Programació en PERL i programes exemple, Ejercicios de Biotecnología

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Apuntes Bioinfo Biotec

1ª Sesión A. Barbadilla

Programación en PERL

13/ott/2008, 2ªed, revisada y completada © Roi Villar Vázquez

PERL: Características:

• (^) Interpretable & NO ejecutable: requiere lector vs. - (^) Un lenguaje Executabel ( eg:c:--> requiere compilación)
• (^) Sequencias entendibles como texto. PERL preadaptado sin saberlo a secuencias biológicas.
• (^) Curva de aprendizaje, baja moi agradecido. Pouca teoria requerida para empezar a programar. Pero puede engañar, no se acaba rápido puede complicarse.

Infraestructuras para correr PERL

• (^) En win instalable Active PERL
• (^) En gnu /mac por defecto
• (^) Existen lectores on-line (e.g. biocomputació)
• (^) EDITOR Texto (not processor) (notepad (cutroe) /editplus (detecta lenguajes & corrige) /Kate)

ProgramaciÓN

(intro)

• (^) Solucion gradual (no directa) problemas reiterativos,
• (^) Edición,ejecución,reviewing, saving
• (^) Intuición, minimalismo,=good programming (elegancia)
• (^) Help: debugging exe’s
• (^) Backing up: sistemático&periódico1sem

Programacion 3

• (^) Verbosidad : hacer comentarios a la hora de traducir a codigo tu pseudocodigo, - (^) universalizan en personas y tiempo tu programa - (^) aumentan la comprension del mismo.
• (^) Como?
  • (^) Anotando versiones previas cambios…
  • (^) EXPLICA utilizando comentarios.

Comandos básicos 1

• (^) Script=código pequeño, secuencia de ordenes
• (^) Al cortar y pegar de ppt , cambia dobles comillas por las que estan encima del 2 (buscar y reemplazar)
• (^) Print “”; Imprime en pantalla
• (^) # comentario /no interpretado
• (^) $var= ; definición variable (con nombre) numerica que acepta las 4operacioines básicas elementales & parentesis ( acábalo con punto y coma )
• (^) \n salto de linea
• (^) \t salto de tabulador
• (^). Valor de variable
• (^) Acaba con exit;

String interpolation & def de vars

• (^) $variable = ;
  • (^) Pueden ser letras o numeros, si son letras cogerá un string sin traducir.
• (^) $var=“”; capta la salida que le pongas, si pones variables de por medio (imprime lo que haya entre comillas y te lo asigna a variable), es decir, traduce operadores

Teoria/ortografía.

• (^) Strings admitidos entre comillas dobles (decodifica variables y entrega valores ) y sencillas (apostrofe) (no decodifica, printed as written)
• (^) Entiende notacion científica, negativos y decimales, también texto (solo como string)
• (^) Variables y operadores distinguen mayúsculas y permiten longitud e alfanumerismo
• (^) Asignacion mediante =
• (^) Pueden ayudar:
  • (^) \U (uppercase) para convertir en mayúsculas todos los caracteres a partir de \U
  • (^) \L (lowercase) para convertir en minúsculas todos los caracteres a partir de \L
  • (^) \E (exit) para fin de la conversión desde \U o \L
  • (^) Estas emprégaas na declaración de variables entre comillas tal que asÍ:
  • (^) $DNA="\LACGGGAGGACGGGAAAATTACTACGGCA\ETTAGC";
  • (^) $var = uc $VARIABLE; convierte $var a mayúsculas
  • (^) $VARIABLE = lc "ACGT"; convierte $var a minúsculas

operadores

• (^) S ( substitución) s/substituído/substituidor
  • (^) Añade /g al final si quieres que substituya todo lo que encuentre
  • (^) No lo añades y restriccionale al 1st encount

    Programa que transcribeix fragments de DNA

    Primer guardem dos seqüències de DNA en dues variables

    $DNA = "ACGGGGAGGACGGGAAATTACTACGGGCATTAGC"; $RNA = $DNA; $RNA =~s/T/U/g ;

    Imprimim en pantalla les dues seqüències separadament

    print $DNA."\n"; print $RNA."\n\n";
  • (^) Funciona raro, tienes declarar el destino de substitución, y una vez substituír.
  • (^) MIND CAPITALITY!!!! ~ esta cosa rara se escribe Altgr+4 y un espacio que luego has de borrar.

Operadores avanzados

• (^) $var=~s/t/u/g; : cambia en la variable string las todas las t’s por las u’s, (la g hace que sean todas las t’s
• (^) $REV = reverse $Var; define nova variábel ($REV) con orden inverso da cadea de texto $var
• (^) $var=~tr/atcg/tagc/; cambia en variable string ($var) los caracteres en estricto orden, (no requiere g) (puede utilizarse en lugar de ~s)
• (^) $nr=lenght(“STRING”) ó LENGTH $VAR: asigna a variable $nr a loxnxitude da strign

Sol2: Virtual DNApol

• (^) print "Welcome to virtual DNApol\n";
• (^) $DNA=ACGGGAGGACGGGAAAATTACTACGGCATTAGC;
• (^) print "this is your seq. \n$DNA \n";
• (^) $rev= reverse $DNA;
• (^) print "Reverted DNA\n$rev\n";
• (^) $rev=~tr/ATCG/TAGC/;
• (^) print "complementary nucleotydes \n$rev\n";
• (^) print "Final DNA Seq 5' $rev 3'\n";
• (^) #seria más adecuado primero herramienta traducir y después invertir, así puedes comprobar directametne;
• (^) exit;

Planteamiento virtual DNApol

• (^) 5-atgctgatcc-
• (^) La complementaria NO ES tacgactagg, por que seria 3-
• (^) La complementaria seria ggatcagcat,
• (^) Necesitamos dos funciones
  • (^) Reverse
  • (^) Y substitución.que no sirve la normal si no tendriamos todas iguales (todo tes y luego serian todo as) requiere 4variable comodin.

DNA ligasa!

Programa que concatena fragments de DNA

Primer guardem dos seqüències de DNA en dues variables

$DNA = "ACGGGGAGGACGGGAAATTACTACGGGCATTAGC"; $RNA = $DNA; $RNA =~s/T/U/g ;

Imprimim en pantalla les dues seqüències separadament

print $DNA."\n"; print $RNA."\n\n"; $DNArev= reverse$DNA; print "rev es ".$DNArev."\n"; $DNAcomplementaria= $DNArev; $DNAcomplementaria=~ tr/ATCG/TAGC/; print "complementaria es". $DNAcomplementaria."\n"; print"diana es AA\n\n "; $lon= length($DNAcomplementaria); print"longitud original es $lon"; dianas esta

Sol1: Virtual RNAP

print "Welcome to virtual RNAP\n"; $DNA=ACGGGAGGACGGGAAAATTACTACGGCATTAGC; print "this is your seq. \n $DNA \n"; $RNA= $DNA; $RNA=~s/T/U/g; print "and then your RNA seq is: \n $RNA"; exit;