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BANCHE DATI, Appunti di Biologia

Sono appunti del liceo scientifico

Tipologia: Appunti

2012/2013

Caricato il 18/02/2013

rita28
rita28 🇮🇹

4.6

(5)

20 documenti

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BANCHE DATI
In queste attività impareremo a esplorare il genoma umano utilizzando le
informazioni contenute in alcune delle banche dati biomediche disponibili on
line.
Scopriremo le corrispondenze esistenti fra i cromosomi umani e quelli di altre
specie animali e impareremo a trovare un gene all’interno del genoma e a
scoprirne la struttura e la funzione nonché le malattie associate al suo
malfunzionamento. È da segnalare che le banche dati bioinformatiche sono
tutte in inglese.
Il sito da cui partiremo per la nostra navigazione tra i genomi di specie diverse
è www.ensembl.org
Ensembl (un gioco di parole fra ensemble cioè «insieme» e EMBL la sigla
del European Molecolar Biology Laboratory) è un progetto sviluppato in
collaborazione tra Sanger Center (uno dei più importanti centri di ricerca sul
genoma a Cambridge) e EMBL-EBI (European Bioinformatics Institute) per
sviluppare un sistema software di annotazione automatica dei genomi animali.
Con il termine annotazione si intende l’inserimento di tutte le informazioni
riguardanti la funzione di una determinata sequenza
PER INIZIARE
Effettuate un collegamento a internet e aprite un browser di navigazione (per esempio
Internet Explorer o Firefox).
Visitate il sito all’indirizzo http://www.ensembl.
org/
Nella Home Page si possono osservare link ai genomi di diverse specie animali.
Attualmente sono note le sequenze di molte più specie rispetto a quelle qui elencate,
sia di organismi procarioti che eucarioti; Ensembl tuttavia prende in considerazione
soprattutto le sequenze degli organismi del regno animale.
QUI DI SEGUITO VENGONO PRESENTATE LE SCHERMATE SUCCESSIVE
CHE VI TROVERETE AD APRIRE NELL’ANALISI DEL CARIOTIPO UMANO.
DOPO EFFETTUATE LA MEDESIMA OPERAZIONE SUGLI ALTRI CARIOTIPI
DELL’ESERCIZIO (SECONDA ESERCITAZIONE DI BIOINFORMATICA)
FORNITE LE RISPOSTE RICHIESTE.
1- CLICCARE SU HUMAN PER ACCEDERE AL GENOMA UMANO
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BANCHE DATI

  • In queste attività impareremo a esplorare il genoma umano utilizzando le informazioni contenute in alcune delle banche dati biomediche disponibili on line.
  • Scopriremo le corrispondenze esistenti fra i cromosomi umani e quelli di altre specie animali e impareremo a trovare un gene all’interno del genoma e a scoprirne la struttura e la funzione nonché le malattie associate al suo malfunzionamento. È da segnalare che le banche dati bioinformatiche sono tutte in inglese.
  • Il sito da cui partiremo per la nostra navigazione tra i genomi di specie diverse è www.ensembl.org
  • Ensembl (un gioco di parole fra ensemble cioè «insieme» e EMBL la sigla del European Molecolar Biology Laboratory) è un progetto sviluppato in collaborazione tra Sanger Center (uno dei più importanti centri di ricerca sul genoma a Cambridge) e EMBL-EBI (European Bioinformatics Institute) per sviluppare un sistema software di annotazione automatica dei genomi animali.
  • Con il termine annotazione si intende l’inserimento di tutte le informazioni riguardanti la funzione di una determinata sequenza

PER INIZIARE

Effettuate un collegamento a internet e aprite un browser di navigazione (per esempio Internet Explorer o Firefox ). Visitate il sito all’indirizzo http://www.ensembl. org/ Nella Home Page si possono osservare link ai genomi di diverse specie animali. Attualmente sono note le sequenze di molte più specie rispetto a quelle qui elencate, sia di organismi procarioti che eucarioti; Ensembl tuttavia prende in considerazione soprattutto le sequenze degli organismi del regno animale.

QUI DI SEGUITO VENGONO PRESENTATE LE SCHERMATE SUCCESSIVE

CHE VI TROVERETE AD APRIRE NELL’ANALISI DEL CARIOTIPO UMANO.

DOPO EFFETTUATE LA MEDESIMA OPERAZIONE SUGLI ALTRI CARIOTIPI

DELL’ESERCIZIO (SECONDA ESERCITAZIONE DI BIOINFORMATICA)

FORNITE LE RISPOSTE RICHIESTE.

1- CLICCARE SU HUMAN PER ACCEDERE AL GENOMA UMANO

2- DAL MENU A TENDINA LATERALE SCEGLIERE KARYOTYPE, IN

QUANTO PERMETTE DI ACCEDERE ALLA STRUTTURA DEL

CARIOTIPO UMANO

3- SALVARE L’IMMAGINE SU UN FOGLIO DI LAVORO PER

RISPONDERE ALLE DOMANDE DELL’ESERCIZIO (L’IMMAGINE Può ESSERE SALVATA USANDO IL TASTO STAMP ED INCOLLANDO LA SCHERMATA SUL UN FOGLIO PAINT , SUL QUALE SARà POSSIBILE OPERARE TUTTI I TAGLI E GLI ACCOSTAMENTI VOLUTI)

4- E’ POSSIBILE ESPLORARE L’ORGANIZZAZIONE DEI SINGOLI CROMOSOMI CLICCANDO SU OGNUNO DI QUESTI PER COMINCIARE AD OSSERVARE LE AREE CODIFICANTI E NON CODIFICANTI. COMUNQUE NON E’ QUESTO L’OBIETTIVO DI QUESTA ESERCITAZIONE.

5- RIPETERE L’OPERAZIONE DI RICERCA PER LE SPECIE RIPORTATE NELL’ESERCIZIO E RISPONDERE ALLE DOMANDE

6- SE ALLA FINE DELL’ESERCIZIO SI VUOLE TORNARE ALLE CARATTERISTICHE DEI SINGOLI CROMOSOMI, SUGGERICO DI CLICCARE SULL’OPZIONE CROMOSOME SUMMARY PERCHE’ RENDE EVIDENTI UNA SERIE DI CARATTERISTICHE INTERESSANTI DELLA STRUTTURA……