Lliurament 2. Exercici de visualització amb Jmol
En aquest exercici visualitzarem l'estructura de la Brazzeïna, una proteïna petita, estable
al calor i dolça. (PDB code: 2brz.pdb, J.E. Caldwell et al. (1998) Nature Struct. Biol.
5:417). Per carregar-la al teu ordinador, vés al Protein Data Bank i escriu 2BRZ a PDB
ID or text i fes clic a Search. Quan aparegui la plana de la brazeïna, fes clic a View in
Jmol sota la imatge. Una vegada apareixi la pantalla en fons negre de Jmol la pots
ampliar.
Per poder-la veure amb els colors adients, fes el següent (tots els menús surten amb el
botó dret del ratolí - em sap greu, Jmol normalment no funciona bé amb Mac!):
Seleccionar → Proteína → Todo
Estilo → Patrón → Esquemático
Color → Estructuras → Esquemático → Patrón → Por estructura secundaria
a) Quins elements d'estructura secundària té aquesta proteïna?
Hèlix alfa, làmina beta i gir beta.
Mirem ara els ponts d'hidrogen:
Estilo → Enlaces de hidrógeno → Calcular
Estilo → Enlaces de hidrógeno → 0.15 Å
b) Estabilitzen els ponts d'hidrogen els elements d'estructura secundària d'aquesta
proteïna?
SÍ.
c) Estabilitzen els ponts d'hidrogen la interacció entre l'hèlix α i la fulla plegada β?
NO.
Ara les interaccions hidrofòbiques:
Estilo → Enlace de hidrógeno → No
Seleccionar → Proteína → Residuos apolares
Estilo → Enlaces → 0.15 Å
Color → Enlaces → Anaranjado (o el que vulgueu)
c) Estabilitzen les interaccions hidrofòbiques la interacció entre l'hèlix α i la fulla
plegada β?
NO.
Els ponts salins:
Seleccionar → Proteína → Todo
Estilo → Patrón → Esquemático (ens ha de quedar com al principi)
Seleccionar → Proteína → Residuos básicos
Estilo → Enlaces → 0.15 Å
Color → Enlaces → Azul
