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MINISTERIO DE SALUD
INSTITUTO NACIONAL DE SALUD
"Año del Bicentenario del Perú: 200 años de Independencia” "Decenio de la igualdad de oportunidades para mujeres y hombres” JMHN/eia
NOTA INFORMATIVA N° 1049 - 2021 - LAB.VIRUS RESP. - DEET-CNSP/INS
PARA : Dr. Oscar Roberto Escalante Maldonado
Director Ejecutivo
Dirección Ejecutiva de Enfermedades Transmisibles
Centro Nacional de Salud Pública
ASUNTO : INFORME TÉCNICO: ACTUALIZACIÓN DE LA IDENTIFICACIÓN DE VARIANTES
CIRCULANTES DE SARS-CoV-2 EN EL PERÚ
FECHA : Chorrillos, 24 de setiembre de 2021
Registro N° 24720 - 2021
Es grato dirigirme a usted para saludarlo cordialmente y a la vez remitirle adjunto el INFORME TÉCNICO:
ACTUALIZACIÓN DE LA IDENTIFICACIÓN DE VARIANTES CIRCULANTES DE SARS-CoV-2 EN EL PERÚ ; de
muestras procesadas entre el 20 al 24 de setiembre, procedentes de las regiones: Lima (metropolitana y provincia),
Amazonas, Apurímac, Ayacucho, Cajamarca, Callao, Cusco, Huánuco, Ica, Junín, La Libertad, Lambayeque, Loreto,
Moquegua, Pasco, Piura, Tacna, Tumbes y Ucayali.
El Instituto Nacional de Salud, en coordinación con el MINSA y el CDC, continuará realizando la vigilancia genómica
con el objetivo de identificar a tiempo posibles nuevos casos de infección por la variante Delta, así como de otras
nuevas variantes, y tomar las medidas preventivas para impedir su diseminación en otras regiones.
Es cuanto informo para su conocimiento y trámite correspondiente.
Blgo. Joseph Michael Huayra Niquén
Responsable
Laboratorio de Referencia Nacional de Virus Respiratorio
CNSP-INS
Cápac Yupanqui No. 1400, Jesús María, Lima 11
INFORME TÉCNICO ELABORADO POR:
Presidenta del Plan de Vigilancia Genómica del Virus SARS-CoV-2:
Responsable del Laboratorio de Referencia Nacional de Virus Respiratorio (LRNVR):
- Blgo. Joseph Michael Huayra Niquén
Responsable del Equipo de Secuencia Genómica del LRNVR:
- Blgo. Carlos Patricio Padilla Rojas
Integrantes:
- Blga. Carmen Verónica Hurtado Vela
- Blgo. Orson Mestanza Millones
- Blga. Sandra Morales Ruiz
- Blga. Iris Silva Molina
- Blgo. Luis Bárcena Flores
- Blga. Wendy Lizárraga Olivares
- Blgo. Steve Acedo Lazo
- Blga. Princesa Alicia Medrano Alhuay
- Blga. Luren Nieves Sevilla Castañeda
- Blga. Sara Martha Gordillo Vílchez
- Blgo. Víctor Jiménez Vásquez
- Blga. Priscila Nayu Lope Pari
- Blga. Alicia Elizabeth Núñez Llanos
- Blga. Nancy Rojas Serrano
- Blgo. Omar Alberto Cáceres Rey
- Blgo. Henri Bailón Calderón
- Blgo. Marco Galarza Pérez
- Dra. Natalia Vargas Herrera
- Dr. Roger Araujo Castillo
Centro Nacional de Salud Pública - INS
Cápac Yupanqui No. 1400, Jesús María, Lima 11 Vigilancia Aleatoria (setiembre)
Vigilancia Focalizada
TOTAL 187
RESULTADOS
(i) Vigilancia Aleatoria: De todas las muestras, 3 45 correspondieron a la vigilancia genómica aleatoria, siendo 317 muestras del mes de setiembre, y 28 muestras del mes de agosto del 2021 (análisis retrospectivo) en diversas regiones, como se aprecia en la Tabla 2. Tabla 2. Resultados de variantes identificadas por Región: Región Delta Gamma Lambda Mu Otras Total Lima Metropolitana 70 (63%) 26 6 9 111 Lima Provincias 9 (41%) 5 1 7 22 Amazonas 7 9 16 Apurímac 6 (35%) 10 1 17 Ayacucho 6 (60%) 3 1 10 Cajamarca 8 (24%) 7 15 3 33 Callao 1 (20%) 4 5 Cusco 7 (70%) 3 10 Huánuco 3 (38%) 3 2 8 Ica 8 (67%) 2 1 1 12 Junín 21 (72%) 7 1 29 La Libertad 8 (73%) 1 2 11 Lambayeque 7 (50%) 5 2 14 Loreto 1 (33%) 1 1 3 Moquegua 2 (25%) 2 2 2 8 Pasco 5 (83%) 1 6 Piura 5 (50%) 4 1 10 Tacna 1 1 Tumbes 12 (71%) 2 2 1 17 Ucayali 2 2 TOTAL 182 (52. 8 %)
Cápac Yupanqui No. 1400, Jesús María, Lima 11 (ii) Vigilancia focalizada Para el estudio de casos especiales (brotes y vacunados), fueron secuenciados 6 genomas, 5 de los cuales correspondieron al estudio de brote de COVID-19 en Tripulantes de un Barco Panameño y 1 genoma de un paciente vacunado, según el detalle en la Tabla 3: Tabla 3. Resultados de variantes identificadas en los casos especiales descritos: Origen de la muestra Delta Gamma Lambda Mu Total Tripulantes de barco de Panamá 5 5 Paciente vacunado de Lima 1 1 TOTAL 5 ( 83 %)
(iii) Variante Delta En la presente semana se han identificado un total de 187 nuevos casos, 182 de la vigilancia aleatoria (169 de setiembre y 13 de agosto) y 5 de la vigilancia focalizada (todos procedentes de la embarcación panameña). Con esto, suman en total 721 casos de esta VOC identificados en nuestro país, se aprecia un incremento en los casos, incluso mayor en relación a la semana pasada (de 169 casos nuevos la semana previa a 1 87 casos nuevos esta semana). En esta oportunidad, se han sumado 2 regiones más en las que anteriormente no se había identificado esta VOC (Huánuco y Loreto), habiéndose detectado hasta la actualidad en 2 4 de las 25 regiones. Hasta la fecha, no se ha detectado esta VOC en la región Amazonas. En la Tabla 5 se detalla los números por región y en la Figura 1 se adjunta el mapa del Perú con las regiones en las que se ha identificado la VOC Delta. Esta semana se detectaron tres (03) casos con el sub-linaje AY.20 con una mutación adicional, K417N. Los sub-linajes Delta que presentan esta mutación son denominados “Delta Plus” ya que la misma está presente en las VOC Beta (no identificada en nuestro país a la fecha) y Gamma, y ésta podría aumentar su capacidad de evasión inmune además de conferir resistencia a ciertas opciones de tratamiento como los anticuerpos monoclonales. Cabe resaltar que ésta es la primera vez que se identifican secuencias “Delta Plus” en el país. Según las fichas epidemiológicas, los tres pacientes viven en el mismo distrito (Ate, Lima-Este), asimismo, dos de ellos residen en el mismo asentamiento humano (AA.HH. Tupac Amaru), y el tercero a unas 20 cuadras de distancia. Todos estos pacientes fueron ambulatorios al momento de la toma de muestra, y ninguno ha fallecido a la fecha:
- Mujer 42 años sin vacunar (Jr. José Crespo)
- Mujer 39 años, vacunada con Sinopharm (AAHH Tupac Amaru), la misma es personal de salud en el Hospital José Agurto Tello de Chosica.
- Varón 19 años sin vacunar (AAHH Tupac Amaru) Como dato adicional, entre las semanas epidemiológicas 34 a la 38, el porcentaje de positividad de los RT-PCR (número de positivos/muestras tomadas), ha subido hasta 10.91% en Lima Este y a 17% en el distrito de Ate ( ver Anexos 1 y 2 ).
Cápac Yupanqui No. 1400, Jesús María, Lima 11 Figura 1: REGIONES DEL PERÚ EN LAS QUE SE HA IDENTIFICADO LA VOC DELTA (iv) Variante Mu La variante Mu ha sido catalogada por la OMS como variante de interés (VOI) el 30 de Agosto. En la presente semana se han identificado 25 casos nuevos, todos de la vigilancia aleatoria, con lo que se suman 175 casos en total de esta VOI en nuestro país, lo cual indica un incremento de la misma en relación a la semana pasada ( 19 casos nuevos la semana pasada a 25 casos nuevos esta semana). En esta oportunidad, no se han sumado nuevas regiones. Las regiones en las que aún no se ha reportado esta VOI son Apurímac, Loreto, Pasco, Puno, y Ucayali. En la Tabla 6 se detallan los números por región y en la Figura 2 se adjunta el mapa del Perú con las regiones en las que se ha identificado la VOI Mu. Tabla 6. Regiones en las que se han identificado casos de Variante Mu Región N° de casos identificados en esta semana N° de casos hasta la semana pasada N° total de casos identificados Amazonas -^1 Ancash -^2 Arequipa -^4 Ayacucho 1 15 16 Callao -^8
Figura 2: REGIONES DEL PERÚ EN LAS QUE SE HA IDENTIFICADO LA VOI MU
- Cápac Yupanqui No. 1400, Jesús María, Lima - Cajamarca - Cusco -^1
- Huancavelica -^1 - Huánuco -^1 - La Libertad -^7
- Lambayeque -^1 - Ica - Junín -^4 - Lima
- Madre de Dios -^11 - Moquegua - Piura -^1 - San Martin -^1 - Tacna -^4 - Tumbes - TOTAL
Cápac Yupanqui No. 1400, Jesús María, Lima 11 Figura 3. TENDENCIA DEL PORCENTAJE DE LAS VARIANTES POR CADA MES DURANTE EL AÑO 2021 A NIVEL LIMA/CALLAO (vi) Información sobre pacientes fallecidos Según los datos de defunción obtenidos de SINADEF, de los 3 51 pacientes a los que se les realizó la secuenciación genómica en la última semana, 2 fallecieron a causa de infección por COVID-19 ( 4 menos que la semana pasada). De ellos, los dos tuvieron la VOC Delta. CONCLUSIONES i. Con respecto a los casos de esta semana provenientes de la vigilancia aleatoria (n=3 45 ) en las regiones Lima (Metropolitana y Provincia), Amazonas, Apurímac, Ayacucho, Cajamarca, Callao, Cusco, Huánuco, Ica, Junín, La Libertad, Lambayeque, Loreto, Moquegua, Pasco, Piura, Tacna, Tumbes y Ucayali, la variante Delta continúa siendo la variante predominante con una positividad del 52. 8 % de las muestras procesadas en esta semana. Esta VOC sigue ascendiendo por encima de todas las otras variantes y este ascenso conlleva a un incremento en la proporción global de esta variante en el mes de setiembre; de las 599 muestras obtenidas durante este mes, 307 fueron VOC delta (51.3%). Específicamente, durante la semana epidemiológica 37 (12 al 18 de setiembre), la VOC Delta corresponde al 61.6% de las muestras a nivel nacional, y al 61.4% de las muestras de Lima y Callao. ii. La variante Gamma (P.1) asciende a un 26. 4 % de las muestras procesadas (la semana anterior fue 24.8%) y la variante Lambda (C.37) viene disminuyendo marcadamente con
- 3 %. Luego de una disminución leve en la última semana, la variante Mu (B.1.621) se ha incrementado al 7. 2 %.
Cápac Yupanqui No. 1400, Jesús María, Lima 11 iii. La vigilancia focalizada incluye estudios de brotes y “casos especiales” (pacientes vacunados, re-infectados, en UCI y embarazadas). Esta semana se recibieron muestras de la región Callao (embarcación proveniente de Panamá) y 1 caso de Lima de paciente vacunado. En la vigilancia focalizada, la VOC Delta fue identificada en 5 de 6 casos secuenciados ( 83 %), como dato importante, estos 5 casos fueron los identificados en la embarcación mencionada y Gamma en 1 (1 7 %) muestra, correspondiente al paciente vacunado. En esta oportunidad, no se identificó la VOI Mu ni la variante Lambda en este grupo de muestras. iv. Con los 1 87 casos adicionales de Delta ( 182 casos correspondientes a la vigilancia aleatoria y 5 a la vigilancia focalizada), se suman 721 casos en total de esta variante de preocupación a nivel nacional en lo que va del año, ubicándose ya en 2 4 de las 25 regiones (Amazonas es la única región a la fecha en la que no se ha identificado esta VOC). En las muestras de esta semana, se observa una predominancia marcada de la VOC Delta en algunas regiones, siendo 8 3 % de las muestras de Pasco, 7 3 % en La Libertad, 7 2 % en Junín, y 71 % en Tumbes. Se considera que lo más probable es que el número de casos de SARS-CoV-2 por la VOC Delta continúe con un ascenso sostenido en las siguientes semanas y que siga desplazando a las otras variantes circulantes. v. Hasta antes de esta semana, se ha detectado el linaje original de la VOC Delta (B.1617.2) y catorce linajes descendientes distintos según el sistema PANGO (AY.1, AY.3, AY.3.1, AY.4, AY.5, AY.9, AY.10, AY.11, AY.12, AY.14 AY.20, AY.23, AY.25, AY.26), lo cual denota una gran diversidad genética. En esta semana, se ha detectado un nuevo linaje descendiente de Delta: AY.26, lo que indicaría que siguen siendo introducidos a nuestro país nuevos linajes descendientes. Como comparación, a nivel mundial existen 40 linajes descendientes de la VOC Delta aparte del original. vi. EL hallazgo más importante en esta oportunidad es que se detectaron tres (03) casos con el sub-linaje AY.20 con una mutación adicional, K417N. Los sub-linajes Delta que presentan esta mutación son denominados “Delta Plus” ya que esta mutación está presente en las VOC Beta y Gamma, y podría aumentar su capacidad de evasión inmune y conferir resistencia a los anticuerpos monoclonales. Los tres pacientes que presentan esta mutación eran ambulatorios y a la fecha no han fallecido, sus edades oscilan entre 19 y 42 años, y solo uno de ellos estaba vacunado con dos dosis de la vacuna Sinopharm (marzo 2021). Es importante notar que los tres casos pertenecen al distrito de Ate (Lima- Este), y dos viven en el mismo AAHH. Se sugiere una vigilancia más intensiva en esa área, secuenciar más muestras, e acelerar el proceso de vacunación en el área. Se sugiere la participación del CDC, y la DIRIS Lima Este y correlacionar este hallazgo con número de casos, hospitalizaciones y fallecimientos en el área (ver Anexo 1 y 2).
Cápac Yupanqui No. 1400, Jesús María, Lima 11 Anexo 1. Positividad de pruebas RT-PCR en Lima Este Anexo 2. Positividad de pruebas RT-PCR en el distrito de Ate
