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Casos de estudio, Apuntes de Bioquímica

Asignatura: Estructura de Macromoléculas, Profesor: Mauricio García Mateu, Carrera: Bioquímica, Universidad: UAM

Tipo: Apuntes

2014/2015

Subido el 15/11/2015

marinaochando
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Estructura de Macromoléculas
Grado en Bioquímica, UAM, curso 2015-16
Casos de estudio a desarrollar por los estudiantes
Instrucciones:
-Los estudiantes deberán formar un equipo de cuatro personas y elegir uno de los 20
temas que se indican a continuación, antes del día 15 de noviembre de 2014. Los
cuatro miembros del equipo apuntarán sus nombres y apellidos bajo el tema elegido en
el listado que se colgará (en papel) en el aula.
-Los temas se presentarán por escrito. El último día para la entrega de los trabajos
escritos será el día del examen final. Los trabajos se entregarán en papel al profesor,
en mano. No se admitiran envíos por Internet, correo electrónico, etc. No se
calificarán trabajos entregados en fecha posterior al día del examen.
-El objetivo que tendrá cada grupo es escribir y presentar un breve "review": Un
resumen científico breve y comprensible para los compañeros, pero avanzado en
contenidos, sobre el estado general de la investigación actual en un tema
relacionado con la estructura de macromoléculas. El texto (sin contar referencias,
tablas y figuras) debe ocupar entre 5 y 8 páginas con tipo de letra Times (o Times New
Roman) tamaño 12, y espaciado de 1,5 líneas. Las referencias (mínimo 8) y las figuras o
tablas (máximo 8, entre figuras y tablas) se incluirán a continuación del texto, en orden
de citación en el texto. Cada Tabla debe incluir un título, y cada figura debe incluir un
título y leyenda.
-Para preparar cada tema, todos los miembros del equipo deberán reunirse fuera del
horario de clase (como parte de sus actividades no presenciales). El desarrollo del
tema no debe ser a nivel de una clase o capítulo de libro de texto sino a nivel más
avanzado, de investigación. Se puede recabar información general inicial sobre el
tema en libros e Internet, pero se debe obtener información más avanzada en
revisiones (sobre todo) y/o artículos publicados en revistas científicas, lo más
actualizadas que sea razonablemente posible. Se expondrá brevemente el tema de
estudio, se desarrollará la información obtenida, y se indicarán claramente las
conclusiones principales a las que se ha llegado.
-Dada su breve extensión, los estudiantes habrán de poner especial cuidado en ceñirse
mucho al tema concreto y en indicar sólo los aspectos más importantes del mismo. No
se debe repetir lo que sobre ese tema el profesor haya explicado en clase, sino que
se deberá profundizar sobre el tema. Por ejemplo, si el tema elegido es: “Evidencia
experimental que apoya la presencia in vivo y función biológica del DNA Z”, no se
deberá explicar qué es el DNA Z y cómo es su estructura (que ya se habrá explicado en
clase), sino centrarse en lo que dice el título del tema: cuales son algunos de los
experimentos que indican que la formación de DNA Z puede tener un papel biológico, y
cual es ese posible papel (o papeles).
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Estructura de Macromoléculas

Grado en Bioquímica, UAM, curso 2015- 16

Casos de estudio a desarrollar por los estudiantes

Instrucciones:

  • Los estudiantes deberán formar un equipo de cuatro personas y elegir uno de los 20 temas que se indican a continuación, antes del día 15 de noviembre de 201 4. Los cuatro miembros del equipo apuntarán sus nombres y apellidos bajo el tema elegido en el listado que se colgará (en papel) en el aula.
  • Los temas se presentarán por escrito. El último día para la entrega de los trabajos escritos será el día del examen final. Los trabajos se entregarán en papel al profesor, en mano. No se admitiran envíos por Internet, correo electrónico, etc. No se calificarán trabajos entregados en fecha posterior al día del examen.
  • El objetivo que tendrá cada grupo es escribir y presentar un breve "review": Un resumen científico breve y comprensible para los compañeros, pero avanzado en contenidos, sobre el estado general de la investigación actual en un tema relacionado con la estructura de macromoléculas. El texto (sin contar referencias, tablas y figuras) debe ocupar entre 5 y 8 páginas con tipo de letra Times (o Times New Roman) tamaño 12, y espaciado de 1,5 líneas. Las referencias (mínimo 8) y las figuras o tablas (máximo 8, entre figuras y tablas) se incluirán a continuación del texto, en orden de citación en el texto. Cada Tabla debe incluir un título, y cada figura debe incluir un título y leyenda.
  • Para preparar cada tema, todos los miembros del equipo deberán reunirse fuera del horario de clase (como parte de sus actividades no presenciales). El desarrollo del tema no debe ser a nivel de una clase o capítulo de libro de texto sino a nivel más avanzado, de investigación. Se puede recabar información general inicial sobre el tema en libros e Internet, pero se debe obtener información más avanzada en revisiones (sobre todo) y/o artículos publicados en revistas científicas , lo más actualizadas que sea razonablemente posible. Se expondrá brevemente el tema de estudio, se desarrollará la información obtenida, y se indicarán claramente las conclusiones principales a las que se ha llegado.
  • Dada su breve extensión, los estudiantes habrán de poner especial cuidado en ceñirse mucho al tema concreto y en indicar sólo los aspectos más importantes del mismo. No se debe repetir lo que sobre ese tema el profesor haya explicado en clase, sino que se deberá profundizar sobre el tema. Por ejemplo, si el tema elegido es: “Evidencia experimental que apoya la presencia in vivo y función biológica del DNA Z”, no se deberá explicar qué es el DNA Z y cómo es su estructura (que ya se habrá explicado en clase), sino centrarse en lo que dice el título del tema: cuales son algunos de los experimentos que indican que la formación de DNA Z puede tener un papel biológico, y cual es ese posible papel (o papeles).

Temas ofertados:

1 - Microscopía de fuerzas atómicas ultra-rápida: ejemplos de su utilización para el estudio de la dinámica y funcionamiento de proteínas y complejos moleculares. 2 - Métodos computacionales para predecir interacciones proteína-ligando. Casos recientes de aplicación de estos métodos para el diseño de nuevos fármacos. 3 - La teoría neutralista de la evolución molecular: qué es; qué evidencia experimental la apoya o la contradice, y cómo se complementa con otras ideas sobre la evolución molecular. Relevancia para el estudio de las proteínas. 4 - Estabilización de proteínas mediante modificaciones de su secuencia y estructura: Ejemplos recientes con posibles aplicaciones en biotecnología. 5 - El método de los valores phi para la determinación de la estructura del estado de transición en la reacción de plegamiento de una proteína. 6 - Evidencia experimental que apoya el modelo teórico del embudo de plegamiento. 7 - Proteínas intrínsecamente desplegadas: qué son y como funcionan; ejemplos. 8 - "Downhill folding": Concepto y evidencia experimental. 9 - Enfermedades amiloides debidas a defectos de plegamiento. Ejemplos y bases estructurales. 10 - Los mejores métodos de predicción de estructura secundaria: cuales son, en qué están basados y qué grado de fiabilidad ofrecen. 11 - Resultados más importantes sobre predicción de la estructura tridimensional de una proteína, obtenidos en alguno de los últimos concursos CASP. 12 - Dinámica conformacional de proteínas analizada mediante espectroscopía de resonancia magnética nuclear, con mención a algunos ejemplos recientes. 13 - Dinámica conformacional de proteínas mediante modelado por dinámica molecular, con mención a algunos ejemplos recientes. 14 - Diseño de proteínas "de novo": ejemplos recientes 15 - Evidencia experimental que apoya la presencia in vivo y función biológica del DNA Z. 16 - Evidencia experimental que apoya la presencia in vivo y función biológica del DNA G.