Corso di Biologia Molecolare e Bioinformatica: UCSC Genome Browser - Guida all'uso - Prof., Appunti di Bioinformatica

Scarica Corso di Biologia Molecolare e Bioinformatica: UCSC Genome Browser - Guida all'uso - Prof. e più Appunti in PDF di Bioinformatica solo su Docsity!

Corso di Biologia Molecolare e

Bioinformatica

Prof. Caterina Missero

Anno accademico 2016‐

2° anno della Laurea Magistrale in Biologia

Lezione 4

Applicazioni in Bioinformatica

Guida all’uso di UCSC Genome Browser

http://www.nature.com/scitable/ebooks/guide‐to‐the‐ucsc‐genome‐browser‐

https://genome.ucsc.edu/training/

Uso di Genome Browser per identificare: - regolazione trascrizionale di un gene - promotori e gli enhancer prossimali o intronicimediante il codice istonico e conservazione delgenoma.

https://genome.ucsc.edu/

p63 gene

Transcription

Transcription

Poised enhancers become activated during differentiation to activate key genes that drive the new developmental state. Menno P. Creyghton et al. PNAS 2010;107:21931- ©2010 by National Academy of Sciences

Neuroglycan‐C harbors poisedenhancers in ES cells that becomeactive in neural progenitors.These data support the notionthat enhancers play adeterministic role in cellulardifferentiation by activatingpoised enhancers when a cellswitches developmental state andthat H3K27ac can be used todiscriminate between the twoenhancer states.

Histone code: H3K4 me

p63: il trascritto piu’ corto e’ espresso solo in cheratinociti

Histone code and DHS:

H3K27Ac/DNAse cluster

Selezione di esperimenti di DNAseI HS in linee cellulari specifiche