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CAPÍTULO 4. FUENTES DE DATOS EN ANTROPOGENÉTICA
- Bases de datos del NCBI
- Bases de datos de frecuencias y secuencias
- Otros datos
Bases de datos del NCBI Una parte muy importante de la información sobre diferentes aspectos del genoma humano que es interesante en Antropogenética, se encuentra en la página del NCBI (National Center for Biotechnology Information), (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/).
Entre los recursos más útiles se encuentran las bases de datos bibliográficas, especialmente en la opción PubMed.
PubMed permite realizar búsquedas exhaustivas de bibliografía en revistas con índice de impacto. Si el manuscrito es accesible, aparece un enlace a la revista.
En esta base de datos se encuentra la secuencia completa del genoma humano, junto al de otras especies. Puede buscarse la ubicación de una secuencia determinada con la opción Nucleotide
Online Mendelian Inheritance in Man ( OMIM ) es una base de datos con información exahustiva sobre todas las enfermedades conocidas con un origen genético.
ClinVar permite encontrar información acerca de las enfermedades asociadas con un gen o un marcador genético.
En la base de datos de Genotipos y Fenotipos ( dbGaP ) podemos encontrar genes, SNPs asociados y trabajos con resultados significativos para un gran número de caracteres, patológicos o no.
En dbVar hay información sobre inserciones Alu y otros elementos de variación estructural del genoma. Hay también información sobre genes, sondas para microarrays, proteínas, etc.
Bases de datos de frecuencias y secuencias 1000 genomes (http://www.1000genomes.org/). La base de datos 1000 genomas incluye la secuencia completa de todos los SNPs de más de 1000 individuos de diferentes continentes. Permite obtener, entre otros recursos, los genotipos individuales de uno o varios SNPs o bien sus frecuencias poblacionales.
¿Cómo obtener y analizar datos de 1000 Genomes? Práctica O
ALFRED , ALlele FREquency Database (http://alfred.med.yale.edu/alfred/) Incluye frecuencias alélicas de genes, SNPs, inserciones Alu, STRs, etc. para un gran número de poblaciones
ALLST*R
Pueden encontrarse en esta base de datos frecuencias alélicas para un gran número de microsatélites en un gran número de poblaciones.
MITOMAP A human mitochondrial genome database (http://www.mitomap.org/) Base de datos sobre el ADNmt. Incluye la secuencia consenso, mutaciones específicas de continentes, frecuencias por subcontinentes, referencias y enlaces a la base de datos de las secuencias completas individuales del NCBI.
Pueden conseguirse secuencias individuales completas de ADNmt a través del NCBI
Frecuencias HLA. (http://www.allelefrequencies.net/) Frecuencias alélicas y haplotípicas de genes HLA
A menudo es posible encontrar bases de datos muy interesantes en las páginas de las revistas, como material suplementario de los artículos publicados, o en las páginas de los propios autores. Reich Laboratory – Datasets (https://reich.hms.harvard.edu/datasets)
Otros datos También existe un número importante de páginas con información sobre grupos étnicos, idiomas y otros aspectos interesantes de poblaciones de todo el mundo.
Wikipedia. Lista de grupos étnicos. http://en.wikipedia.org/wiki/Lists_of_ethnic_groups
