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Le malattie dell'imprinting, Appunti di Genetica

Il processo fisiologico dell'imprinting e l'epigenetica, ovvero i cambiamenti ereditabili non dipendenti dalla sequenza del DNA. Vengono spiegati i meccanismi di regolazione dell'espressione genica e le differenze tra l'allele materno e paterno. Vengono inoltre descritti i fenotipi associati all'imprinting e all'UPD, con esempi di malattie autosomiche dominanti. Infine, vengono elencati i geni imprintati nell'uomo e la loro relazione con alcune malattie mendeliane.

Tipologia: Appunti

2021/2022

In vendita dal 05/03/2023

Cenz01
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Imprinting: processo fisiologico che serve a regolare l’espressione genica, a livello epigenetico (non dipende dalla sequenza del DNA).
L’espressione genica può essere regolata: - a livello trascrizionale (RNA polimerasi, promotore, fattori di trascrizione…)
- a livello post-trascrizionale (processamento dell’RNA, trasporto, stabilità, traduzione…)
- a livello epigenetico (metilazione, conformazione della cromatina…)
H
Epigenetica: cambiamenti ereditabili, non dipendenti dalla sequenza del DNA. Può avvenire secondo diversi meccanismi, come la
metilazione del DNA (mantiene la repressione della trascrizione); importante anche la struttura cromatinica, con i TADs.
La metilazione ha effetto inibitorio e colpisce le citosine delle regioni ‘island’, ed è coinvolta nell’espressione monoallelica (solo uno dei
due alleli è espresso). Quando è monoallellica si chiama ‘imprinting’, e consiste nel silenziamento dell’allele materno o paterno.
H
Le femmine sono un mosaico funzionale perchè un X è quasi tutto inattivato, tramite metilazione; i geni autosomici, invece, sono
biallellici e vengono espressi entrambi gli alleli (sia materno che paterno).
In realtà ci sono vari esempi di geni diallelici con espressione di solo uno dei due geni (fisiologicamente, non a causa di mutazioni) -
esclusione allelica - funzionalmente emizigoti: solo uno è espresso.
Nell’organismo, si distinguono due meccanismi di silenziamento:
- espressione indipendente dall’origine parentale (casuale). es. espressione dell’X o riarrangiamento genico delle Ig
- espressione che dipende dall’origine parentale (imprinting): marcato in funzione dell’origine materna o paterna. Sono espressi o
meno a seconda che siano ereditati dalla madre o dal padre (solo una parte di geni è coinvolta in questo processo).
Diversamente dai geni mendeliani, alcuni caratteri autosomici dominanti, che colpiscono entrambi i sessi, possono essere trasmessi da
entrambi i sessi, ma spesso si manifestano solo se ereditati da madre o padre —> malattie determinate dall’imprinting.
I due alleli materno e paterno non sono uguali, ma hanno differenze epigenetiche:
- diverso grado di metilazione del DNA: lo spermatozoo ha un genoma molto più metilato dell’ovocita, che è invece in alta espressione
- diverso pattern di metilazione in sequenze/loci specifici: molto metilato in quello materno e non in quello paterno, o viceversa.
Ci sono, quindi, delle diffferenze di espressione tra l’allele materno e quello paterno.
L’imprinting genomico/parentale è un processo epigenetico, nel quale l’espressione di un gene dipende dal genitore dal quale è
trasmesso il gene. Il pattern monoallelico può essere trasmesso alle cellule figlie (fenomeno epigenetico, non genetico - non dipende
dalla sequenza del DNA). I geni imprintati non seguono le regole di ereditarietà mendeliane, nelle quali negli eterozigoti entrambi gli
alleli sono espressi in modo equo —> un allele è silenziato, a seconda che dell’origine parentale.
Osservazioni
In esperimenti murini si è visto che i genomi materno e paterno non sono uguali e che: non è possibile vivere con il solo genoma di uno
dei due genitori (genoma uniparentale) - cambia il fenotipo se tutti i cromosomi sono dal papà (si potenzia lo sviluppo delle strutture
extraembrionali) o dalla mamma (contrario del papà) —> fenotipi opposti.
H
Nell’uomo si è osservato che:
• se tutti i cromosomi sono ereditati dal papà, si ha una mole idatifrome (manca la struttura dell’embrione), con sviluppo di villi coriali
idropici
• se tutti i cromosomi sono ereditati dalla mamma, si forma un tetratoma ovarico, con differenziazione nei tessuti tipici dell’adulto che
sono però disorganizzati
J
Si parla di ‘disomia’, con presenza delle 2 copie alleliche di un cromosoma, ma derivanti da un solo genitore —> UPD (disomia
uniparentale): cariotipo normale, che qualche volta può dare un fenotipo patologico, ma non sempre (dipende dall’origine e spesso con
fenotipi opposti).
Si può avere anche delezione di regioni cromosomiche e cambia il fenotipo in base che sia su un cromosoma materno o paterno.
Inoltre, alcune malattie autosomiche dominanti si manifestano solo quando sono ereditate da uno dei due genitori.
Però, per fortuna sono poche le malattie dovute all’imprinting, perché colpisce pochi geni (solitamente espressione diallelica).
Esperimenti sui topi: sono state create delle mappe genomiche per analizzare i geni soggetti ad imprinting; in realtà l’imprinting
coinvolge un numero limitato di geni o piccole regioni cromosomiche, spesso vicine a regioni dialleliche. In molti cromosomi l’UPD non
dà fenotipo, ma in altri si; il fenotipo può essere complementare (a seconda del genitore che dà il cromosoma) o opposto (spesso ha a
che fare con la crescita dell’embrione).
Ad oggi sono noti più di 100 geni soggetti ad imprinting nel topo, che vanno a controllare processi come la crescita o lo sviluppo neuro-
comportamentale (fenotipi molto complessi).
H
Si capisce che c’è un fenomeno di imprinting quando si osserva un fenotipo.
Imprinting e UPD
inprinting
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  • Imprinting : processo fisiologico che serve a regolare l’espressione genica, a livello epigenetico (non dipende dalla sequenza del DNA). L’espressione genica può essere regolata: - a livello trascrizionale (RNA polimerasi, promotore, fattori di trascrizione…)
    • a livello post-trascrizionale (processamento dell’RNA, trasporto, stabilità, traduzione…)
    • a livello epigenetico (metilazione, conformazione della cromatina…) H
  • Epigenetica : cambiamenti ereditabili, non dipendenti dalla sequenza del DNA. Può avvenire secondo diversi meccanismi, come la metilazione del DNA (mantiene la repressione della trascrizione); importante anche la struttura cromatinica, con i TADs. La metilazione ha effetto inibitorio e colpisce le citosine delle regioni ‘island’, ed è coinvolta nell’espressione monoallelica (solo uno dei due alleli è espresso). Quando è monoallellica si chiama ‘imprinting’, e consiste nel silenziamento dell’allele materno o paterno. H Le femmine sono un mosaico funzionale perchè un X è quasi tutto inattivato, tramite metilazione; i geni autosomici, invece, sono biallellici e vengono espressi entrambi gli alleli (sia materno che paterno). In realtà ci sono vari esempi di geni diallelici con espressione di solo uno dei due geni (fisiologicamente, non a causa di mutazioni) - esclusione allelica - funzionalmente emizigoti: solo uno è espresso. Nell’organismo, si distinguono due meccanismi di silenziamento:
  • espressione indipendente dall’origine parentale ( casuale ). es. espressione dell’X o riarrangiamento genico delle Ig
  • espressione che dipende dall’origine parentale ( imprinting ): marcato in funzione dell’origine materna o paterna. Sono espressi o meno a seconda che siano ereditati dalla madre o dal padre (solo una parte di geni è coinvolta in questo processo). Diversamente dai geni mendeliani, alcuni caratteri autosomici dominanti, che colpiscono entrambi i sessi, possono essere trasmessi da entrambi i sessi, ma spesso si manifestano solo se ereditati da madre o padre —> malattie determinate dall’imprinting. I due alleli materno e paterno non sono uguali, ma hanno differenze epigenetiche:
  • diverso grado di metilazione del DNA: lo spermatozoo ha un genoma molto più metilato dell’ovocita, che è invece in alta espressione
  • diverso pattern di metilazione in sequenze/loci specifici: molto metilato in quello materno e non in quello paterno, o viceversa. Ci sono, quindi, delle diffferenze di espressione tra l’allele materno e quello paterno. L’imprinting genomico/parentale è un processo epigenetico, nel quale l’espressione di un gene dipende dal genitore dal quale è trasmesso il gene. Il pattern monoallelico può essere trasmesso alle cellule figlie (fenomeno epigenetico, non genetico - non dipende dalla sequenza del DNA). I geni imprintati non seguono le regole di ereditarietà mendeliane, nelle quali negli eterozigoti entrambi gli alleli sono espressi in modo equo —> un allele è silenziato, a seconda che dell’origine parentale. Osservazioni In esperimenti murini si è visto che i genomi materno e paterno non sono uguali e che: non è possibile vivere con il solo genoma di uno dei due genitori ( genoma uniparentale ) - cambia il fenotipo se tutti i cromosomi sono dal papà (si potenzia lo sviluppo delle strutture extraembrionali) o dalla mamma (contrario del papà) —> fenotipi opposti. H Nell’uomo si è osservato che:
  • se tutti i cromosomi sono ereditati dal papà, si ha una mole idatifrome (manca la struttura dell’embrione), con sviluppo di villi coriali idropici
  • se tutti i cromosomi sono ereditati dalla mamma, si forma un tetratoma ovarico, con differenziazione nei tessuti tipici dell’adulto che sono però disorganizzati J Si parla di ‘disomia’, con presenza delle 2 copie alleliche di un cromosoma, ma derivanti da un solo genitore —> UPD ( disomia uniparentale ): cariotipo normale, che qualche volta può dare un fenotipo patologico, ma non sempre (dipende dall’origine e spesso con fenotipi opposti). Si può avere anche delezione di regioni cromosomiche e cambia il fenotipo in base che sia su un cromosoma materno o paterno. Inoltre, alcune malattie autosomiche dominanti si manifestano solo quando sono ereditate da uno dei due genitori. Però, per fortuna sono poche le malattie dovute all’imprinting, perché colpisce pochi geni (solitamente espressione diallelica). Esperimenti sui topi: sono state create delle mappe genomiche per analizzare i geni soggetti ad imprinting; in realtà l’imprinting coinvolge un numero limitato di geni o piccole regioni cromosomiche, spesso vicine a regioni dialleliche. In molti cromosomi l’UPD non dà fenotipo, ma in altri si; il fenotipo può essere complementare (a seconda del genitore che dà il cromosoma) o opposto (spesso ha a che fare con la crescita dell’embrione). Ad oggi sono noti più di 100 geni soggetti ad imprinting nel topo, che vanno a controllare processi come la crescita o lo sviluppo neuro- comportamentale (fenotipi molto complessi). H Si capisce che c’è un fenomeno di imprinting quando si osserva un fenotipo.

Imprinting e UPD inprinting e^

ve s

Geni imprintati nell’uomo: cromosoma 6 (diabete neonatale), 7 (sindrome di Silver-Russell), 8, 11 (braccio corto: almeno 8 geni con imprinting, dà malattia della crescita), 14, 15 (braccio lungo: con almeno 20 geni imprintati, dà malattia del neurosviluppo), 19 e 20. Ci sono ulteriori livelli di complessità: in alcuni geni che danno classiche malattie mendeliane, anche l’imprinting ha un ruolo e può spiegare alcune differenze fenotipiche. —> es. gene RB1 (dà retinoblastoma embrionario), che si trova nel cromosoma 13, non è soggetto a imprinting, ma solitamente ha un’espressione prevalentemente materna, perchè c’è una regione nell’esone 2 paterno più metilata e quindi inattiva (nell’allele materno è 3 volte meno metilato e quindi espresso). —> Sindrome di Beckwith-Wiedemann: malattia AD, con crescita eccessiva dell’embrione (macrosomia), visceromegalia (organi più grandi), asimmetria del corpo (una parte è più grande dell’altra), ritardo mentale. Si manifesta solo quando il gene difettivo è ereditato dalla madre ed è una sindrome che tende a ridursi nell’adulto. Questi embrioni sono più soggetti a tumori embrionali, come al rene o al fegato —> difetto di imprinting, con diverse cause che possono far si che ci sia un’alterazione di questo processo. Spesso si vede un fenotipo, ma non si trova la causa molecolare. —> Sindrome di Silver-Russell: fenotipo opposto, con bambini molto piccoli. Per alcuni geni l’imprinting è confinato a solo certi tessuti e stadi dello sviluppo, quindi non dipende solo dall’origine parentale. —> es. gene UBE3A, gene centrale della sindrome di Angelman, solitamente è espresso solo l’allele materno nel cervello (imprinting), mentre è diallelico negli altri tessuti (ulteriore livello di complessità). Come si stabilisce l’imprinting? Il pattern di metilazione è cancellato quando c’è trasmissione al sesso opposto (madre al figlio maschio). L’imprinting viene stabilito nella fase precoce dell’embriogenesi, ma prima c’è una fase di demetilazione, in cui le cellule germinali primordiali sono demetilate per dar modo di riprogrammarsi. Sono regolati da geni RNA e l’imprinting non solo deve essere attivato, ma anche mantenuto nelle cellule figlie. Il mantenimento dell’imprinting nelle cellule figlie è regolato da diverse molecole di RNA, tra cui quelli antisenso. Caratteristiche generali delle regioni imprintate I meccanismi che regolano l’imprinting non sono ben noti, ma si è visto il coinvolgimento centrale della metilazione allelica.

  1. raramente sono geni isolati; circa l’80% dei geni noti imprintati sono raggruppati (cluster), permettendo un controllo ordinato.
  2. sono coinvolte delle regioni di controllo (ICC), che servono per controllare in loco l’imprinting del cluster. Agiscono in cis e sono riconosciute da fattori che metilano i geni in vario modo, a seconda dell’origine. All’interno di un singolo cluster di geni, geni strettamente vicini possono avere sia espressione preferenziale paterna che materna;
  3. coinvolgono RNA non codificanti; solitamente i cluster genomici imprintati contengono geni per RNA non tradotti (correlati con repressione dell’espressione di geni codificanti proteine, come nella sindrome di Beckwith-Wiedermann). Nell’assenza di allele materno, si ha ritardo mentale molto grave, senza linguaggio e con epilessia con pattern preciso e molto grave. Esempi di malattie dell’imprinting —> Sindrome di Prader-Willi: malattia rara del neurosviluppo (1a ad essere stata associata all’imprinting), determinata da perdita dell’allele paterno. Porta ipotonia neonatale (mancanza del tono muscolare), ritardo psicomotorio, ritardo mentale, obesità centrale (dai 6-7 anni) e mani/piedi piccoli. —> Sindrome di Angelman: malattia del neurosviluppo, determinata da perdita dell’allele materno. Porta a microencefalia post-natale, ritardo psicomotorio, ritardo mentale grave, assenza di parola ed epilessia, con preciso pattern. Entrambe le sindromi sono AD, che dipendono dall’origine parentale di trasmissione; sono dovute a microdelezione di DNA nella regione imprintata del cromosoma 15 H Difetti genici frequenti per queste due sindromi:
  • microdelezione de novo sulla regione del cromosoma 15 (regione sottoposta ad imprinting)
  • UPD del cromosoma 15 (materna per PWS e paterna per AS)
  • difetto di imprinting, a causa di mutazioni puntiformi, con alterazione dell’ICC (causa rara). PWS: il cromosoma paterno ha imprinting materno; AS: il cromosoma materno ha imprinting paterno
  • mutazione LOF del gene UBE3A, nel caso della AS (imprinting alterato nel cervello) —> no equivalente nella PW Microdelezioni in pazienti per la PWS e la AS ha permesso di identificare la regione di controllo dell’imprinting del cromosoma 15. L’ICC consiste di due elementi critici, che agiscono in cis per regolare l’imprinting di tutto il dominio cromosomico.

Meccanismi dell’UPD

Perché entrambi i cromosomi di un genitore finiscono nello zigote?

  • Eterodisomia uniparentale: alleli diversi dallo stesso genitore
  • Isodisomia uniparentale: alleli uguali dalla stesso genitore Uno dei meccanismi di UPD è dato dalla perdita di un cromosoma in un concepimento trisomico (rescue trisomico), per successione di 2 eventi: 1° errore in meiosi: gamete disomico (2 alleli) —> formazione di uno zigote trisomico (3 alleli), destinato spesso all’aborto 2° errore in mitosi post-zigotica: ricostituzione della disomia nello zigote (perdita anafasica del cromosoma in più - rescue ) Y L’effetto finale dipende da quale cromosoma viene perso:
  • se quello in più da un genitore, si ha uno zigote normale (salvataggio dell’embrione)
  • se perso quello in singola copia (dal gamete normale monosomico), si avrà UPD eterodisomica (omologhi ma non identici). Ci si accorge che c’è un UPD in base al fenotipo. Ci possono essere due tipi di rescue:
  • di trisomia: gamete monosomico fecondato da gamete disomico, con zigote trisomico —> rescue di trisomia, con 2 possibli situazioni (zigote normale o UPD eterodisomica - vedi sopra)
  • di monosomia: gamete nullisomico fecondato da gamete disomico (poco probabile ma possibile), con zigote che ha UPD —> complementazione gametica - eterodisomia uniparentale
  • di monosomia: di gamete nullisomico fecondato da gamete normale, con zigote monosomico (soggetto ad aborto) —> duplicazione cromosomica - isodisomia uniparentale (2 cromosomi completamente uguali). —> Nel caso in cui si trova un UPD del cromosoma 8 (non ci sono geni imprintati) in un individuo con fenotipo ignoto, è un problema? L’UPD di un cromosoma non soggetto ad imprinting non è quai mai dannosa (molto più frequente di quello che si pensa perché non dà un fenotipo rilevabile. Una situazione in cui un UPD (soprattutto isodisomico) di un cromosoma non soggetto ad imprinting, è dannoso e rilevabile, è quando ci sono mutazioni AR in un portatore sano, perché il figlio avrà i due cromosomi identici e si smaschera quindi la malattia (eterozigote sano). Ci sono situazioni in cui l’UPD è segmentale, a seguito di eventi di ricombinazione mitotica che non si dovrebbero avere. In base a come segregano, si possono, quindi, avere cellule normali/bilanciate o cellule sbilanciati. H Ci possono anche essere situazioni di UPD parziale (gameti sbilanciati), rilevabile con SNP-array. Tutte le situazioni di riarrangiamenti cromosomici strutturali, possono favorire le UPD perché perturbano l’imprinting (cromosomi 6, 7, 11, 14 e 15). Come si studiano questi pattern di metilazione? I test di metilazione sono un passaggio ulteriore alle tecniche solitamente usate per le malattie mendeliane, perché nessuno degli altri test analizza il livello di metilazione (amplificati di PCR perdono la metilazione). H 2 metodi principali:
  • uso di enzimi di restrizione metilazione - specifici , che riconoscono regioni metilate o meno (tagliano una sequenza o l’altra). Prima di amplificare in PCR, si digerisce il DNA con questi enzimi in modo da differenziare le regioni metilate da quelle non H
  • sequenziamento bisolfito , con conversione delle citosine non metilate in uracile nel ssDNA; fatta sempre prima di amplificare in PCR, si vedrà quindi una U al posto delle C non metilate e sempre una C se metilate H
  • MPLA viene utile in questo caso, nella versione metilazione-sensibile (MS-MLPA). Si può vedere se la metilazione è normale e contemporaneamente se ci sono microdelezioni. H Quando si ha un sospetto clinico, quindi, si fa un test di metilazione:
    • Se è positivo, bisogna capire perché la metilazione non è corretta. Quindi, si fa l’array-CGH, perchè il 70% di casi sono dovuti a delezioni; se è negativo, si analizzano eventuali UPD (microsatelliti) e poi in caso sequenziamento della centralina.
  • Se è negativo, nel caso di una PWS ci si ferma qui; nel caso di una AS, se si ha un forte sospetto, si sequenzia UBE3A o si sospettano altre malattie. Quando c’è una delezione, c’è sempre una duplicazione. Ci sono due malattie (contrarie alla PWS e alla AS), molto simili tra loro, che interessano il cromosoma materno o paterno, che danno fenotipo più lieve, che sono molto sottostimate perchè nessuno pensa a UPD. meccanismindell us s