Bioinformatica Aula1, Notas de aula de Biotecnologia

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BIOINFORMÁTICA

Universidade Federal do Tocantins

Prof. Dr. Luiz Bertucci

([email protected])

Gurupi

Aula1 – Ementa e Introdução à

bioinformática

Apresentação

da Ementa

• Apresentação da ementa e critérios de avaliação do curso

de Bioinformática.

• Bioinformática : análise de informações

biológicas (dados biológicos) utilizando

softwares e banco de dados biológicos

específicos.

• Biologia Computacional : desenvolvimento de

algoritmos e programas computacionais para

resolver problemas relacionados a biologia

molecular, bioquímica e biofísica.

Bioinformática X Biologia Computacional

Obs: esta divisão muitas vezes é arbitrária de modo que muitos autores consideram

bioinformática e biologia computacional como uma área só.

Bioinformática: uma área multidisciplinar

A bioinformática e a biologia computacional podem requerer

conhecimentos em várias áreas do saber:

* biologia

* computação

* medicina

* biomedicina

* farmácia

* química

* física

* estatística/matemática

Revisando conceitos importantes

Ácidos nucleicos: DNA

A - T

T - A

G - C

C - G

C - G

G - C

A - T

T - A

dupla fita de nucleotídeos

interação entre as cadeias ( pontes

de hidrogênio) sempre

respeitando a relação:

A – T

G - C

A T G C C G A T

podemos representar, em

bioinformática, uma molécula

de DNA apenas por uma de

suas fitas, já que é possível

inferir sua a fita complementar

caso seja necessário

Revisando conceitos importantes

Ácidos nucleicos: DNA

Replicação do DNA

Revisando conceitos importantes

Proteínas:

RNA

A U G C C G A U

RNA

Met

Pro

Tradução

M

P

M P G S R W L I C

Proteína: polímero de

aminoácidos

Revisando conceitos importantes

Proteínas:

Tabela de códons

Dogma central da biologia molecular

Revisando conceitos importantes

Formatos de arquivos

• Formato FASTA

formato muito utilizado em bioinformática;

é o formato de entrada ( input ) de grande parte dos softwares de

bioinformática que requerem sequências primárias como ponto

de partida;

pode ser utilizado para representar sequências primárias de

proteínas ou ácidos nucleicos;

> ParE toxin [Escherichia coli ]

MTAYILTTDAEADLRGIIRYTRKQWGTAQVRRYIARLEH

GIADLAAGRGSFRDMSELFPELRMIHCEHHYVFCLPH

GSAPALVVAIFHERMDLMARLSERLNIES

sequência

nome da sequência

símbolo

obrigatório

Formatos de arquivos

• (^) Formato GenBank
  • formato que consiste de uma seção de anotação e uma seção de

sequência;

• é a saída de dados principal do GenBank;

Formatos de arquivos: GenBank

seção de

anotação

seção de

sequência

Formatos de arquivos: PDB

as linguagens de programação foram criadas para facilitar a

especificação de tarefas a um computador;

existem várias de linguagens de programação e cada uma delas

possui um conjunto de comandos específicos que criam esta

interface homem-máquina;

das linguagens de programação mais utilizadas em bioinformática,

podemos citar: Python, Perl e Java.

Linguagens de programação