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Asignatura: Bioquímica, Profesor: , Carrera: Biología, Universidad: UCM
Tipo: Apuntes
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Bioenergética: el ser vivo es un sistema abierto desde el punteo de vista termodinámico, está constantemente intercambiando materia y energía con su entorno, está tomando una serie de nutrientes que toma del medio, moléculas química orgánicas o inorgánicas que son fuente de energía y materia. Seres vivos que toman la energía directamente del medio como la luz Si son moléculas orgánicas las degradan y obtienen la energía útil devolviendo al medio energía no útil (como el calor, para los seres vivos, ya que no lo pueden transformar en trabajo. También desprenden entropía al medio (CO 2 + agua) medio con más entropía y productos finales). Cogen materia y energía y devuelven materia y energía. Los seres vivos están realizando un trabajo constantemente: la biosíntesis (de proteínas de ácidos nucleicos...) también trabajo mecánico: concentración muscular, desplazamiento del mensajero por el ribosoma... También osmótico (cogen nutrientes en contra de gradiente). Energía útil, aquella que se puede transformar en trabajo. Sigue las leyes de la termodinámica: la materia ni se crea ni se destruye. espontaneidad incremento de G(variación de energía libre) (pierde energía libre porque la está transformando en trabajo) negativo y incremento de Stotal (la del ser vivo y la del entorno porque es un sistema abierto, no aislado) positiva. La vida trae consigo una variación de entropía total positiva, aumenta. El ser vivo nunca se encuentra en equilibrio porque pierde materia y realiza un trabajo El fenómeno de la vida es espontáneo. Solamente alcanza el equilibrio con su entorno cuando muere, alcanzando el equilibrio ya que deja de realizar trabajo. Los parámetros termodinámicos solo dependen de los valores iniciales y los finales, productos menos los reactivos. La enzima no modifica parámetros termodinámicos solo cinéticos, porque solo depende del estado final y del inicial, si un proceso no es espontáneo aunque le pongas una enzima no puede suceder. Variación de entalpía (H): Variación de energía libre (G): Variación de entropía (S):
La glucosa es un combustible en muchos sistemas vivos. Cuando se quema se transforma en agua y CO 2. En ese proceso se desprende mucha energía en forma de calor y de luz. La transformación la hace en muchos pasos pequeñitos donde hay pequeñas variaciones de energía (almacenaje en forma de ATP, por ejemplo para su posterior uso en trabajo) para soportar el torrente de energía que se libera. Al haber tantos intermediarios estos pueden ser fuentes de otras vías.
aA + bB cC + dD espontáneo si el incremento de G es positivo, si es negativo, G y D se transforman en A y B.
el factor concentración es de contenido energético (factor de energía potencial) de estabilidad porque tiende a desaparecer. Si aumentamos a y b la reacción se produce antes, favorezco que la reacción vaya hacia delante. Cambiando las concentraciones se puede cambiar el balance energético de una reacción.
Del conjunto de reacciones las hay que liberan más energías que otras La hidrólisis de un ácido graso es más energético que la de un azúcar. el potencial redox es una medida de la tendencia a ceder o captar electrones. Pares con potencial redox negativos son fuertes reductores, es decir alta tendencia a ceder los electrones Pares con potencial redox positivos son altamente oxidantes. Lo espontáneo es que los electrones fluyan desde fuertes reductores a fuertes oxidantes. El proceso es exergónico para que sea espontáneo. Se va a liberar más energía libre entre potencial alejados. Es directamente proporcional a la diferencia de potenciales redox.
La mayor parte de las reacciones, la energía libre que se libera, se utiliza para acoplar a otras: reacciones acopladas. Si no se acopla a algo se convierte en calor, que no es una forma de energía no útil porque no se transforma en trabajo.
Tipos de reacciones acopladas: Con un intermediario común: el producto de una reacción es reactivo de otra No comparten intermediarios: ocurren a la vez.
La glucosa para metabolizarla se tiene que fosforilar (unir a fósforo)
Cómo se clasifican los organismos vivos según la fuente primaria de energía.
Solo se puede sintetizar ATP a expensas de ADP, si tengo AMP tengo que pasarlo a ADP. El que dona la energía es el ATP pero no siempre, en la biosíntesis de proteínas, el que donaba la energía para el movimiento del mensajero y el ribosoma era el GTP.
Tres fases:
El ciclo de Krebs: (cadena transportadora de electrones y fosforilación oxidativa) El Acetil CoA se une a una molécula de cuatro átomos de carbono que con los dos del acetil, obtenemos una molécula de 6 C. La molécula que se une al CoA es el oxalacético (O.A.) Tras la hidratación del citrato a isocitrato Una enzima oxida el OH a ceto (isocitrato-deshidrogenasa dependiente nucleótido de adenina): α-cetoglutarato. El α-cetodeshidrogenasa forma el acil respecto de cuatro átomos de carbono: el succinilCoA, de elevada energía libre de hidrólisis que se va a utilizar para formar ATP o GTP cuando se transforma en succínico. El ciclo de Krebs no es una ruta productora de ATP, lo es de oxidación de átomos de C cuya energía de oxidación es almacenada en las coenzimas reducidas. Todo está en el citosol salvo la succinil deshidrogenasa que está en la membrana. Algunos aa pueden ser intermediarios. Ruta catabólica de oxidación de átomos de carbono Carácter anfibólico porque está implicado en el anabolismo también, por algunos intermediarios. También hay intermediario que se utilizan en biosíntesis. El ciclo está constantemente funcionando en el organismo, porque es la ruta de donde saco más energía para el anabolismo. Si saco un precursor el ciclo de Krebs, se pararía, es una ruta final porque entran moléculas orgánicas y salen inorgánicas. Rutas colaterales que funcionen para compensar salidas de intermediarios. Rutas anapleróticas, de relleno de intermediarios del ciclo de Krebs.
Rutas de relleno:
La pirúvica carboxilasa también función biosintética Enzima málica: carboxilación del pirúvico. En la mitocondria predomina la degradación y en el citosol la biosíntesis.
El ciclo de ácido glioxílico aporta intermediarios en el ciclo de Krebs: Si llega mucho acetil al ciclo, este aumenta la velocidad, si aumenta las coenzimas reducidas, el ciclo reduce la velocidad. La succínico deshidrogenasa está unida a la memb mitocondrial interna.
El NADH y el FADH 2 se tiene que reoxidar para continuar el ciclo de Krebs. Transportadores (grupos prostéticos de proteínas que se agrupan formando complejos):