CorsodiBiologiaMolecolaree
Bioinformatica
Annoaccademico 2016‐2017
2° annodella Laurea Magistrale inBiologia
Lezione 2
ApplicazioniinBioinformatica
Prepara i tuoi esami
Studia grazie alle numerose risorse presenti su Docsity
Ottieni i punti per scaricare
Guadagna punti aiutando altri studenti oppure acquistali con un piano Premium
Guide e consigli
Prepara i tuoi esami
Studia grazie alle numerose risorse presenti su Docsity
Cerca documenti
Prepara i tuoi esami con i documenti condivisi da studenti come te su Docsity
Cerca la tua università
Trova i documenti specifici per gli esami della tua università
Video Corsi
Preparati con lezioni e prove svolte basate sui programmi universitari!
Quiz
Rispondi a reali domande d’esame e scopri la tua preparazione
Docsity AINEW
Riassumi i tuoi documenti, fagli domande, convertili in quiz e mappe concettuali
Maturità 2026
Studia con prove svolte, tesine e consigli utili
Esplora domande
Togliti ogni dubbio leggendo le risposte alle domande fatte da altri studenti come te
Argomenti di studio
Esplora i documenti più scaricati per gli argomenti di studio più popolari
Ottieni i punti per scaricare
Guadagna punti aiutando altri studenti oppure acquistali con un piano Premium
Corso di Biologia Molecolare e Bioinformatica: Applicazioni in Bioinformatica - Lezione 2 , Appunti di Bioinformatica
Questa lezione del corso di biologia molecolare e bioinformatica del 2º anno della laurea magistrale in biologia del 2016-2017 introduce l'utilizzo di bioinformatica per analizzare strutture genetiche come esoni, introni, utr e gene. Viene presentato l'utilizzo di strumenti come blat e il gene expression atlas per la ricerca di gene specifici e la loro espressione in diversi tessuti. Il documento include anche esercizi per la comprensione di concetti come la posizione e la dimensione dei gene sul genoma, la conservazione di sequenze e la ricerca di gene specifici.
Tipologia: Appunti
2018/2019
1 / 34
Questa pagina non è visibile nell’anteprima
Non perderti parti importanti!
Documenti correlati
Anteprima parziale del testo
Scarica Corso di Biologia Molecolare e Bioinformatica: Applicazioni in Bioinformatica - Lezione 2 e più Appunti in PDF di Bioinformatica solo su Docsity!
Corso di Biologia Molecolare e
Bioinformatica^ Anno accademico 2016‐
2° anno della Laurea Magistrale in Biologia
Lezione 2
Applicazioni in Bioinformatica
Exon
Exon
Exon
Exon
part of CDS
UTR
Intron
cromosoma
Posizione e dimensionedel gene sul genomalunghezza trascritto primario
Posizionedel genenel cromosoma(banda)
Scrolling down
GNF Gene Expression Atlas 2
Genomics Institute of the Novartis Research Foundation (GNF)2 replicates each of 79 human tissues run over Affymetrix microarrays.Display all tissues by selecting "All Arrays" from the "Combine arrays" menu on the tracksettings page.As is standard with microarray data
red
indicates overexpression in the tissue, and
green
indicates underexpression.
7
Accessing the BLAT Tool
Rapid searches by INDEXING the entire genome
Works best with high similarity matches
See documentation and publication for details^
Kent, WJ.
Genome Res
. 2002. 12:656 and “Help”
BLAT = BLAST-like Alignment Tool
Sequence Searches (BLAT)
8
BLAT Tool Interface ^
Make choices
DNA limit 25000 basesProtein limit 10000 aa25 total sequences
^
Paste one or moresequences ^
FASTA for morethan one
^
Or
upload
submit
10
BLAT Results: Browser Link
query^
From browser click in BLAT results
^
A new track line with
Your Sequence from BLAT Search
appears
^
Also a new menu to adjust
Prova pratica
Scegliamo la classe, la specie, il genoma e
la versione, e il nome del gene
Diversi trascritti: quale scelgo?
Zoom out 10x
Su quale cromosoma si trova il gene?Su quale braccio del cromosoma ed in quale banda?In che direzione si trova il gene rispetto alla direzione del cromosoma (p to q)?
Quali sono gli esoni, gli introni?Quali i 5’ e 3’ UTR?Quanti trascritti ha CDKN2A?Con quale gene condivide la regione del promotore?CDKN2A e’ un gene che si trova all’interno di un altro gene, quale?