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Corso di Biologia Molecolare e Bioinformatica: Applicazioni in Bioinformatica - Lezione 3 , Appunti di Bioinformatica

Questa lezione del corso di biologia molecolare e bioinformatica, tenuto da prof. Caterina missero nell'anno accademico 2016-2017, durante il secondo anno di laurea magistrale in biologia, si concentra sui concetti e applicazioni specifiche di bioinformatica. In particolare, vengono presentate applicazioni del genome browser per l'identificazione di regolazioni trascrizionali di geni, promotori e enhancer attraverso il codice istonico e la conservazione del genoma. Il documento fornito include esempi di cell linee umane come p63 gene, gm12878, h1-hesc, hela-s3, hepg2, hsmm, huvec e k562, oltre a nhek e nhlf, e descrive le loro linee di differenziazione.

Tipologia: Appunti

2018/2019

Caricato il 19/12/2019

giuly-tari
giuly-tari 🇮🇹

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bg1
CorsodiBiologiaMolecolaree
Bioinformatica
Prof.CaterinaMissero
Annoaccademico 2016‐2017
annodella Laurea Magistrale inBiologia
Lezione 3
ApplicazioniinBioinformatica
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pfd
pfe
pff

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Corso di Biologia Molecolare e

Bioinformatica

Prof. Caterina Missero

Anno accademico 2016‐

2° anno della Laurea Magistrale in Biologia

Lezione 3

Applicazioni in Bioinformatica

Kozak: GCCGCC

R CC

ATGG

https://genome.ucsc.edu/

  • Human Assembly Feb.

ENCODE REGULATION

Transcription

GM

is a lymphoblastoid cell line. Relatively normal karyotype. Mesoderm cell lineage

H1‐hESC

human embryonic stem cells

HeLa‐S

is an immortalized cell line that was derived from a cervical cancer patient. Ectoderm lineage. HepG

is a cell line derived from a male patient with liver carcinoma. Endoderm lineage.

HSMM

muscle cells. Normal kariotype. Mesoderm HUVEC

(human umbilical vein endothelial cells) have a normal karyotype. Mesoderm lineage. K

is an immortalized cell line produced from a patient with chronic myelogenous leukemia (CML). Mesoderm linage. NHEK

normal adult epidermal keratinocytes. Ectoderm lineage NHLF

normal adult lung fibroblasts. Endoderm lineage