microbiología clínica., Apuntes de Microbiología

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TÉCNICO

SUPERIOR EN

LABORATORIO

CLÍNICO Y

BIOMÉDICO:

MÓDULO VII:

MICROBIOLOGÍA

CLÍNICA.

UNIDAD 1: APLICACIÓN DE PROCEDIMIENTOS DE PREVENCIÓN DE

RIESGOS LABORALES Y PROTECCIÓN AMBIENTAL.

1.- NORMATIVA SOBRE LA PREVENCIÓN DEL RIESGO BIOLÓGICO.

Los agentes biológicos constituyen un factor de riesgo por su capacidad de desencadenar enfermedades. La bioseguridad incluye los principios, técnicas y prácticas de contención que se realizan con el fin de evitar la exposición involuntaria al material biológico o su liberación accidental. Sus objetivos son la prevención de las infecciones y evitar el escape de agentes biológicos peligrosos. La bioseguridad afecta a todas las actividades del laboratorio, continuando con la formación y capacitación del personal, el empleo de prácticas y técnicas microbiológicas correctas, el uso adecuado de los reactivos, materiales y equipos, el transporte y almacenamiento seguro de los agentes y la esterilización final y su destrucción. Con el fin de proteger la salud de los trabajadores se publicó el RD 664/1997 que incluye las siguientes definiciones: ➢ Agentes biológicos: Microorganismos susceptibles de originar cualquier tipo de infección, alergia o toxicidad. ➢ Microorganismos: Toda entidad microbiológica, celular o no, capaz de reproducirse o de transferir material genético (bacterias, hongos, virus y parásitos). ➢ Cultivo celular: El resultado del crecimiento in vitro de células obtenidas de organismos multicelulares. ➢ Peligro: Todo aquello que puede producir un daño o un deterioro de la calidad de vida individual o colectiva de las personas. ➢ Daño: La consecuencia producida por un peligro sobre la calidad de vida individual o colectiva de las personas. ➢ Riesgo: La probabilidad de que se produzca un cierto daño, pudiendo cuantificarse.

2. CLASIFICACIÓN DE LOS MICROORGANISMOS EN GRUPOS DE RIESGOS. ➢ Agente biológico del grupo 1: Es poco probable que cause una enfermedad en el hombre. ➢ Agente biológico del grupo 2: Puede causar una enfermedad en el hombre y suponer un peligro, siendo poco probable que se propague a la colectividad, y para el que existe profilaxis. ➢ Agente biológico del grupo 3: Puede causar una enfermedad grave en el hombre y presenta un serio peligro, con riesgo de que se propague a la colectividad, existiendo profilaxis. ➢ Agente biológico del grupo 4: Causando una enfermedad grave en el hombre, supone un serio peligro para los trabajadores, con muchas probabilidades que se propague a la colectividad y sin que exista frente a él profilaxis.

- Nivel de contención 4 (NCB-4)- Se procesa un agente patógeno que produce alta mortalidad y para el que no existe tratamiento o este es poco fiable. Son microorganismos de dosis infectiva baja y alta contagiosidad. Microorganismos del grupo 3 que hayan adquirido propiedades patógenas que los eleven al grupo 4. El laboratorio debe estar equipado con CSB clase III. Si el laboratorio está preparado para acoger trabajadores con trajes aislantes con presión positiva, se puede utilizar CSB de clase II. 3.2.- Barreras secundarias. Diseño y construcción del laboratorio y contribuye a la protección del propio personal del laboratorio, para proteger a las personas que se localizan fuera del laboratorio y protege a las personas de la comunidad frente a posibles escapes. El tipo de agentes biológicos que se procesan en el laboratorio por lo general pertenecen al grupo 2 y en algunos casos al grupo 3. Los riesgos que entrañan serán debidos a un contacto directo con los agentes o exposiciones a contactos inadvertidos a través de medioambientes de trabajo contaminados. Las barreras secundarias requeridas en el laboratorio incluyen: ➢ Localización del laboratorio fuera de las áreas públicas. ➢ Cada laboratorio tiene un lavabo para lavado de manos. ➢ Diseño de fácil limpieza. ➢ Las superficies de las mesas de trabajo son impermeables al agua y resistentes al calor. ➢ La cabina de seguridad biológica se encuentra lejos de áreas de mucho tránsito. ➢ Existen estaciones para ducha y lavado de ojos. ➢ Disponibilidad de sistemas de descontaminación del material. - Medidas necesarias.- Puertas con llave para las instalaciones que contengan agentes restringidos. Se debe considerar la ubicación de nuevos laboratorios lejos de las áreas públicas. Cada laboratorio debe disponer de un lavatorio para el lavado de manos. Lavatorios controlados con los pies, las rodillas o los que operan automáticamente. Debe estar diseñado para que pueda limpiarse fácilmente. No deben usarse alfombras y felpudos en los laboratorios. Las superficies de las mesas de trabajo deben ser impermeables al agua y resistentes al calor. Los espacios deben ser accesibles para su limpieza. Los muebles deben estar cubiertos por un material que pueda limpiarse fácilmente.

Las cabinas de seguridad biológica se deben instalar de tal manera que las fluctuaciones del aire de entrada y escape de la sala no hagan funcionar a las cabinas de seguridad biológica fuera de sus parámetros para contención. Se debe disponer de una estación para el lavado de ojos. La iluminación debe ser adecuada para todas las actividades, evitando los reflejos y el brillo. No existen requisitos de ventilación específicos. Considerar los sistemas de ventilación mecánica que ofrezcan flujo de aire hacia el interior sin la recirculación a espacios fuera del laboratorio. Deben colocarse mosquiteros. 3.3.- Cabinas de seguridad biológica. Son recintos ventilados diseñados para limitar al máximo el riesgo del personal de laboratorio expuesto a agentes infecciosos. Tienen como objetivo principal proporcionar una zona de trabajo que minimice la probabilidad de que una partícula transportada por el aire pueda escapar hacia el exterior de la cabina y contaminar. Equipo de contención muy efectivo para reducir el posible escape de contaminación biológica. Es conveniente tener muy en cuenta que una cabina no es nunca un sustituto de una técnica microbiológica adecuada. Disponen de dos sistemas que impiden la salida de contaminación: las barreras de aire y los filtros. Las barreras de aire se crean permitiendo que este fluya en una sola dirección y a una velocidad constante dando lugar a una verdadera “cortina” de aire que se conoce como flujo de aire laminar. Es un flujo con ausencia de turbulencias. Los filtros tienen como finalidad atrapar las partículas contenidas en este flujo de aire y los empleados habitualmente son los filtros HEPA, que retienen con una eficacia del 99,97% partículas de hasta 0,3 micras de diámetro.

- Peligros relativos a los procedimientos.- Las rutas principales son: ➢ Inoculación parenteral (pinchazos, cortes) ➢ Salpicaduras y derrames sobre piel y mucosas. ➢ Ingestión accidental (pipeteo irregular). ➢ Mordeduras y arañazos de animales. ➢ Inhalación de aerosoles. Esta última es la más significativa, muestra una gran eficacia y es de difícil detección; además, pone en riesgo no sólo al operador, sino a otros trabajadores o visitantes. Es la vía presente en aquellos accidentes en los que no se identifica la fuente. También se debe prestar atención a la producción de gotículas que contienen una gran cantidad del agente infeccioso y pueden contaminar durante periodos prolongados las superficies y los guantes de protección de los operadores. - Peligros asociados con las prácticas de trabajo, equipos de seguridad e infraestructuras.- La supervisión y formación continuadas son las medidas más importantes para mejorar la capacitación y reducir el riesgo. Los equipos de protección son también cruciales en la evaluación del riesgo. Se debe prestar atención a su utilización correcta, del o contrario, se crea una falsa sensación de seguridad y el riesgo de accidente aumenta. Las infraestructuras condicionan el riesgo, deben ser consideradas en el curso de la evaluación, el sistema de aireación es el más importante, ya que afecta a la diseminación de los aerosoles. La adecuación de las infraestructuras es un requisito cuando se planee un nuevo laboratorio o la renovación del actual.

4.2- aproximación práctica a la evaluación de riesgos biológicos y medidas de protección.

- Identificar la peligrosidad del agente y realizar una evaluación preliminar del riesgo.- Considerar la peligrosidad del agente, la gravedad de la enfermedad y la posibilidad de instaurar medidas preventivas. - Identificar el peligro asociado a los procedimientos llevados a cabo en el laboratorio.- Los principales procedimientos que influyen sobre el riesgo son la concentración del agente (el cultivo), los que generan aerosoles o gotas en suspensión y el uso de objetos cortantes. Deben considerarse como de riesgo los procedimientos que utilizan animales de experimentación, la identificación de estos peligros debe conducir a la eliminación de procedimientos innecesarios, a la minoración de sus efectos o a sustituirlos. - Determinar el nivel de bioseguridad apropiado e implementar las precauciones sugeridas en la evaluación de riesgos.- Se debe tener en consideración los factores propios del hospedador. Es improbable que esta evaluación preliminar aconseje elevar el nivel de bioseguridad. Si así fuese, se debe consultar con un especialista dadas sus consecuencias sobre las infraestructuras y la posible necesidad de derivar el proceso hacia un laboratorio externo. Agente biológico Riesgo de infección Riesgo de propagación. Profilaxis. Ejemplos. 1 Poco probable No Innecesario E. coli 2 Probable Poco probable Posible Virus sarampión. 3 Probable. Enfermedad grave Probable Posible Virus de la hepatitis B. 4 Probable. Enfermedad grave. Elevado. No conocido Virus del ébola. - Evaluar la capacitación del personal en relación con las prácticas de seguridad.- La introducción de nuevos procedimientos puede ser una buena oportunidad para reforzar estas prácticas de seguridad y asegurar la capacitación del personal.

• Mascarillas.- Protección frente a polvo, aerosoles y gases y vapores químicos. Las conocidas mascarillas tipo “cirujano” no ofrecen protección. Existen mascarillas con filtro para protegerse de los aerosoles. ➢ Mascarillas higiénicas: Evitan la transmisión de agentes infecciosos por parte de las personas que la lleva. ➢ Mascarillas de protección: Se clasifican en FFP1, FFP2 y FFP3. La selección del factor de protección está en función de la toxicidad o peligrosidad del contaminante, de la concentración ambiental y del tiempo de exposición. Por ejemplo, en casos de tuberculosis se recomienda máxima protección (FFP2 o FFP3). - Vestuario.- a) No es aconsejable emplear su ropa de calle. b) La ropa del laboratorio no debe ser nunca lavada fuera del hospital. c) El vestuario sirve como protección en caso de sospecha de encontrarse contaminado, no debe salir nunca del lugar de uso. d) No se debe llevar ropa de calle que aumente la superficie corporal expuesta. Como parte del vestuario de protección se incluyen las batas. - Gafas de seguridad.- El uso es obligatorio en los casos siguientes. a) Manipulación de todas aquellas sustancias que irritan los ojos u ocasionen riesgo de lesiones oculares graves. b) Manipulación de ácidos y bases. c) Manipulación de disolventes. d) En operaciones que pueden producir proyecciones de cualquier tipo. e) Siempre que se indique en el procedimiento normalizado de trabajo (PNT).

5.- GESTIÓN DE LA ELIMINACIÓN DE RESIDUOS.

Ley 22/2011 que traspone la Directiva 2008/98/CE que describe el marco legal general para la gestión de residuos, no entrando en su ámbito los residuos radiactivos. Con respecto a los residuos biosanitarios, cada CCAA posee su propia legislación. Aunque se aprecian algunas diferencias, la regulación de la gestión de los residuos biosanitarios es bastante similar entre ellas. 5.1.- Tipos de residuos generados en un laboratorio de microbiología clínica. Se clasifican los residuos peligrosos en 15 categorías diferentes según su peligrosidad. Denominación Descripción. H3-A Fácilmente inflamable. H3-B Inflamable. H4 Irritante. H5 Nocivo. H6 Tóxico. H7 Cancerígeno. H8 Corrosive. H9 Infeccioso. H11 Mutagénico. H13 Sensibilizante. H14 Ecotóxico. H15 Residuos que tras su eliminación pueden dar lugar a sustancias con alguna de las características anteriores. La mayor parte de centros sanitarios incluyen la gestión de residuos generados dentro del plan general, incluyendo la cesión a gestores autorizados. DEFINICIONES Y ASPECTOS GENERALES. Los residuos biosanitarios se clasifican a su vez en diferentes categorías. ➢ Clase I: Residuos generales: cartón, papel, comida, vidrio, etc. ➢ Clase II: Residuos asimilables a los urbanos. ➢ Clase III: Residuos especiales: medidas especiales de prevención, recogida, almacenamiento, transporte y eliminación dentro y fuera del centro sanitario. Agrupan residuos que pueden estar contaminados con agentes infecciosos, volúmenes de sangre mayores de 100mL, objetos punzantes, etc… ➢ Clase IV: Cadáveres. ➢ Clase V: Residuos químicos. ➢ Clase VI: Residuos citotóxicos. ➢ Clase VII: Residuos contaminados por sustancias radiactivas.

- Gestión de residuos químicos.- La gestión adecuada de los residuos químicos se fundamenta en la prevención y minimización de su generación y en la segregación, almacenamiento y transporte adecuados para su eliminación. Aspectos a considerar: ➢ Enumeración y descripción de los residuos químicos peligrosos. ➢ Descripción individualizada de su peligrosidad. ➢ Métodos para prevenir y reducir su producción. ➢ Sistemas de eliminación controlada. ➢ Normas de actuación en situaciones accidentales. ➢ Plan de formación del personal. ÁCIDOS INORGÁNICOS. Emplean los sistemas de eliminación de mutágenos y citostáticos propios de cada hospital. Los tamponen que lo contienen deben tratarse con carbón activo, filtrar la suspensión formada a través de un filtro de papel y depositar el conjunto en el cubo de eliminación de citostáticos. Las superficies pueden descontaminarse aplicando una papilla de carbón activo. Los ácidos más concentrados se diluyen con agua al 1:5 y está disolución ha de neutralizarse hasta pH 6,8 con soluciones de hidróxido sódico, volver a diluir al 1:10 en agua y ya eliminarse por los desagües. BASES INORGÁNICAS, SALES BÁSICAS Y DISOLUCIONES BÁSICAS. El mismo procedimiento que en caso de los ácidos, con la salvedad de que la neutralización se realiza con ácido sulfúrico diluido. FENOLES. El fenol y sus derivados son irritantes y tóxicos. No deben diluirse ni eliminarse a través de los desagües. Deben separarse en recipientes específicos y transferirlos a un gestor autorizado de residuos. AZIDA SÓDICA. Tóxico y mutágeno. Presente en muchos reactivos como conservante. Nunca debe eliminarse directamente por desagües de plomo pues se forman derivado altamente explosivos. Es conveniente contacta con los gestores autorizados. ALDEHIDOS, CETONAS Y DISOLVENTES ORGÁNICOS. No deben ser eliminados directamente por los desagües, siendo necesario almacenarlos en recipientes seguros para luego ser eliminados de forma controlada.

BROMURO DE ETIDIO.

Mutágeno de efecto acumulativo. Deben seguirse de forma estricta los procedimientos de manipulación que eviten el contacto del usuario con esta sustancia, así como la exposición del resto de trabajadores del laboratorio. Los geles teñidos deben eliminarse en los contenedores adecuados. Se recomienda efectuar las tinciones en cubetas que drenen sobre bidones o depósitos específicos y entregarlos a un gestor de residuos autorizado, con especial consideración para la auramina. NARANJA DE ACRIDINA. Mutágeno. Hay que almacenar los restos en recipientes adecuados y eliminarlos a través de un gestor autorizado. METALES PESADOS, MERCURIO Y COMPUESTOS ORGANOMERCURIALES. Pilas y elementos afines. Cabe destacar la presencia de metales pesados en los sistemas de alimentación ininterrumpida que suelen formar parte de los equipos e instrumentos. La gestión de este tipo de residuo suele corresponder a la empresa proveedora del sistema. Entre los derivados organomercuriales que podemos encontrar destaca el mertiolato, presente en el reactivo MIF utilizado en parasitología. Los residuos deben ser almacenados y eliminados por un gestor autorizado.

- Citostáticos.- Pertenecen al grupo VI. Su eliminación está sujeta a normas especiales. Deben acumularse en envases rígidos con un etiquetado o marcado específico, y con las mismas características que envases destinados a la eliminación de los residuos de tipo III. Estos envases deben señalarse con el pictograma “citotóxico” y, una vez cerrados, no deberán volver a abrirse. - Residuos radiactivos- La recogida y gestión se encuentra fuera del ámbito de la ley marco 22/2011, siendo competencia de la Empresa Nacional de Residuos (ENRESA). 5.3.- Almacenamiento de residuos. Deben estar descritos en el Plan de Gestión de Residuos de cada centro y deben ser acordes a la normativa vigente en cada comunidad autónoma. Tanto el almacenamiento como su transporte interno deben realizarse minimizando el riesgo de exposición y contacto con el personal. Deben existir lugares de almacenamiento dispuestos para ello, de fácil limpieza, con suelos sin ángulos ni impedimentos y que estén ventilados. Estas áreas deben disponer de los equipos y productos adecuados para la limpieza y desinfección en caso de vertido o derrame accidental. El almacenamiento no debe superar las 24 horas. Los recipientes nunca se apilarán o se colocarán en zonas elevadas, tanto durante su almacenamiento intermedio como durante el transporte.

- Transporte y envío- Existen varias directivas sobre transporte de mercancías peligrosas entre los estados miembros. Estas directivas y todos los documentos internacionales relacionados, están basadas en un texto único común, las recomendaciones del Comité de Expertos de las Naciones Unidas para el Transporte de Artículos peligrosos (UN). Clasifican las mercancías peligrosas en varias clases. La clase 6.2 incluye los materiales que contienen microorganismos viables de los que se conocen o razonablemente se cree que pueden producir enfermedad en humanos o animales expuestos a ellos. La clase 9 incluye microorganismos modificados, no peligrosos para humanos o animales, que podrían dar lugar a cambios en animales, plantas, sustancias microbiológicas, así como en el ecosistema. También se incluyen microorganismos peligrosos para el medio ambiente.

UNIDAD 2. APLICACIÓN DE TÉCNICAS DE TINCIÓN Y OBSERVACIÓN DE

MICROORGANISMOS.

1.- MICROORGANISMOS: CONCEPTO, TIPOS Y TAXONOMÍA.

La microbiología es la ciencia que estudia los organismos que son demasiado pequeños para ser vistos con el ojo humano. La taxonomía es la ciencia que se ocupa de la clasificación de los distintos organismos. Estos grupos o clases se llaman taxones y se divide en: ➢ Reino. ➢ Phylum. ➢ Clase. ➢ Orden. ➢ Familia. ➢ Género. ➢ Especie. 1.1.- Clasificación de los microorganismos. En microbiología el concepto de especie es diferente al concepto biológico, ya que las bacterias no tienen reproducción sexual. Dentro del término de especie bacteriana agrupamos a un conjunto de microorganismos que muestran un elevado grado de similitud fenotípica y que se puede separar de otras especies bacterianas por un elevado número de caracteres. La nomenclatura microbiológica también es binomial, el primer nombre corresponde al género y el segundo es el epíteto específico. El género se escribe con primera letra en mayúscula y las demás en minúscula. Derivan del latín o del griego latinizado. Derivan alguna propiedad típica de la especie. Se han agrupado los seres vivos en cinco reinos. Se propuso una nueva forma de clasificación basada en la comparación y análisis de secuencias genómicas del ARN ribosomal. Toda la vida celular se originó a partir de tres líneas o dominios: Archaea y Bacteria y Eukarya (eucariotas). ➢ Archea: Microorganismos unicelulares procariotas. ➢ Bacteria: Microorganismos unicelulares procariotas más evolucionados. ➢ Eukarya: Microorganismos unicelulares o pluricelulares formados por células eucariotas.

1 .2.- Bacterias: Morfología y agrupación. Estructura bacteriana. Para medirlas es necesario un micrómetro. El tamaño va a estar relacionado con la forma.

- Tipos de morfologías de bacterias unicelulares.- ➢ Morfología cocoide: redondas con un diámetro entre 0,7 y 1,5 micras. ➢ Morfología bacilar: Bastones alargados cuyo tamaño oscila entre 0,5 y 1 micras de grosor y 2 a 5 micras de largo. Bacilos largos que pueden oscilar entre 10 y 50 micras. Morfología filamentosa. ➢ Morfología Vibrio: Bacilos cortos y curvados, en forma de coma. ➢ Morfología espiral: Espirales largas formando hélices más o menos enrolladas. Pueden llegar hasta longitudes de 400 micras. Existen microorganismos que tienen una morfología intermedia entre cocos y bacilos (cocobacilos). Hay especies que se denominan polimorfas. Existen microorganismos que tienen una morfología intermedia entre cocos y bacilos (cocobacilos). Hay especies que se denominan polimorfas. Pedunculadas o bacterias prostecadas, que son aquellas que emiten una prolongación de citoplasma con pared y membrana. Podemos encontrar bacterias con forma de estrella, morfología estrellada y bacterias con morfología micelial, las que se asemejan a las hifas de los hongos.

- Tipos de agrupaciones bacterianas según morfología- En células de morfología bacilar. Dan lugar a dos tipos de agrupaciones, a agrupaciones a pares (diplococos) o agrupaciones en cadena (estreptobacilos). En el caso de la morfología espiral se puede dar el mismo tipo de agrupación pero no suelen no formar agrupamientos. En la morfología cocoide hay más diversidad. Cuando la división ocurre en un plano se denominan diplococos. Si la división ocurre en dos planos perpendiculares se originan tétradas o placosplanas. Si la división ocurre en tres planos perpendiculares el agrupamiento es en paquetes cúbicos (sarcina) y si la división ocurre en tres planos irregulares da lugar a estafilococos. 1.3.- Estructura bacteriana. ELEMENTOS OBLIGADOS. - Pared bacteriana.- Es uno de los caracteres distinguidos entre procariotas y eucariotas. La pared bacteriana presenta 3 propiedades.

1. confiere rigidez a la célula.
2. da forma.
3. Protección mecánica. El polímero responsable de la rigidez de la pared y que está presente tanto en Gramnegativas como en Grampositivas es la mureína. Las grampositivas, presentan una estructura amorfa, pero las gramnegativas presentan una estructura estratificada. - Membrana citoplasmática.- Se trata de una bicapa fosfolipídica que rodea externamente todas las células y la mayoría de orgánulos citoplasmáticos. - Citoplasma.- Es una solución coloidal que contiene el ADN, los ribosomas así como inclusiones. Función nutritiva, otra de almacenamiento y también da forma y movimiento a la célula.