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Claves de QBI, Apuntes de Química Biorgánica

Asignatura: Química Bioinorgànica, Profesor: Juan Jesus Fiol, Carrera: Bioquímica, Universidad: UIB

Tipo: Apuntes

Antes del 2010

Subido el 18/02/2009

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1- Enlace entre el Fe y la molécula de O2 en la hemoglobina.
En general, todas las agrupaciones M-O2 se identifican utilizando la
frecuencia de tensión del enlace O-O en el espectro vibracional IR y la
distancia interatómica O-O, con la situación del dioxígeno coordinado. Así se
habla de complejos tipo superóxido cuando V=1.145cm-1 y d=1,30Å
aproximadamente, o tipo peróxido cuando V=850cm-1 y d=1,45Å.
En el caso de complejos mononucleares (un átomo de metal) y terminales,
los orbitales de un fragmento tipo [FeIIL5] de geometría piramidal de base
cuadrada, tienen energía y simetría adecuadas para combinarse linealmente
con los de una molécula de O2 que se une al hierro ocupando la sexta
posición de coordinación, completando así un entorno octaédrico.
Como puede observarse en el diagrama de OM de la molécula de O2 al estar
orientada en el plano YZ, los orbitales de simetría adecuada que aporta son
los π* que están semiocupados.
Dado que el Fe(II) es un sistema d6 y el dioxígeno aporta los dos electrones
que tiene desapareados en orbitales π* la ocupación electrónica resultante es
la que se indica en la figura 2 (diagrama libro QBI autor jorge casas, pag 93).
Nótese que los dos OM enlazantes llenos σ(dz2-π*) y π(dxz-π*) tienen mayor
participación en la molécula de O2, lo que significa cierta polarización de la
unión Feδ+-O2δ- y, en cierta manera una oxidación parcial del Fe(II). Esta
acumulación de carga parcial negativa sobre el ligando O2 podría explicar las
características tipo superóxido que muestra este tipo de complejos
terminales.
Cabe también la interpretación de que el hierro evolucione a Fe(III) y
transfiera totalmente el electrón originando un verdader ión O2·- (superóxido).
En la actualidad se conoce en parte el modo por el que las interacciones
entre las cuatro subunidades de la Hb provocan la participación común en la
unión al oxígeno y al efecto Bohr (dependencia del pH), fenómenos ambos de
gran importancia con respecto a la función que tiene la Hb. El mecanismo es
muy complejo, pero un aspecto esencial del mismo depende directamente de
la química de coordinación en él implicada. La desoxihemoglobina posee una
distribución electrónica de alto spin, con un electrón situado en el orbital dx2-y2
que apunta directamente hacia los cuatro átomos de nitrógeno de la porfirina.
La presencia de este electrón aumenta el radio del átomo de hierro en estas
direcciones por repulsión de los pares de electrones no compartidos o
solitarios de los átomos de nitrógeno. El resultado es que el átomo de hierro
se sitúa realmente a unos 0.75 Å fuera del plano de estos átomos de
nitrógeno a fin de no resultar demasiado próximo a ellos. El átomo de hierro
se coordina también a un átomo de nitrógeno de la Histidina F8. De este
modo, el átomo de hierro de la desoxihemoglobina posee una coordinación
piramidal cuadrada, como se muestra en la figura 314a.
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1 - Enlace entre el Fe y la molécula de O 2 en la hemoglobina. En general, todas las agrupaciones M-O 2 se identifican utilizando la frecuencia de tensión del enlace O-O en el espectro vibracional IR y la distancia interatómica O-O, con la situación del dioxígeno coordinado. Así se habla de complejos tipo superóxido cuando V=1.145cm- 1 y d=1,30Å aproximadamente, o tipo peróxido cuando V=850cm-1 y d=1,45Å. En el caso de complejos mononucleares (un átomo de metal) y terminales, los orbitales de un fragmento tipo [FeIIL 5 ] de geometría piramidal de base cuadrada, tienen energía y simetría adecuadas para combinarse linealmente con los de una molécula de O 2 que se une al hierro ocupando la sexta posición de coordinación, completando así un entorno octaédrico. Como puede observarse en el diagrama de OM de la molécula de O 2 al estar orientada en el plano YZ, los orbitales de simetría adecuada que aporta son los π* que están semiocupados. Dado que el Fe(II) es un sistema d^6 y el dioxígeno aporta los dos electrones que tiene desapareados en orbitales π* la ocupación electrónica resultante es la que se indica en la figura 2 (diagrama libro QBI autor jorge casas, pag 93). Nótese que los dos OM enlazantes llenos σ(dz2-π) y π(dxz-π) tienen mayor participación en la molécula de O 2 , lo que significa cierta polarización de la unión Feδ+-O 2 δ-^ y, en cierta manera una oxidación parcial del Fe(II). Esta acumulación de carga parcial negativa sobre el ligando O 2 podría explicar las características tipo superóxido que muestra este tipo de complejos terminales. Cabe también la interpretación de que el hierro evolucione a Fe(III) y transfiera totalmente el electrón originando un verdader ión O 2 ·-^ (superóxido). En la actualidad se conoce en parte el modo por el que las interacciones entre las cuatro subunidades de la Hb provocan la participación común en la unión al oxígeno y al efecto Bohr (dependencia del pH), fenómenos ambos de gran importancia con respecto a la función que tiene la Hb. El mecanismo es muy complejo, pero un aspecto esencial del mismo depende directamente de la química de coordinación en él implicada. La desoxihemoglobina posee una distribución electrónica de alto spin, con un electrón situado en el orbital dx2-y que apunta directamente hacia los cuatro átomos de nitrógeno de la porfirina. La presencia de este electrón aumenta el radio del átomo de hierro en estas direcciones por repulsión de los pares de electrones no compartidos o solitarios de los átomos de nitrógeno. El resultado es que el átomo de hierro se sitúa realmente a unos 0.75 Å fuera del plano de estos átomos de nitrógeno a fin de no resultar demasiado próximo a ellos. El átomo de hierro se coordina también a un átomo de nitrógeno de la Histidina F8. De este modo, el átomo de hierro de la desoxihemoglobina posee una coordinación piramidal cuadrada, como se muestra en la figura 31‑4a.

Cuando una molécula de oxígeno se une al átomo de hierro, lo hace ocupando una posición opuesta a la del átomo de nitrógeno del imidazol. La presencia de este sexto ligando altera la fuerza del campo ligando, por la que el átomo de hierro adquiere un estado de bajo spin en el que los seis electrones d ocupan los orbitales dxy, dyz y dzx. El orbital dx 2 - y 2 resulta entonces vacío por lo que desaparece el efecto previo que el electrón que ocupaba este orbital tenía respecto a la repulsión de los átomos de nitrógeno de la porfirina. En consecuencia, el átomo de hierro puede deslizarse hacia el centro de un anillo de porfirina aproximadamente plano, formándose un complejo esencialmente octaédrico, como se muestra en la figura 31‑4b. Cuando se mueve el átomo de hierro, arrastra consigo al imidazol de la cadena lateral de histidina F8, moviéndose así este anillo unos 0.75 Å. Este desplazamiento se transmite luego a otras partes de la cadena proteínica a la que pertenece el F8, produciéndose en particular un gran movimiento de la cadena lateral fenólica de la tirosina HC2. A partir de aquí se producen diversos desplazamientos de átomos en la subunidad vecina, que influyen en la capacidad de unión de oxígeno del grupo hemo de dicha subunidad. En consecuencia, el movimiento del átomo de hierro del grupo en una subunidad de la hemoglobina, actúa como una especie de "disparador" que da lugar a extensos movimientos y variaciones estructurales en otras subunidades. Uno de los problemas aún no resueltos sobre la unión de oxígeno en la hemoglobina, se refiere a la estructura del agrupamiento Fe‑O 2. En la figura

2 - Comparación estructural: Hemocianina (Hc) – Hemeritrina (Hr). Similitudes: 1 - Son proteínas con un centro bimetálico dedicadas al transporte de dioxígeno. 2 - El centro activo de la hemocianina contiene dos átomos de cobre muy próximos, al igual que los átomo de hierro en la hemeritrina, esto hace que ambos centros en sus formas oxidades estén acoplados antiferromagnéticamente, y a temperatura ambiente son esencialmente diamagnéticos. Diferencias: 1 - Distribución. La Hc se encuentra ampliamente distribuida en moluscos y artrópodos, mientras que la Hr está limitada a pocas especies en el reino animal. (OJO esto no es estructural) 2 - Ión metálico. La Hc se basa en un centro de Cu (tipo 3) mientras que la segunda posee un centro de Fe (no hemo). 3 - La interacción con el dioxígeno. En la Hc la interacción del dioxígeno con los dos centros de cobre permite, gracias a su proximidad, la transferencia de dos electrones simultáneamente. Mientras que en la Hr son necesarias dos etapas de transferencia secuénciales, ya que uno de los electrones proviene de un centro metálico relativamente alejado del punto de anclaje del O 2 y debe viajar a través de un ligando oxo puente. 4 - En el caso de la Hc el dioxígeno interacciona directamente con los dos átomos metálicos, mientras que en la Hr interacciona directamente con un átomo de Fe e indirectamente a través del grupo OH con el otro átomo. 5 - La geometría de coordinación de los metales. El Cu de la hemocianina tiene una geometría trigonal plana distorsionada como Cu(I), y como Cu(II) adopta una geometría piramidal de base cuadrada. En el caso de la hemeritrina, ambos Fe poseen geometría octaédrica en su estado oxidado Fe (III), mientras que como Fe (II) uno de ellos sigue siendo octaédrico y el otro pasa a geometría de pirámide de base cuadrada. Cabe tener en cuenta que son geometrías que se encuentran distorsionadas.

3. Biominerales. Nucleación : es la etapa inicial de formación de un biomineral, distinguimos dos vías en función de las condiciones en las que ocurra: 1) nucleación homogénea , si el núcleo se forma en el seno de una disolución sobresaturada de la especie iónica. En este caso se forman cúmulos de iones unidos, llamados embriones. Debido a la agitación térmica se forman y se redisulelven continuamente. Esto se debe a dos componentes que actúan en sentidos contrarios; la Energía Reticular que proporciona estabilidad al cristal, y por otro la entalpía de disolución y el intercambio de iones en la superficie.

Una vez alcanzado cierto nivel crítico se convierte en un núcleo estable que podrá crecer posteriormente. 2) nucleación heterogénea , si se forma sobre la superficie de un sustrato presente en la disolución. La presencia del sustrato disminuye la energía requerida para formar el núcleo estable, creando condiciones similares a las de sobresaturación homogénea. El crecimiento del cristal tiene lugar por la adsorción de los iones a la superficie del núcleo y su posterior difusión a puntos de alta energía potencial de enlace. El crecimiento a su vez puede tener lugar por dos vías: a) formación de una fase cristalina MX a partir de una disolución, en una sola etapa; b) formación de esta fase a través de otras intermedias de estructura diferente, la primera de las cuales puede ser amorfa. La elección de un proceso u otro dependerá de las magnitudes relativas de las energías de activación. Influencia de las matrices orgánicas sobre la biomineralización : las matrices pueden comportarse como medio heterogéneo que favorece la nucleación reduciendo la energía de activación. Sin embargo, también pueden actuar definiendo el volumen (por medio de redes orgánicas o de vesículas), la orientación (mediante la orientación de pequeñas subunidades del cristal) y la estructura del biomineral. Este último proceso puede suceder de dos formas: a) Control epitaxial : una red biológica bidimensional actúa a modo de horma. En este caso los parámetros cristalográficos de la superficie de la matriz son equivalentes a los de la estructura que se forma. Un ejemplo es la de las conchas de moluscos, donde la red cristalina de la matriz insoluble es correspondiente a la celda unidad del aragonito. b) Control no epitaxial : existe una interacción entre la matriz y los iones del cristal, pero no exige una concordancia de parámetros entre la superficie de la matriz y la del cristal que se forma.

4. Enfermedades asociadas al exceso o defecto de Cu. Enfermedad de Wilson. Es una enfermedad hereditaria que afecta a 1 de cada 100.000 nacimientos. Proviene de una mutación en el gen ATP7B, localizado en la región q14.3 del cromosoma 13. Genera una acumulación de Cu en el hígado, el cerebro y la córnea del ojo. Los pacientes muestra síntomas hepáticos y neurológicos. El cobre se acumula en el citosol de los hepatocitos, provocando necrosis hepática y liberando grandes cantidades de cobre al torrente sanguíneo donde afectarán a la membrana de los eritrocitos (conduciendo a una anemia hemolítica). Finalmente el cobre se acumula en el cerebro, los riñones y la córnea. Parece ser que la excreción biliar defectuosa es la causa relevante más simple.

Los elementos pueden presentarse en el organismo en diferentes cantidades: abundantes (mayor a 10g), traza (de gramos a miligramos) o ultratraza (menores a 1 mg). Los elementos esenciales se encuentran todos en cantidad abundante. Además un mismo elemento puede tener diferentes efectos sobre el organismo dependiendo de las concentraciones en que se encuentre (como diría Paracelso: “La dosis hace el veneno”). Así distinguimos: Elemento Tóxico > Impureza tolerable > Elemento útil > Elemento esesncial Incluso en los elementos esenciales existen concentraciones bajas que determinan una actividad metabólica insuficiente, una concentración óptima de buen funcionamiento bioquímico, y una concentración alta en la que el elemento resulta tóxico o letal. Este efecto se muestra en el diagrama de Bertrand, figura 2. Por que estos elementos y no otros son los esenciales?

  • Por su grado de abundancia en el entorno natural (excepción C, N)
  • Por su asequibilidad (gracias a la solubilidad de las especies,…)
  • Por cambios en las condiciones del medio natural, como la contaminación que los hacen accesibles.

6. El concepto duro-blando de Pearson El concepto duro-blando de Pearson nos permite clasificar los ácidos (en nuestro caso cationes metálicos) y las bases (las biomoléculas) en duros o blandos según las características electrónicas de los átomos aceptores y dadores. Ácido duro: Comprende la mayor parte de los iones de la tabla perió dica. Estos ácidos se caracterizan por, pequeña polarizabilidad. Alto estado de oxidación o moléculas con carga positiva alta sobre el átomo central. Bajo radio iónico. Baja electronegatividad Alta densidad de carga Principio fundamental: los ácidos duros se combinan de forma preferente con bases duras y los ácidos blandos se combinan de forma preferente con bases blandas. Así según este principio podremos predecir las coordinaciones que se darán al reaccionar los metales y las moléculas biológicas. Por ejemplo: el Pt2+ (ácido blando) reaccionará en las proteínas con los restos cisteínicos R-SH (base blanda). Clasificación de los iones en HSAB: duros (blanco), intermedios (sombreado), blandos (negro). 7. Diferencia entre una metaloproteína y un complejo metal-proteína. La interacción de las proteínas (P) con los metales (M n+ ) origina dos tipos de complejos [MP] que se distinguen, arbitrariamente, en función de su estabilidad termodinámica. Si la interacción [MP] es muy estable (con un pKd

7-8) se denomina metaloproteína ; si es menos estable (con un pKd < 7-8) se llama complejo metal proteína. Algunas metaloproteínas son metaloenzimas. Son catalizadores biológicos en los que distinguimos dos entidades el apoenzima (proteínas), el cofactor

9. Efecto quelato y Macrociclo. El efecto quelato y el efecto macrociclo son dos efectos relacionados con la estabilidad de los complejos, posiblemente de origen entrópico. El efecto quelato determina la preferencia de lo metales M n+ por las bases multidentadas frente a bases monodentadas que posean átomos dadores similares cuando los ligandos multidentados forman anillos quelato sin tensiones estructurales significativas (anillos de 5 o 6 miembros). El Efecto macrociclo se refiere a la preferencia de Mn+^ a la hora de discriminar entre ligandos multidentados de grupos dadores similares, por aquellos que son cíclicos frente a los que son de cadena abierta. 10. La toxicidad de los elementos metálicos. La toxicidad de los metales en los seres vivos va asociada a los siguientes procesos: a) Bloqueo de un grupo funcional esencial de alguna biomolécula. b) Desplazamiento de un metal esencial de una biomolécula. Como por ejemplo: Zn Cd, Hg Ca Pb, Cd P As K Ti Mg Be, Al S Se c) Modificación estructural de algún sitio activo importante. d) Ruptura de las biomembranas.

  1. Funciones de los cationes metálicos en los seres vivos. a) Funciones estructurales. Por ejemplo: Zn en los dedos de Zinc, sin el cual no sería posible el plegamiento de estas proteínas. b) Activación y transporte de O 2. Por ejemplo: el Fe en hemoglobina, mioglobina o hemeritina, o el Cu en la hemocianina. c) Transporte de electrones. Por ejemplo: Cu(I)/Cu(II) en la plastocianina o azurina, o el Fe(II)/Fe(III) en las proteínas Fe/S, o la citocromo C. d) Funciones catalíticas en procesos redox. e) Funciones catalíticas en reacciones ácido-base. Por ejemplo en Zn de la Anhidrasa Carbónica (AC).