COMPARACCIÓN DE SECUENCIAS
Se utiliza para determinar y cuantificar el grado de similitud que hay entre
secuencias, y nos da a conocer si existe algún tipo de relación entre ellas, por
ejemplo, si son homólogas o si el parecido es simplemente fruto de la
casualidad. Tambiénse detecta la presencia de motivos estructurales y/o
funcionales conservados y construir árboles filogenéticos que reflejen sus
relaciones evolutivas. Para ello se pueden utilizar diversos programas basados
en algoritmos heurísticos como, por ejemplo, CLUSTALW (Contreras & Inmaculada,
2017)
Gracias a la comparación de secuencias mediante alineamiento es posible
identificar la conservación y variación de patrones
a. Conservación
Se refiere a regiones con elevado grado de similitud entre las secuencias. El
grado de conservación en el alineamiento revela las relaciones evolutivas
de secuencias diferentes.
a.1 Secuencias conservadas: son secuencias biológicas similares o
idénticas que pueden encontrarse en ácidos nucleicos, proteínas o
polisacáridos, dentro de múltiples especies de organismos o dentro de
diferentes moléculas producidas por el mismo organismo. En el caso de
conservación cruzada entre especies, indica que una secuencia
particular podría haber sido mantenida por la evolución a pesar de la
especiación. (Rodríguez, 2013)
b. Variación
La variación entre secuencias refleja los cambios que han ocurrido
durante la evolución (substituciones, inserciones y eliminaciones).
(Rodríguez, 2013)
c. Homologia
Dos secuencias son homologas cuando descienden de un origen
evolucionario común. El parecido puede deberse a que ambas
secuencias descienden de un ancestro común (homología) o a que se
trata de un caso de evolución convergente (analogía). La homología es
una afirmación cualitativa, homólogas o no. (Rodríguez, 2013)
d. Similitud
La similitud de secuencias mide el porcentaje de residuos alineados que
son similares en cuanto a propiedades fisico-quimicos. Es un resultado
directo de la observación de un alineamiento de secuencias y se
cuantifica usando porcentajes. (Rodríguez, 2013)
