CorsodiBiologiaMolecolaree
Bioinformatica
Prof.CaterinaMissero
Annoaccademico 2016‐2017
2° annodella Laurea Magistrale inBiologia
Lezione 6
ApplicazioniinBioinformatica
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lezione 6 bioinformatica, Appunti di Bioinformatica
lezione 6di bioinformatica per molecolare avanzata
Tipologia: Appunti
2018/2019
1 / 16
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Corso di Biologia Molecolare e
Bioinformatica^ Prof. Caterina MisseroAnno accademico 2016‐20172° anno della Laurea Magistrale in BiologiaLezione 6 Applicazioni in Bioinformatica
Il box plot o diagramma a scatola e baffi un diagramma boxplot è costruito da:• una linea orizzontale, interna alla scatola che rappresenta la mediana,• due linee esterne orizzontali che delimitano la scatola rappresentano il primoquartile (la linea inferiore indicata con Q1) e il terzo quartile (la linea superioreindicata con Q3)• due linee che si allungano dai bordi della scatola e si concludono con due altrelinee orizzontali (
baffi ) individuano gli intervalli in cui sono posizionati i valori
minori di Q1 (nella parte inferiore) e quelli superiori a Q3 (nella partesuperiore); questi punti estremi, evidenziati dai baffi, sono i valori adiacenti.
1 persona guadagna: 25000euro5 persone guadagnano: 10000euro10 persone guadagnano: 2000euro50 persone guadagnano: 1000euro
MEDIANAMODA
1500euro
MEDIA
2197euro
la distanza tra il terzo (Q3) e il primo quartile (Q1), detta distanzainterquartilica, è una misura della dispersione della distribuzione. Tra questidue valori (Q1 e Q3) per definizione sono compresi il 50% delle osservazioni.Quindi un intervallo interquartilico piccolo indica che la metà delleosservazioni ha valori molto vicini alla mediana. L’intervallo aumenta alcrescere della dispersione (varianza) dei dati. Inoltre, esso fornisceinformazioni anche sulla forma della distribuzione (simmetria): se la lineainferiore e superiore hanno distanze differenti dalla mediana, la distribuzionedei valori rilevati è asimmetrica.
QUARTILI
Analisi di real time RT-PCR
Sample^ Detector
Ct MK Undiff^ Actin
MK Undiff^ Actin
MK Undiff^ TP
MK Undiff^ TP
MK Diff^ Actin
MK Diff^ Actin
MK Diff^ TP
MK Diff^ TP
Sample^ Detector
Ct^ Media Ct
Delta Ct^ 2^-DeltaCt
MK Undiff^ Actin
MK Undiff^ Actin
MK Undiff^ TP
22.^
12.1^ 0.
MK Undiff^ TP
MK Diff^ Actin
MK Diff^ Actin
MK Diff^ TP
26.^
15.2^ 2.66E-
MK Diff^ TP
TP63 0 0.0003 0.00025 0.0002 0.00015 0.0001 0.00005 MK Undiff
MK Diff Relative mRNA levels Sample^ Detector
Ct^ Media Ct
Delta Ct^ 2^-DeltaCt MK Undiff^ Actin
MK Undiff^ Actin
MK Undiff^ TP
22.^
12.1^ 0.
MK Undiff^ TP
MK Diff^ Actin
MK Diff^ Actin
MK Diff^ TP
26.^
15.2^ 2.66E-
MK Diff^ TP