BACTERIOLOGÍA
1. Taxonomía, clasificación y filogenia:
- Taxonomía fenotípica: Clasificación clásica en la que se agrupan los
microorganismos en función de su parecido en cualquier carácter estructural o
funcional, se pueden agrupar por su morfología, fisiología, bioquímica,
serotipia/fagotipia. Actualmente esta clasificación solo se utiliza en categorías
subespecíficas y para la determinación.
- Taxonomía genotípica: Clasificación que se basa fundamentalmente en la
similitud de caracteres biomoleculares. Para la clasificación se tienen en cuenta
los siguientes aspectos:
o Porcentaje de bases G+C en el ADN: Independientemente de la
secuencia, se considera que el porcentaje de G+C entre cepas de una misma
especie no puede variar más del 5%. En los géneros la variación no debe
superar el 10%.
o Tm "temperatura melting" del ADN: Temperatura de desnaturalización
de la doble hebra. Depende del porcentaje G+C, a mayor cantidad de G+C
mayor temperatura melting o de desnaturalización.
o Similaridad de secuencia por hibridación: Consiste en desnaturalizar el
ADN llevándolo por encima de su temperatura melting en un medio en el
que haya ADN monocatenario de otra bacteria, si se forma un ADN híbrido
de hebras de ambos organismos quiere decir que hay una elevada
similaridad de secuencias entre ambos.
o Secuenciación de ARN y ADN: Se utiliza para determinar relaciones
filogenéticas.
La taxonomía molecular define un nuevo concepto de especie, la
genomoespecie, que es un cjto de microorganismos que presentan una
homología de secuencia de ADN por hibridación igual o superior al 70% y una
divergencia en su temperatura melting menor o igual a 5ºC. La genomoespecie
solo se reconoce como especie taxonómica si además existe una descripción de
caracteres fenotípicos que la sustenten como tal.
- Taxonomía numérica: Clasificación en la que se utilizan un número muy
elevado de caracteres para la agrupación de los organismos. A todos los
caracteres se les da la misma importancia y se les asigna un número. Se utiliza
cualquier carácter que pueda variar entre cepas, estos deben ser dicotómicos, de
forma que puedan o no estar presentes en el organismo, por lo que se suelen
utilizar caracteres fenotípicos. A cada cepa que se quiere clasificar se le
denomina OTU y cada carácter seleccionado se codifica en cada OTU como 0 ó
1 (ausencia/presencia), estos datos se introducen en una matriz, que será tratada
por ordenador y determinará el coeficiente de similaridad entre OTUs. Con estos
datos se realizará una matriz de similaridad y un análisis de agrupamiento tipo
clúster que permitirá obtener un dendrograma o árbol fenético.
Mediante la taxonomía numérica se establecen fenoms, que son agrupaciones de
individuos en base a un nivel de similaridad. Fenoms con un grado de
similaridad superior al 80% equivalen a especies bacterianas o fenoespecies,
mientras que la similaridad del 60-70% determina géneros.
