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Taller Bases de datos bioinformáticos
Tipo: Ejercicios
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¡No te pierdas las partes importantes!

















Michel Camila Rueda Garzón, [email protected], 070150192020 PARTE 1 – PudMed (https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/) Búsqueda racional de bibliografía
Glucómica: El estudio sistemático de la estructura y función del conjunto completo de glicanos (el glicoma) producidos en un solo organismo y la identificación de todos los genes que codifican glicoproteínas. Nutrigenómica: El estudio de la relación entre la FISIOLOGÍA NUTRICIONAL y la composición genética. Incluye el efecto de diferentes componentes de los alimentos sobre la EXPRESIÓN GÉNICA y cómo las variaciones en los GENES afectan las respuestas a los componentes de los alimentos. Código de barras de ADN, taxonómico: Técnicas para estandarizar y acelerar la identificación taxonómica o clasificación de organismos que se basan en descifrar la secuencia de una o unas pocas regiones de ADN conocidas como el "código de barras de ADN". b. Molecular simulation. ¿Cuál es la diferencia entre Docking y Dynamics? Proponga un ejemplo práctico para ambas herramientas. Ejemplo práctico con caso: Metralindole como un inhibidor importante de la quinasa-2 y la holoenzima CK2. (https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/37075433/) Molecular Simulación de acoplamiento (Docking): Una técnica de simulación por computadora que se utiliza para modelar la interacción entre dos moléculas. Normalmente, la simulación de acoplamiento mide las interacciones de una molécula pequeña o ligando con una parte de una molécula más grande, como una proteína. Ejemplo: Mostró como Metralindole tiene altas puntuaciones de acoplamiento en quinasas de división (5.159 Kcal / mol y - 5.99 Kcal / mol) con un buen enlace de hidrogeno. Además, en diseño de fármacos también es importante, se busca predecir la orientación del enlace de una molécula pequeña con la proteína que será donde ejercerán su acción, con lo que se podrá predecir la afinidad y la actividad de la molécula pequeña. Molecular Simulación dinámica (Dynamics): Una simulación por computadora desarrollada para estudiar el movimiento de las moléculas durante un período de tiempo. Ejemplo: Se hizo la simulación de la inhibición de quinasas con Metralindole para 100ns en un medio acuoso y confirmó la estabilidad del compuesto y el patrón de interacción con la menor desviación y fluctuación. Su campo de aplicación va desde superficies catalíticas hasta sistemas biológicos como las proteínas.
b. ¿A qué cree usted se debe la diferencia en el número de artículos entre ambas bases de datos? Porque PubMed no tiene citas para ciertos tipos de material de PMC, como reseñas de libros, que se consideran fuera del alcance de PubMed. c. Identifique en PMC los links para descargar el archivo y la citación (Pantallazo).
b. ¿Cuál es el año de mayor producción de artículos al respecto? En el año 2021 hubo mayor producción de artículos respecto al cáncer de cerebro humano. c. ¿Cuántos artículos se publicaron en el 2021? Se publicaron 11.425 artículos en el año 2021
Con “Additional filters”: b. ¿Cuántas revisiones relacionadas al cáncer de cerebro hay? Hay 31,656 revisiones relacionadas al cáncer de cerebro. c. ¿Cuántos reportes de ensayos clínicos? Hay 7,348 reportes de ensayos clínicos. d. ¿Cuántos reportes en congresos?
PARTE 2 – Entrez (All Databases) (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/) Bases de datos de información biológica (Nota: se recomienda abrir cada uno de los siguientes repositorios en pestañas independientes: click derecho, abrir en nueva pestaña)
(2). Taxonomy: solo se encuentra un resultado sobre el nombre actual: TGEV spike y se puede encontrar el ID de taxonomía. (3). BioProject: se encuentran distintos tipos de proyectos con datos como transcriptoma o expresión génica en homo sapiens, además, de purificación de RBD SARS-CoV2.
En “Assembly” proporciona información sobre la estructura de los genomas ensamblados, lo primero que aparece es la descarga de ensamblajes y un recuadro con la taxonomía y su ID. Después aparecen resultados de ensamblajes con su fecha, nivel de ensamblaje, si la representación genómica está completa, etc. De forma resumida, la diferencia radica en que Genome ofrece la secuenciación y anotación del genoma de SARS-CoV2 y Aseembly ofrece el ensamblaje del genoma. En la barra de repositorios (como vimos en el numeral 3) ahora exploremos otros recursos:
b. ¿Cuál es el rango del tamaño de las secuencias nucleotídicas disponibles para estas hormigas? Secuencias de 359 pb hasta 1851 pb. c. Repita el paso anterior (a) pero ahora en proteínas (Pantallazo). Se encuentran disponibles secuencias de proteínas. Por ejemplo, el citocromo oxidasa, del factor de elongación, sin alas o rodopsina, etc.
c. Ahora veamos la gráfica del mapeo de este gen en el genoma. Ir a Graphics (flecha). Dando click en Gene ID, identifique en que posiciones del scaffold está, ¿Qué dominios tiene esta proteína? ¿los identifica en la gráfica? (Pantallazo). Posición: 57…
d. Vamos a descargar la secuencia de este gen. Regrese a la vista de la secuencia (imagen anterior) e identifique el formato fasta (texto plano). Descargue esta secuencia en Send (flecha) en formato fasta.
PARTE 4 – Base de datos Protein (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/?term=) Búsqueda y descarga de secuencias de aminoácidos