lezione 7 bioinformatica, Appunti di Bioinformatica

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Corso di Biologia Molecolare e

Bioinformatica^ Anno accademico 2016‐

2° anno della Laurea Magistrale in Biologia

Lezione 7

Applicazioni in Bioinformatica

Metodiche per individuare l’espressione

genica

Metodiche per individuare l’espressione

genica

“One‐gene approach”“One‐gene approach”“Large‐scale approach”“Large‐scale approach”

Profilo d’espressione del genoma

(TRASCRITTOMA)

Real Time RT-PCR RT-PCR semiquantitativa

Northern blot Ibridazione

in situ

Microarray di espressione genica (per ibridazione)

-^

expression: Piu

’^

comuni, meno accurati.

Analisi semplice

-^

Gene Array: Ogni gene e

’^

rappresentato da 26

probes lungo tutta la lunghezza del gene

-^

Exon Array: 4 probe per ogni esone annotato

Superficie (vetro o chip) s

s

s

linkers

oligo

s = spaziatori

Microarray a 1 canale

Microarray a 1 canale

Microarray a 1 canale

Microarray a due canali

Microarray a 2 canali

Sequenziamento dell’RNA:

NGS RNA‐Seq

-^

Sequenziamento dell’intero trascrittoma

-^

Sequenziamento di mRNA^ –

Eliminazione di rRNA

Selezione dei

poly‐A RNA

Preparazione della Libreria

•^

Riparazione delle code

-^

Fosforilazione dell’estremitàe aggiunta di adenina

-^

Legame degli adaptor adentrambe le estremità

-^

Amplificazione (PCR)

Sequenziamento

Allineamento delle sequenze alle

sequenze in banca dati (NCBI)

NCBI

GEO Datasets