (formato .pdb o .mol2 o .pdbq) Parámetros opcionales: [-v] salida detallada [-o pdbqt_filename] (el nombre de archivo de salida predeterminado es ligand_filename_stem + .pdbqt) [-d] diccionario para escribir la lista de tipos y el número de torsiones activas [-A] tipo (s) de reparaciones a realizar: enlaces_hidrógenos, enlaces, hidrógenos (el valor predeterminado es no hacer reparaciones) [-C] no agrega cargas (el valor predeterminado es agregar cargas de gasteiger) [-p] preservar las cargas de entrada en el tipo de átomo, por ejemplo, -p Zn (el valor predeterminado es no conservar las cargas en ningún tipo de átomo específico) [-U] tipo de limpieza: nphs_lps, nphs, lps, '' (el valor predeterminado es 'nphs_lps') [-B] tipo (s) de los enlaces para permitir a rotate ( 'Columna vertebral' conjuntos predeterminados giratorio y 'amida' + 'guanidinio' no giratorio) [-R] Índice de raíz [-F] cheque por y utilizar más grande fragmento no unido (por defecto no es para hacer esto) [-M] interactivo (por defecto es la salida automática) [-I] serie de bonos para inactivar compone de de índices de átomos por ejemplo 5_13_2_10 se inactivar átomos de [5] -atoms [13] bono cero-basado
