Vista previa parcial del texto
¡Descarga Bioinformatic y más Apuntes en PDF de Biotecnología solo en Docsity!
BIOINFORMATICA — glesronamo: — 3" Parcial Practiques —srec-M41— Permuta 1 Universitat COGNOMS, pues Ñ SIGNATURA de Barcelona o Ba 1) Si tens dos proteines homologues perú molt allunyades. Quines matrius de BLOSUM o PAM seria millor fer servir? a. BLOSUMSO o PAM250 b. BLOSUMBO o PAM10 c. BLOSUM45 o PAM10 lo a. BLOSUMA5 o PAM250 2) Quant un SNP causa un canvi no-sinónim ("missense mutation”), aixó implica: a. Que la funció de la proteina pot estar alterada degut a que el polimorfisme provoca un canvi d'ami- noácids que no són equivalents. b. Que les seqúéncies dels SS que conformen un RS no són equivalents entre elles, amb el que no estem segurs de si les podem traduir correctament. c. Que la proteina codificada tindrá una llargada diferent per que el polimorfisme trenca la pauta de lectura. d. Que la seqúencia de l'allel que defineix 'SNP tindrá moltes variants diferents i haurem d'anar a comprovar-ho a dbSNP. 3) Quina explicació pot tenir que els mateixos SNPs estiguin referenciats al portal de genomes EnsEmbl i a una base de dades de NCBI (dbSNP) ? a. Si esté la informació repetida a molts llocs diferents, les cerques són més rápides. b. El focus d'Ensembl són els genomes i les anotacions associades a aquestes seqúéncies, com ara els SNPs, a nivell de coordenades. c. Com que totes les dades estan duplicades, és molt difícil escollir per on comengar a buscar infor- mació. d. La única informació correcta és la que es troba al repositori del NCBI. 4) El botó "RESULTS" de la barra de comandes del BioMart... a. ens permet recuperar els atributs d'una cerca a la base de dades. b. ens permet accedir al formulari per donar formati guardar les dades seleccionades. c. només es pot fer servir per descarregar les seqúéncies dels gens que hem filtrat amb la nostra cerca. Ñ d. tan sols serveix per visualitzar els resultats de la nostra cerca a la base de dades. ur 5) Els tres components básics d'una cerca a les bases de dades són: . les anotacions del genoma, del gen ¡ de la proteina. . els atributs de seqúéncia, d'anotacions ¡ de coordenades. .. els filtres de coordenades, els atributs de les taules ¡ el genoma de la base de dades. MN . els atributs, els filtres ¡ la base de dades que escollim. 2. y p» BIOINFORMÁTICA — 3 PARCIAL PRACTIQUES — BTEC-M1 — QUESTIONARI 01 : PERMUTA 1 — PAGINA 2 DE 4 6) Quina o quines de les segúents afirmacions són correctes: 1. Les bases de dades especialitzades en classificar els gens ortólegs contenen informació sobre la cerca d'homologia ¡ els alineaments emprats per decidir si dos o més gens són ortólegs o parálegs. 2. Els ortólegs que hom pot trobar a OrthoDB o a HomoloGene poden estar, en ocasions, mal anotats com a tals. 3. Si P'arbre filogenétic que fem sobre les seqúéncies que ens descarreguem d'OrthoDB no s'ajusta al que está anotat a la base de dades, és que hem comés una errada en el nostre protocol d'análisi computacional, 4. Per decidir si Parbre filogenétic está malament o si el problema venia de la base de dades, afegim homólegs d'altres especies al nostre alineament. a. La 1ila 2 són correctes. b. Totes són correctes. c. Sols és incorrecta la quarta, perqué cal estar segurs de que les noves seqúéncies que afegim són ortólogues. d. Sols és incorrecta la tercera, perqué pot ser que els ortólegs estiguin mal anotats a la base de dades. 7) Si canviem els parámetres (matriu de substitucions i/o penalització per gap) que es fan servir en un alineament de dues proteines, l'alineament óptim pot canviar? a. si, pot canviar, peró la puntuació del nou alineament óptim ha de ser igual o superior a la del primer alineament óptim b. no, els parámetres no es poden canviar un cop fet l'alineament c. si, ja que l'algoritme no canvia, pero el resultat depén dels parámetres d. no, ja que si abans era óptim, ara també ho será 8) Per a un conjunt de segiiéncies d'ADN el programa MEME genera: . Un conjunt de matrius de pesos calculades a partir dels nucleótids més freqúents. . una anotació de motius sobrerepresentats en el conjunt de les seqúencies. . els llocs d'unió a factors de transcripció per cada segiéncia. . una anotació de regions reguladores basada en models coneguts. 2.0 y p 9) Lestudi de la seqúéncia del DNA 165 pot ser una bona aproximació per determinar: a. Lestructura de la proteina ribosomal 16S. b. El grau d'expressió d'una proteina. c. A quina espécie correspon l'organisme en estudi. d. La identitat compartida per dos enzims. 10) Leina BLAST... a. Totes les altres respostes són certes. b. Permet trobar regions de similitud entre seqúéncies nucleotídiques o d'aminoácids. c. Sutilitza per fer prediccions d'ORFs. d. Prediu les funcions de les sequencies nucleotídiques. 11) Quina de les segúents afirmacions és falsa: — BIOINFORMATICA — 3% PARCIAL PRACTIQUES — BTEC-M1 — QUESTIONARI 01 : PERMUTA 1 — PAGINA 4 DE 4 a. localitzar zones de contacte entre cadenes b. descubrir la localització del centre actiu c. visualitzar el plegament de la proteina d. localitzar les regions més flexibles 18) El cálcul de B-Factor sobre una estructura obtinguda per homología (SwissModel), . S'obté de la darrera columna numérica de l'arxiu PDB |. requereix efectuar una simulació per dinámica molecular . el proporciona SwissModel en un arxiu específic . el B-factor no té sentit en un model teóric 2.0 pp 19) La unitat asimétrica, tal com s'obté del Protein Data Bank, és a. la forma de lestructura més adequada per generar imatges de estructura b. la secció de lestructura que conté una sola copia de cada molécula c. el contingut de la mínima unitat del cristall que no es pot construir per simetria d. la forma més probable de la molécula en solució 20) Podrem examinar el conjunt d'interaccions d'un substrat o inhibidor amb una proteina a. Emprant visulalitzacions detallades ¡ mesurant distáncies entre atoms polars b. identificant quins atoms apolars del lligand es troben en contacte amb la proteina c. A partir d'un representació de cintes de la proteina d. Visualitzant la superficie de contacte 
