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5 inserciones Alu, Apuntes de Antropología

Asignatura: Antropología, Profesor: , Carrera: Biología, Universidad: UPV-EHU

Tipo: Apuntes

2012/2013

Subido el 06/05/2013

lucma-9
lucma-9 🇪🇸

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5 INSERCIONES ALU DEL CROMOSOMA
6.-
INTRODUCCIÓN Y OBJETIVOS.-
Una secuencia Alu es un fragmento de ADN móvil de aproximadamente unos
300 pb. Son las secuencias móviles más abundantes del genoma humano. Las primeras
secuencias de este tipo se identificaron con la endonucleasa Alu, probablemente derivan
del gen 7SL ARN que forma parte del complejo ribosomal.
La aparición de estas secuencias se sitúan hace aproximadamente 65 millones de
años coincidiendo con el origen y expansión de los primates.
La mayoría de estas inserciones son recientes por lo que a menudo son
polimórficas, pudiendo tomar valores diferentes de frecuencias en distintas poblaciones
humanas, se consideran elementos mutacionales únicos ya que es bastante improbable
encontrar la misma inserción Alu en el mismo lugar por lo que son especialmente
interesantes en los estudios de evolución humana.
Son secuencias importantes en estudios de evolución humana por la propiedad
de la existencia de una única mutación común para todos los cromosomas con la misma
inserción (identidad por descendencia) y la falta de inserción como el estado ancestral.
En este trabajo el polimorfismo de 5 loci Alu (AluMicB, AluTF, AluHJ, AluHG,
AluHF) de la región MHCI (Complejo mayor de histocompatibilidad de clase I) que se
encuentra en la región 6p21.3 del cromosoma 6.
Como se ha indicado anteriormente, un haplotipo es la constitución alélica de
múltiples loci para un mismo cromosoma. Dada la alta variabilidad alélica en el genoma
humano, la probabilidad de que dos individuos no relacionados presenten un mismo
haplotipo, es prácticamente nula. Es por esto que el estudio de haplotipos se ha
convertido en una herramienta útil en la determinación de relación génica entre
individuos, y por lo tanto en el estudio del origen de mutaciones causantes de diversos
padecimientos. De este modo, podemos decir que una mutación dada, presente en dos
individuos aparentemente no relacionados entre sí tiene un mismo origen, si al realizar
un estudio de haplotipos, el haplotipo relacionado con la mutación en uno de los
individuos es igual al haplotipo relacionado con la mutación en el otro individuo.
El objetivo de esta presentación es analizar las relaciones genéticas de varias
poblaciones del mundo a través de las 5 inserciones Alu presentes en el MHCI del
cromosoma 6 a partir de su frecuencias de inserción/no inserción en las siguientes
poblaciones: Tailandeses, Mongoles,Mongoles chinos, Chinos Hunan, Chinos
mongoles, Chinos guan, Australianos caucasoides, valencianos.
MATERIALES Y MÉTODOS.-
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5 INSERCIONES ALU DEL CROMOSOMA

INTRODUCCIÓN Y OBJETIVOS.-

Una secuencia Alu es un fragmento de ADN móvil de aproximadamente unos 300 pb. Son las secuencias móviles más abundantes del genoma humano. Las primeras secuencias de este tipo se identificaron con la endonucleasa Alu, probablemente derivan del gen 7SL ARN que forma parte del complejo ribosomal.

La aparición de estas secuencias se sitúan hace aproximadamente 65 millones de años coincidiendo con el origen y expansión de los primates.

La mayoría de estas inserciones son recientes por lo que a menudo son polimórficas, pudiendo tomar valores diferentes de frecuencias en distintas poblaciones humanas, se consideran elementos mutacionales únicos ya que es bastante improbable encontrar la misma inserción Alu en el mismo lugar por lo que son especialmente interesantes en los estudios de evolución humana.

Son secuencias importantes en estudios de evolución humana por la propiedad de la existencia de una única mutación común para todos los cromosomas con la misma inserción (identidad por descendencia) y la falta de inserción como el estado ancestral.

En este trabajo el polimorfismo de 5 loci Alu (AluMicB, AluTF, AluHJ, AluHG, AluHF) de la región MHCI (Complejo mayor de histocompatibilidad de clase I) que se encuentra en la región 6p21.3 del cromosoma 6.

Como se ha indicado anteriormente, un haplotipo es la constitución alélica de múltiples loci para un mismo cromosoma. Dada la alta variabilidad alélica en el genoma humano, la probabilidad de que dos individuos no relacionados presenten un mismo haplotipo, es prácticamente nula. Es por esto que el estudio de haplotipos se ha convertido en una herramienta útil en la determinación de relación génica entre individuos, y por lo tanto en el estudio del origen de mutaciones causantes de diversos padecimientos. De este modo, podemos decir que una mutación dada, presente en dos individuos aparentemente no relacionados entre sí tiene un mismo origen, si al realizar un estudio de haplotipos, el haplotipo relacionado con la mutación en uno de los individuos es igual al haplotipo relacionado con la mutación en el otro individuo.

El objetivo de esta presentación es analizar las relaciones genéticas de varias poblaciones del mundo a través de las 5 inserciones Alu presentes en el MHCI del cromosoma 6 a partir de su frecuencias de inserción/no inserción en las siguientes poblaciones: Tailandeses, Mongoles,Mongoles chinos, Chinos Hunan, Chinos mongoles, Chinos guan, Australianos caucasoides, valencianos.

MATERIALES Y MÉTODOS.-

Para analizar las afinidades genéticas de la muestras. Las frecuencias de haplotipos Alu fueron utilizados para calcular las distancias genéticas FST (Reynolds et al., 1983) entre todas las poblaciones con el programa GeDis y para otro coeficiente de distancias R de Harpending y Jenkin. Nosotros seguido el mismo procedimiento que en el inserciones Alu: construcción de una base de datos de 15 poblaciones europeas (Incluyendo Valencia) mediante la compilación de frecuencia alélica datos de las publicaciones anteriores (Charron, 1997; Pen ~ a et al, 2002;.. García-Obrego'n et al, 2010) (véase Tabla S4, información de apoyo), el cálculo de FST distancias genéticas (Reynolds et al., 1983) entre pares de poblaciones basadas en las frecuencias de alelos para D6S2792 y D6S265, y representación de la FST matriz de distancia genética en un espacio de dos dimensiones

RESULTADOS.-

Análisis de Moran.-

Correlaciona una variable consigo misma cuando las observaciones se realizan en diferentes puntos del espacio, cuando la existencia de una cualidad en un territorio convierte su presencia en la zonas vecinas más o menos probable, se da un fenómeno de autocorrelación espacial, y el índice más usado para estimar el grado de autocorrelación es el índice de Moran ( aquí representado, correlograma) el índice de Moran se representa frente a la distancia geográfica en km, el patrón esperado respecto al modelo de aislamiento por la distancia es el de una progresiva disminución del índice con la distancia.

Analisis de escalonamiento multidimansional.-

Se aplicó un análisis discriminante porque es una técnica estadística multivariante que se ocupa de describir (si existe) las diferencias entre las poblaciones en las que existen diferentes variables (variables discriminantes) y para ello se calculo el coeficiente de distancia genéticas (distancia R de Harpending y Jenkins) y posterior A nálisis de escalamiento multidimensional (MDS) en el que se puede observar la posición genética de cada población y la distancia genética entre una población y otra, asi vemos próximos a la población valencia la población australiana caucasoide, próximos entre sí a las tres poblaciones africanas con frecuencias de no inserción elevadas para los 5 loci Alu lo que evidencia una posición ancestral de la no inserción dejando claro el carácter nuevo de la inserciones Alu.

De los 32 haplotipos analizados el haplotypo más frecuente resulto ser el de no inserción para los 5 loci Alu.

Método del centroide.-