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Resumen del todo el bloque 2 de Biologia del Grado en quimica de la UV de primer curso.
Tipo: Apuntes
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Tema 2.1 La Célula. De los procariotas a los eucariotas. La teoría celular: todos los organismos están formados por células (una o varias); es la unidad estructural, fisiológica, reproductiva y genética; es la unidad mínima y básica de la vida; todas las células proceden de otras células; la estructura celular se correlaciona con propiedades emergentes respecto a sus componentes. Existen 2 tipos de células: procariotas y eucariotas. Se parecen en que tienen una membrana plasmática (barrera selectiva), citosol (contenido semifluido), cromosomas y ribosomas (síntesis de proteínas). Se diferencian en el tamaño (eucariotas más grandes), complejidad (procariotas más simples) y la organización (eucariotas tienen núcleo y compartimentos). Los primeros protobiontes fueron sustituidos por organismos que podían producir todos los compuestos que necesitaban a partir de moléculas de su ambiente (autótrofos). Algunos autótrofos podrían utilizar energía luminosa. A raíz de eso, surgieron los heterótrofos, los cuales se alimentan de moléculas orgánicas, tal vez productos autotróficos excretados o sobre los propios autótrofos. Pronto en la historia procariótica, las bacterias y archaea divergieron. Los procariotas fueron los únicos habitantes de la Tierra desde 3.500 a aproximadamente 2.000 millones de años. Transformaron la biosfera de nuestro planeta. Hubo mucha evolución metabólica (síntesis ATP). Las formas más primitivas de fotosíntesis no producían oxígeno. El mecanismo quimiosmótico de la síntesis del ATP evolucionó antes de que hubiera oxígeno libre en la atmósfera. La fotosíntesis oxigénica probablemente evolucionó hace 3. millones de años en cianobacterias Los efectos de la acumulación del oxígeno en la atmósfera hace unos 2.700 millones de años:
Los cloroplastos son orgánulos oxidativos. Realizan la fotosíntesis. Los peroxisomas son orgánulos oxidativos. El citoesqueleto es la forma y soporte de la célula. Sirve de anclaje de orgánulos, de motilidad, formación de vacuolas durante la fagocitosis, corriente citoplasmática, división celular y movimiento de orgánulos. Después de que los primeros eucariotas evolucionaron, una gran variedad de formas unicelulares evolucionó. También evolucionaron formas multicelulares. Los fósiles más antiguos conocidos de eucariotas multicelulares son de pequeñas algas hace 1.200 millones de años. Los organismos más grandes no aparecen en el registro fósil hasta varios millones de años más tarde. Tras la aparición de los eucariontes estos evolucionaron de formas muy diversas. Los primeros organismos fueron colonias de células. Algunas células en las colonias se especializaron para diferentes funciones. Las primeras especializaciones celulares ya habían aparecido en el mundo procariota. Las membranas sin mosaicos fluidos de lípidos y proteínas y tienen permeabilidad selectiva permitiendo que algunas sustancias pasen más fácilmente que otras. Las proteínas en la membrana tienen varias funciones. Estructuralmente es fluida, con proteínas embebidas en la bicapa lipídica. En el transporte activo se transportan sustancias contracorriente creando un voltaje llamado potencia de membrana. El cotransporte ocurre cuando el transporte activo de una sustancia lleva indirectamente al transporte de otra. Tema 2.2. El metabolismo. El metabolismo es la totalidad de reacciones químicas en un organismo. Una vía metabólica comienza con una molécula específica que se alterará en varios pasos y darán lugar a un producto. Las reacciones metabólicas nunca alcanzan el equilibrio. Cada paso es catalizado por una enzima. Los enzimas son proteínas catalíticas que disminuyen la energía de activación. El sustrato se acopla al enzima mediante puentes de H y enlaces iónicos en el sitio activo. Además, pueden catalizar reacciones directas e inversas. Hay diferentes tipos de rutas metabólicas: reacciones exergónicas (libera energía y es espontánea), endergónicas (absorbe energía y no es espontánea), rutas catabólicas (liberan energía rompiendo moléculas en compuestos más simples), y
energía llamadas NAD+. Una vez oxidada una molécula, se reduce a NADH que se usa para sintetizar ATP. Es una cadena de transporte de electrones. Alimento NADH Cadena Transporte de electrones Oxígeno. La respiración celular tiene 3 partes clave: glucólisis, ciclo de Krebs, y fosforilación oxidativa. La energía liberada se almacena para sintetizar ATP.
En el ciclo de Krebs, la glucosa libera poca energía, la mayor parte sigue en el piruvato. Si hay O2 el piruvato entra en la mitocondria por transporte activo transformándose en acetil CoA. Este ciclo genera 3CO2, 1ATP, 3NADH y 1 FADH2 por Acetil CoA y por vuelta. Tiene 8 pasos, cada uno catalizado por un enzima específico. Es un ciclo porque el último producto se une al acetil CoA. Por cada ciclo se incorporan 2 Carbonos y se liberan 2 distintos. Los átomos de carbono que se incorporan al ciclo no lo abandonan en la misma vuelta. Con la oxidación de ciertas moléculas se transfieren los electrones al NAD+ y al FAD. El NADH y el FADH transferirán electrones de alta energía a la cadena de transporte de electrones. En el paso 5 un grupo fosfato se transfiere al GDP y luego al ADP formando ATP por fosforilación a nivel de sustrato. En la fosforilación oxidativa se lleva a cabo un transporte de electrones que es acoplado por la quimiosmosis, que sintetiza ATP. Toda la energía está en el NADH y FADH2. Donarán sus electrones a la cadena de transporte de electrones, produciendo ATP por fosforilación oxidativa. La cadena de transporte no genera ATP directamente. La quimiosmosis acopla este transporte de electrones y la liberación de energía a la síntesis de ATP. En la membrana interna de la mitocondria se encuentra la ATP sintasa que sintetiza ATP a partir de ADP y Pi. Utiliza la energía para impulsar la síntesis de ATP. El gradiente usa el flujo exergónico de electrones para bombear protones de la matriz al espacio intermembrana. Los protones vuelven a la matriz a través de la ATP sintasa. La ATP sintasa usa el flujo exergónico de protones para fosforilar el ADP. Los protones hacen girar un rotor que activa la fosforilación. Se basa en transporte de electrones y bombeo de protones que crea un gradiente de membrana (32-34 ATP).
Los cloroplastos y las mitocondrias generan ATP por el mismo proceso de quimiosmosis, pero usan diferentes fuentes de energía. Tema 2.3 Bases moleculares de la Herencia.
El DNA está compuesto por una base nitrogenada, un azúcar pentosa y un grupo fosfato. Hay 4 tipos de bases (A,T,G,C). Cuando se descubrió que el DNA variaba entre especies y que se duplica antes de la mitosis pasó a ser el mayor candidato. Más tarde, se descubrió la estructura de doble hélice. Determinaron que A se une con T y G con C (mediante enlaces de H). Durante la replicación del DNA el sistema de pares de bases permite que las cadenas existentes de DNA sirvan de plantilla para nuevas cadenas complementarias. La replicación del DNA es un proceso muy rápido y preciso. En eucariotas intervienen más de doce enzimas y otras proteínas. La replicación de DNA empieza en sitios especiales llamados orígenes de replicación. Estos puntos son reconocidos por proteínas. Avanza en ambas direcciones creando una burbuja de replicación. La elongación de la hebra es catalizada por la DNA polimerasa. Se encarga de añadir nucleótidos. Cada nucleótido que se une es en realidad un cucleósido (una azúcar y una base) con 3 frupos fosfato. A medida que se une pierde 2 grupos fosfato que da energía. Hay una avanzada y otra retrasada, DNA ligasa. La estructura antiparalela de la doble hélice afecta a la replicación. Las DNA polimerasas sólo pueden añadir nucleótidos al extremo 3’ libre. Una cadena nueva se puede alargar sólo en la dirección 5’- 3’. A lo largo de una cadena molde (hebra adelantada), la DNA polimerasa sintetiza una hebra complementaria de forma continua. La polimerasa se acomoda en la horquilla de replicación y agrega nucleótidos a medida que la horquilla progresa. Para elongar la otra cadena en la dirección obligatoria la DNA polimerasa debe actuar en dirección contraria a la horquilla. La cadena sintetizada se llama hebra atrasada y se sintetiza por segmentos llamados fragmentos de Okazaki.
El contenido de información del DNA se encuentra en forma de secuencias específicas de nucleótidos a lo largo de las cadenas de la molécula. El DNA que hereda un organismo conduce a la expresión de ciertas características a través del dictado de la síntesis de proteínas. La expresión génica, el proceso por el cual el DNA dirige la síntesis de proteínas incluye dos fases que cambia en procariotas y eucariotas:
Gracias al procesado alternativo, el número de proteínas diferentes que puede producer un organism es superior a su número de genes. Las proteínas suelen tener una arquitectura modular consistente en regiones discretas llamadas dominios. Muchas veces exones diferentes codifican para dominios diferentes de una proteína. El código genético es redundante pero no ambiguo. El código genético es universal, ya que lo comparten desde las bacterias hasta los animales más complejos. En experimentos de laboratorio se pueden transcribir y traducir los genes después de ser trasplantados de una especie a otra. La traducción es la síntesis de proteínas mediadas por el RNAm. El intérprete de la traducción es el RNA de transferencia (tRNA), que transfiere los aminoácidos del citoplasma a un ribosoma. Los tRNA no son idénticos entre sí:
Tema 2.4 Tecnología del DNA recombinante. El uso de seres vivos en beneficio del ser humano ha existido siempre. Ahora, con técnicas del DNA, se pueden combinar distintos genes. Esto puede aprovecharse en muchos campos distintos. Para llevar a cabo la clonación del DNA, se usan bacterias y su reproducción. Para introducir este gen en las bacterias, son clave los enzimas de restricción. La clonación del DNA permite la producción de múltiples copias de un determinado gen. Para trabajar directamente con los genes específicos, los científicos preparan piezas de tamaño de genes de ADN en copias idénticas, un proceso llamado clonación de genes. Los enzimas de restricción bacteriana se utilizan para producir DNA recombinante. Cortan moléculas de ADN en las secuencias de ADN llamadas sitios de restricción. También se puede clonar un gen eucariota en un plásmido bacteriano de la siguiente manera: El plásmido original se denomina vector de clonación y es donde se inserta el fragmento de ADN foráneo para ser replicado. Se aísla el fragmento de DNA eucariota y se introduce en la bacteria mediante un proceso natural llamado transformación bacteriana. Después se usa un antibiótico para identificar bacterias con el gen correcto. Sistemas de expresión bacteriana: A veces varias dificultades técnicas impiden la expresión de genes eucarióticos clonados en células huésped bacterianas. Para superar las diferencias de promotores y otras secuencias de control de ADN, los científicos emprenden generalmente un vector de expresión, un vector de clonación que contiene un promotor procariota de gran actividad. Sistemas de expresión y clonación eucariótico: Una alternativa es el uso de células eucarióticas como huéspedes para la clonación, con el fin de que puedan expresar mejor los genes de otras células eucarióticas. Los mejores candidatos son los hongos unicelulares, ya que crecen igual de bien que las bacterias y presentan también plásmidos. Así, se han construido los cromosomas artificiales de levaduras (YACs) que combinan las características básicas de un cromosoma eucariótico con la presencia del DNA foráneo. Los YACs tienen una mitosis normal y pueden llevar más DNA que un plásmido. Los huéspedes eucariotas realizan las modificaciones postranscripcionales que requieren muchas proteínas. Esto presenta algunos problemas ya que las bacterias son procariotas. También se pueden usar células huésped eucariotas como levaduras y hongos. Si la fuente de DNA es escasa, se usa la reacción en cadena de la polimerasa (PCR). La reacción en cadena de la polimerasa (PCR) amplifica el DNA in vitro. Puede producir billones de copias de DNA en unas horas en 3 pasos: calentar, refrigerar, replicar. da lugar a una reacción en cadena que produce una población en crecimiento exponencial de moléculas de ADN idénticas.
El sistema CRISPR/cas9 puede utilizarse para degradar secuencias de DNA y sustituirlos por otras. Los CRISPR consisten en fragmentos de DNA con repeticiones cortas de secuencias de bases, intercalados con pequeños fragmentos de "DNA espaciador" adquirido en exposiciones previas a un virus. Habitualmente asociados con los genes cas (nucleasas): 40% de las bacterias y 90% de las arqueas. El sistema CRISPR/Cas es una forma de inmunidad adquirida. Los espaciadores de los CRISPR reconocen secuencias específicas y guían a las nucleasas Cas para cortar y degradar esos fragmentos de DNA extraños. Las aplicaciones prácticas de la tecnología del DNA afectan a nuestra vida de formas muy diversas: -Diagnosis de enfermedades: Los científicos pueden diagnosticar muchos trastornos genéticos humanos mediante el uso de PCR y los cebadores correspondientes a los genes de enfermedades clonados, y después, secuenciar el producto amplificado en busca de la mutación causante de la enfermedad. Incluso cuando un gen de la enfermedad no ha sido clonado, la presencia de un alelo anormal puede diagnosticar si se ha encontrado un marcador RFLP estrechamente vinculado.