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habla sobre la ingieneria aplicada en bacterias al avanzon de la medicina
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Certas espécies são naturalmente capazes de assumir o DNA exógeno (tais espécies são consideradas competentes), incluindo Haemophilus influenzae, Streptococcus pneumoniae, Bacillus spp. e Neisseria spp. Essa competência se desenvolve até o final da fase de crescimento logarítmico. E. coli e a maioria das outras bactérias carecem de uma capacidade natural para a incorporação de DNA, e essa competência deve ser induzida por métodos químicos ou eletroporação (uso de pulsos de alta tensão) para facilitar a absorção de plasmídeos e outras moléculas de DNA.
A conjugação resulta na transferência em um único sentido de DNA a partir de uma célula doadora (ou macho) a uma receptora (ou fêmea), através do pili sexual. Conjugação ocorre com a maioria, se não todas as eubactérias, geralmente entre os membros da mesma espécie ou de espécies relacionadas, mas também foi demonstrado que pode ocorrer entre procariontes e células de plantas, animais e fungos. O tipo de mating (sexo) da célula depende da presença (macho) ou ausência (fêmea) de um plasmídeo conjugativo, tal como o plasmídeo F de E. coli. O plasmídeo F é definido como conjugativo porque transporta todos os genes necessários para a sua própria transferência, incluindo a capacidade de fazer pili sexuais e iniciar a síntese de DNA na origem de transferência (oriT) do plasmídeo. O pilus sexual é um dispositivo de secreção do tipo IV especializado. Após a transferência do plasmídeo F, os receptores se tornam células‑macho F+. Se um fragmento de DNA cromossômico foi incorporado no plasmídeo, ele é denominado plasmídeo prime F (F’). Quando ele é transferido para a célula receptora, ele carrega esse fragmento consigo e converte a mesma em uma célula‑macho F’. Se a sequência do plasmídeo F é integrada no cromossomo bacteriano, a célula é denominada célula Hfr (recombinação de alta frequência). O DNA que é transferido por conjugação não é uma dupla‑hélice, mas uma molécula de cadeia simples. Sua mobilização começa quando uma proteína codificada por plasmídeos faz uma clivagem ponto‑específica de cadeia simples na oriT. O corte (nick) inicia a replicação ao longo do anel, e a cadeia linear obtida é direcionada para a célula receptora. O DNA de fita simples transferido é recircularizado e sua fita complementar é sintetizada. A conjugação resulta na transferência de uma parte da sequência do plasmídeo e uma porção do DNA cromossômico bacteriano. Devido à fragilidade da conexão entre as duas células, a transferência é geralmente interrompida antes de ser completada de tal modo que apenas as sequências cromossômicas adjacentes ao F integrado são transferidas. A interrupção artificial da relação entre um par Hfr e F‑^ tem sido útil na construção de um mapa consistente do DNA cromossômico de E. coli. Em tais mapas, a posição de cada gene é indicada em minutos (com base no valor de 100 minutos para a transferência completa, a 37°C), de acordo com o seu tempo de entrada numa célula receptora, em relação a uma origem fixa.
A transferência genética por transdução é mediada por vírus bacterianos (bacteriófagos), que captam fragmentos de DNA e empacotam‑nos em partículas de bacteriófagos. O DNA é entregue a células infectadas e é incorporado nos genomas bacterianos. A transdução pode ser classificada como especializada, se os fagos em questão transferem genes específicos (geralmente aqueles adjacentes aos seus locais de integração no genoma), ou generalizada, se a incorporação de sequências de DNA é aleatória devido ao empacotamento acidental do DNA do hospedeiro no capsídeo do fago. Por exemplo, uma nuclease do fago P1 degrada o DNA cromossômico da E. coli hospedeira, e alguns dos fragmentos do seu DNA são empacotados em partículas de fago. O DNA encapsulado, em vez do DNA do fago, é injetado uma nova célula hospedeira, onde pode recombinar‑se com o DNA homólogo do hospedeiro. Partículas de transdução generalizada são valiosas no mapeamento genético dos cromossomos bacterianos. Os dois genes mais próximos no cromossomo bacteriano serão, muito provavelmente, cotransduzidos no mesmo fragmento de DNA.
Recombinação
A incorporação de DNA extracromossômico (estrangeiro) no cromossomo ocorre por recombinação. Existem dois tipos de recombinação: homóloga e não homóloga. A recombinação homóloga (legítima) ocorre entre sequências de DNA estreitamente relacionadas e geralmente substitui uma sequência por outra. O processo requer um conjunto de enzimas produzidas (em E. coli) pelos genes rec. A recombinação não homóloga (ilegítima) ocorre entre sequências distintas de DNA e, geralmente, produz inserções ou deleções, ou ambas. Este processo geralmente requer enzimas de recombinação especializadas (por vezes ponto‑específicas), tais como as produzidas por muitos transpósons e bacteriófagos lisogênicos.
A engenharia genética, também conhecida como tecnologia do DNA recombinante, utiliza as técnicas e ferramentas desenvolvidas pelos geneticistas bacterianos para purificar, amplificar, modificar e expressar sequências de genes específicos. O uso da engenharia genética e da “clonagem” revolucionou a biologia e medicina. Os componentes básicos de engenharia genética são (1) vetores de expressão e clonagem, que podem ser usados para inserir sequências de DNA em bactérias receptivas e amplificar a sequência desejada; (2) a sequência de DNA a ser amplificada e expressa; (3) enzimas, como enzimas de restrição, que são utilizadas para clivar o DNA de forma reprodutível em sequências definidas (Tabela 13‑1); e (4) a DNA ligase, a enzima que liga o fragmento do vetor de clonagem.
Tabela 13 1 Enzimas de Restrição de Uso Comum na Biologia Molecular
Micro‑organismo Enzima Ponto de Reconhecimento Acinetobacter calcoaceticus Acc I
Bacillus amyloliquefaciens H Bam HI
Escherichia coli RY13 Eco RI
Haemophilus influenzae Rd Hind III
H. influenzae sorotipo c, 1160 Hinc II
Providencia stuartii 164 Pst I
Serratia marcescens Sma I
Staphylococcus aureus 3A Sau 3AI
Xanthomonas malvacearum Xma I
Vetores de expressão e clonagem devem permitir que o DNA estranho seja inserido dentro deles, mas ainda devem de ser capazes de se replicar normalmente em um hospedeiro bacteriano ou eucariótico. Muitos tipos de vetores são utilizados atualmente. Os vetores plasmidiais, tais como pUC, pBR322 e pGEM (Fig. 13‑14), são utilizados para os fragmentos de DNA de até 20 kb. Bacteriófagos, tais como lambda, são utilizados para os fragmentos de maiores dimensões até 25 kb, e os vetores cosmídeos combinam algumas das vantagens de plasmídeos e fagos para fragmentos de até 45 kb.
um substrato cromofórico que se torna azul em células contendo um plasmídeo, mas não uma inserção; as células contendo um plasmídeo com inserção permanecem brancas.
A maioria dos vetores de clonagem foi “concebida” para ter um ponto para a inserção de DNA estranho, um meio de seleção de bactérias que incorporaram qualquer plasmídeo (p.ex., resistência a antibióticos), e um meio de distinguir as bactérias que incorporaram os plasmídeos que contêm o DNA inserido. Os vetores de expressão têm sequências de DNA para facilitar a sua replicação em bactérias e células eucarióticas e também a transcrição do gene em RNAm. O DNA a ser clonado pode ser obtido por purificação de DNA cromossômico a partir de células, vírus ou outros plasmídeos, ou por amplificação seletiva das sequências de DNA através de uma técnica conhecida como a reação em cadeia da polimerase (PCR) (PCR é mais bem explicada no Cap. 5). Tanto o vetor quanto o DNA estranho são clivados com enzimas de restrição (Fig. 13‑14). As enzimas de restrição reconhecem uma sequência palindrômica específica e fazem um corte escalonado, o que gera extremidades aderentes (sticky), ou um corte brusco, o que gera pontas contundentes (Tabela 13‑1). A maioria dos vetores de clonagem tem uma sequência chamada ponto de múltipla clonagem, que pode ser clivada por várias enzimas de restrição. A ligação do vetor com os fragmentos de DNA gera uma molécula denominada DNA recombinante, que é capaz de replicar as sequências inseridas. O número total de vetores recombinantes obtidos quando todos os fragmentos que resultam da clivagem do DNA cromossômico são clonados é conhecido como uma biblioteca genômica, porque deve haver pelo menos um representante de cada um dos genes na biblioteca. Uma abordagem alternativa à clonagem do gene para uma proteína é a utilização de uma enzima retroviral chamada transcriptase reversa (DNA polimerase RNA‑dependente) para converter o RNAm na célula em um DNA complementar (DNAc). Uma biblioteca de DNAc representa os genes que são expressos como RNAm em uma célula definida. O DNA recombinante é então transformado em um hospedeiro bacteriano, geralmente E. coli, e as bactérias que contêm o plasmídeo são selecionadas por resistência a antibióticos (p.ex., resistência à ampicilina). A biblioteca pode ser triada para encontrar um clone de E. coli que possui o fragmento de DNA desejado. Várias técnicas de triagem podem ser utilizadas para identificar as bactérias que contêm o DNA recombinante apropriado. O local de clonagem múltipla utilizado para inserir o DNA estranho é muitas vezes parte do gene lacZ do óperon lac. A inserção do DNA estranho no gene lacZ inativa o gene (agindo quase como um transpóson) e impede a síntese plasmídeo‑dirigida de β‑galactosidase na célula receptora, o que resulta em colônias bacterianas brancas em vez de colônias azuis, se a β‑galactosidase fosse produzida e capaz de clivar um cromóforo adequado. A engenharia genética tem sido usada para isolar e expressar genes para proteínas úteis, tais como insulina, interferon, hormônio do crescimento e interleucinas em bactérias, leveduras, ou mesmo células de insetos. Da mesma maneira, grandes quantidades de antígenos imunogênicos puros para uma vacina podem ser preparadas sem a necessidade de trabalhar com os organismos intactos da doença. A vacina contra o vírus da hepatite B representa a primeira utilização com sucesso da tecnologia de DNA recombinante para fazer uma vacina aprovada para utilização humana pelo U.S. Food and Drug Administration. O antígeno de superfície da hepatite B é produzido pela levedura Saccharomyces cerevisiae. Alternativamente, o DNA de plasmídeo capaz de promover a expressão do imunogênio desejado (vacina de DNA) pode ser injetado em um indivíduo para permitir às células hospedeiras expressarem o imunogênio e gerarem uma resposta imunitária. A tecnologia do DNA recombinante também se tornou essencial para diagnóstico laboratorial, ciência forense, agricultura e muitas outras disciplinas.
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