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Rmarkdown guía de Rstudio, Apuntes de Programación Informática

Guía de Rstudio para crear un cuaderno virtual

Tipo: Apuntes

2023/2024

Subido el 19/07/2024

Mifer
Mifer 🇪🇨

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R Markdown referencia
lee mas en rmarkdown.rstudio.com
rmarkdown 0.2.50 Actualizado: 8/14
RStudio® es una marca registrada de RStudio, Inc. • CC BY RStudio • [email protected] • 844-448-1212 • rstudio.com
2. Abre archivo Empieza guardando un archivo de text con la extensión
.Rmd o abre RStudio.
En el menu haz clic en:
File New File R Markdown…
Una ventana abre donde puedes
seleccionar el tipo de formato que
quieres tener como resultado de tu
archivo .Rmd.
Selecciona el tipo de formato que
quieres como salida con los botones
(puedes cambiarlo después)
Haz clic en OK
i. Abre - Abre un archivo
con extensión .Rmd.
ii. Escribe - Escribe contenido
con la sintaxis R Markdown. iii. Incluye - Incluye código R
para crear salidas en el informe
iv. Genera - Reemplaza el código R con sus salidas y
transforma el informe a una presentación, PDF, HTML o Word.
Un informe.
Una figura:
```{r}
hist(co2)
```
Reveal.js
ioslides, Beamer
Microsoft
Word
.Rmd
Un informe
Una figura:
```{r}
hist(co2)
```
Un informe.
Una figura:
```{r}
hist(co2)
```
Un informe.
Una grafica:
==
3. Markdown Ahora, escribe tu informe en texto plano. usa la sintaxis de
markdown para describir el formato de tu texto en el informe final.
Texto plano
Termina linea con dos espacios para nuevo párrafo.
*cursivo* y _cursivo_
**negrita** y __negrita__
superíndice^2^
~~tachado~~
[eslabón](www.rstudio.com)
# Encabezado 1
## Encabezado 2
### Encabezado 3
#### Encabezado 4
##### Encabezado 5
###### Encabezado 6
raya em: --
raya em: ---
elipsis: ...
ecuación en línea: $A = \pi*r^{2}$
imagen: ![](camino/a/smallorb.png)
regla horizontal (o nueva diapositiva):
***
> cita en bloque
* lista sin orden
* elemento 2
+ sub-elemento 1
+ sub-elemento 2
1. lista ordenada
2. elemento 2
+ sub-elemento 1
+ sub-elemento 2
Encabezado Tabla | Segundo Encabezado
----------------- | -------------------
Celda de tabla | Celda 2
Celda 3 | Celda 4
sintaxis resulta en
4. Escoge salida Escribe un encabezado en YAML que explica que tipo
de documento quieres construir con tu archivo R Markdown.
Un encabezado YAML es un conjunto
de pares llave:valor al comienzo de
tu archivo. Comienza y termina el
encabezado con tres rayas (- - -)
El valor de salido determina que tipo de archivo R construirá con base en tu archivo .RmD (en Paso 6)
YAML
---
title: “Sin título"
author: "Anónimo"
output: html_document
---
Este es el comienzo de mi
informe. Arriba están los
metadatos en un encabezado YAML.
El generador de
planillas de RStudio
te genera el
encabezado YAML
output: html_document archivo html (página web)
archivo pdf
Microsoft Word .docx
presentación beamer (pdf)
presentación ioslides (html)
output: pdf_document
output: word_document
output: beamer_presentation
output: ioslides_presentation
Hoja de
Referencia
Traducido por Frans van Dunné • innovateonline.nl
1. Flujo de trabajo R Markdown para escribir informes reproducibles y dinámicos con R. Usalo para
incluir código R y resultados en presentaciones, documentos pdf, html, Word y mas. Para crear un informe:
pf2

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R Markdown referencia

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rmarkdown 0.2.50 Actualizado: 8/

RStudio® es una marca registrada de RStudio, Inc. • CC BY RStudio • [email protected] • 844-448-1212 • rstudio.com

2. Abre archivo Empieza guardando un archivo de text con la extensión

.Rmd o abre RStudio.

  • En el menu haz clic en:

File ▶ New File ▶ R Markdown…

  • Una ventana abre donde puedes

seleccionar el tipo de formato que

quieres tener como resultado de tu

archivo .Rmd.

  • Selecciona el tipo de formato que

quieres como salida con los botones

(puedes cambiarlo después)

  • Haz clic en^ OK

i. Abre - Abre un archivo

con extensión .Rmd.

ii. Escribe - Escribe contenido

con la sintaxis R Markdown.

iii. Incluye - Incluye código R

para crear salidas en el informe

iv. Genera - Reemplaza el código R con sus salidas y

transforma el informe a una presentación, PDF, HTML o Word.

Un informe. Una figura:

hist(co2) ``` (^) ioslides, BeamerReveal.js Microsoft Word **.Rmd Un informe Una figura:** ```{r} hist(co2) 

Un informe. Una figura: **```{r} hist(co2)

Un informe. Una grafica: ## 3. Markdown Ahora, escribe tu informe en texto plano. usa la sintaxis de ## markdown para describir el formato de tu texto en el informe final. #### Texto plano #### Termina linea con dos espacios para nuevo párrafo. #### *cursivo* y _cursivo_ #### **negrita** y __negrita__ #### superíndice^2^ #### ~~tachado~~ #### [eslabón](www.rstudio.com) #### # Encabezado 1 #### ## Encabezado 2 #### ### Encabezado 3 #### #### Encabezado 4 #### ##### Encabezado 5 #### ###### Encabezado 6 #### raya em: -- #### raya em: --- #### elipsis: ... #### ecuación en línea: $A = \pi*r^{2}$ #### imagen: ![](camino/a/smallorb.png) #### regla horizontal (o nueva diapositiva): #### > cita en bloque #### * lista sin orden #### * elemento 2 #### + sub-elemento 1 #### + sub-elemento 2 #### 1. lista ordenada #### 2. elemento 2 #### + sub-elemento 1 #### + sub-elemento 2 #### Encabezado Tabla | Segundo Encabezado #### Celda de tabla | Celda 2 #### Celda 3 | Celda 4 sintaxis resulta en ## 4. Escoge salida Escribe un encabezado en YAML que explica que tipo ## de documento quieres construir con tu archivo R Markdown. ### Un encabezado YAML es un conjunto ### de pares llave:valor al comienzo de ### tu archivo. Comienza y termina el ### encabezado con tres rayas (- - -) ### El valor de salido determina que tipo de archivo R construirá con base en tu archivo .RmD (en Paso 6) YAML **title: “Sin título" author: "Anónimo" output: html_document ---** Este es el comienzo de mi informe. Arriba están los metadatos en un encabezado YAML. El generador de planillas de RStudio te genera el encabezado YAML ## output: html_document archivo html (página web) ## archivo pdf ## Microsoft Word .docx ## presentación beamer (pdf) presentación ioslides (html) ## output: pdf_document ## output: word_document ## output: beamer_presentation ## output: ioslides_presentation ## Hoja de ## Referencia Traducido por Frans van Dunné • innovateonline.nl ## 1. Flujo de trabajo R Markdown para escribir informes reproducibles y dinámicos con R. Usalo para incluir código R y resultados en presentaciones, documentos pdf, html, Word y mas. Para crear un informe: zzzz **Rpubs.com** comparte documentos no- interactivos en el sitio de publicación markdown de RStudio. Sin costo. **www.rpubs.com** **8. Publica** Comparte tu informe en línea (^) **9. Aprende mas** ## Documentación y ejemplos - rmarkdown.rstudio.com ## Más artículos - shiny.rstudio.com/articles ## ! - blog.rstudio.com ## " - @rstudio RStudio® and Shiny™ are trademarks of RStudio, Inc. CC BY RStudio [email protected] 844-448-1212 rstudio.com ### Haz clic en el botón "Publish" en la ### ventana de prevista RStudio para publicar ### directamente a rpubs.com con un solo clic. **5. Incluye código** Usa sintaxis de knitr para incluir código R en tu informe. ## R correrá el código e incluirá los resultados cuando generas el documento. **6. Genera** usa to archivo .Rmd como plantilla para generar un informe terminado. **7. Documentos interactivos** Convierte tu informe en un documento ## interactivo Shiny en 3 pasos ## Genera tu informe en dos maneras ## 1. Corre rmarkdown::render(“<camino/a/ ## archivo>”) ## 2. Haz clic en el botón knit HTML en la parte ## de arriba de la ventana de RStudio scripts ## Cuando generas un informe, R - ejecutará cada trozo de código incrustado en el documento e incluirá los resultados - construirá una nueva version de tu informe en el formato que haz indicado - abre una prevista del archivo de salida en la ventana viewer - guarda el archivo de salida en tu carpeta de trabajo ***** Nota: tu informe será un app de Shiny, esto significa que tienes que seleccionar un formato de salida html, como **html_document** (para informe interactivo) o **ioslides_presentation** (para presentación interactiva). ## Añade ## runtime: shiny a ## encabezado YAML ## En los trozos de código, añade ## funciones de Shiny input para ## incrustar widgets. Añade funciones ## Shiny render para salidas reactivas ## Render with ## rmarkdown::run or ## click Run Document ## in RStudio title: “Gráfico lineal" output: html_document **runtime: shiny** --- **Choose a time series: ```{r echo = FALSE} selectInput("data", "", c("co2", "lh")) 

See a plot:

renderPlot({ d <- get(input$data) plot(d) }) ```** title: “Gráfico lineal" output: html_document runtime: shiny --- Escoge serie de tiempo: ```{r echo = FALSE} **selectInput("datos", "", c("co2", "lh"))** 

Observa la figura:

**renderPlot({ d <- get(input$datos) plot(d) })** 

1 2 3

Para mas detalles mira en yihui.name/knitr/

ShinyApps.io Aloja un documento interactivo en el servidor de RStudio. Opciones gratis y pagas. www.shinyapps.io código incrustado pedazos de código

Surround code with back ticks and r.

R replaces inline code with its results.

comienza un trozo (chunk) con ```{r}.

Termina un trozo con ```

opciones para mostrar

Usa las opciones de knitr para cambiar el formato de un trozo.

Pon las opciones entre llaves encima del trozo correspondiente.

Aqui hay código

```{r eval=FALSE}

dim(iris)

```

Aqui hay código

```{r echo=FALSE}

dim(iris)

```

eval (^) TRUE Indica si se va a evaluar el código e incluir los resultados echo TRUE Indica si se muestra el código a la par de los resultados warning (^) TRUE Indica si se muestran advertencias error (^) FALSE Indica si se muestran errores message TRUE Indica si se muestran mensajes tidy FALSE Indica si se muestra código de forma organizada results "markup" Opciones: "markup", "asis", "hold", o "hide" cache (^) FALSE Indica si se guardan resultados en cache comment (^) "##" Carácter de comentario para anteponer a resultados fig.width 7 Ancho en pulgadas para figuras generadas en el trozo fig.height 7 Alto en pulgadas para figuras generadas en el trozo opción (^) defecto efecto Traducido por Frans van Dunné • innovateonline.nl

Dos mas dos

equivale `r 2 +

2`.

Aqui hay código

```{r}

dim(iris)

```