lezione 5 bioinformatica, Appunti di Bioinformatica

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Corso di Biologia Molecolare e

Bioinformatica

Prof. Caterina Missero

Anno accademico 2016‐

2° anno della Laurea Magistrale in Biologia

Lezione 5

Applicazioni in Bioinformatica

https://genome.ucsc.edu/

p63 gene

pack

A gray box indicates the extent of the hypersensitive region. The darkness is proportional to themaximum signal strength observed in any cell line. The number to the left of the box showshow many cell lines are hypersensitive in the region.

esophageal epithelial cellsprostate epithelial cell linesmall airway epithelial cells

Free softwares

MatInspector: Search for transcription factor binding sites

http://www.genomatix.de/ TRANSFAC® Transcription Factor Binding Sites

http://www.biobase‐international.com/

http://tfbind.hgc.jp/

http://www.ifti.org/cgi‐bin/ifti/Tfsitescan.pl

• Human Assembly Feb.
• http://alggen.lsi.upc.es/cgi‐bin/promo_v3/promo/promoinit.cgi?dirDB=TF_8.

Metodiche per individuare

l’espressione genica

“

One-gene approach

”

-^

Il gene di interesse e

espresso in un tessuto o in un

dato momento dello sviluppo?

-^

Quanto e

attivo dal punto di vista trascrizionale?

Real Time qRT‐PCR RT‐PCR semiquantitativa

Northern blot Ibridazione

in situ

Qualità dell

RNA

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